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万見
- PDB-3vp5: X-ray Crystal Structure of Wild Type HrtR in the Holo Form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vp5
タイトルX-ray Crystal Structure of Wild Type HrtR in the Holo Form
要素Transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / heme / sensor protein / transcriptional regulator / TetR superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Tetracyclin repressor, C-terminal domain / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CACODYLATE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sawai, H. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Aono, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for the Transcriptional Regulation of Heme Homeostasis in Lactococcus lactis.
著者: Sawai, H. / Yamanaka, M. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Aono, S.
履歴
登録2012年2月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5303
ポリマ－22,7771
非ポリマー7532
水79344
1
A: Transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: Transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,0606
ポリマ－45,5532
非ポリマー1,5074
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area5640 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area18040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.140, 51.998, 87.477
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator


分子量: 22776.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株: IL1403 / 遺伝子: L53789, LL0661, ygfC / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9CHR1
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 19 % (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M magnesium chloride, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MarMosaic225 Rayonix / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月15日
回折測定詳細: 0.40 degrees, 1.6 sec, detector distance 169.744 mm / 手法: \w scans
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.04 / 数: 121099
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.082097.110.0240.6466.7
3.254.0899.910.0421.0487.1
2.843.2510010.0441.0527.2
2.582.8410010.0430.917.3
2.392.5810010.060.9167.3
2.252.3910010.0810.937.2
2.142.2599.310.1060.9267
2.052.149410.1360.846.8
1.972.0588.310.1950.7826.7
1.91.9782.110.2410.7556.7
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 17259 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 32.961
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 5.691 / Rsym value: 0.241 / % possible all: 82.1
Cell measurementReflection used: 121099

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.97 Å26.01 Å
Translation1.97 Å26.01 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BSSデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→17.663 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2649 832 4.84 %
Rwork0.2108 --
obs0.2134 17194 95.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.558 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-32.2098 Å2-0 Å2-0 Å2
2---21.4075 Å20 Å2
3----10.8023 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→17.663 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1575 0 48 44 1667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131683
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2972296
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.779612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087236
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006286
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9-2.01890.34061340.2836230984
2.0189-2.17450.2831330.2465264494
2.1745-2.39290.31561270.23952806100
2.3929-2.7380.29291430.23672827100
2.738-3.44540.28391460.21982845100
3.4454-17.66340.22641490.1821293198
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.53430.1595-0.5793.29370.36514.091-0.24430.079-0.18710.0550.0852-0.14410.20370.55880.00610.4244-0.0421-0.01320.34940.01160.263622.025426.161235.7427
24.23031.33690.91075.84060.1955.5167-0.36030.1570.4698-0.23840.14330.2337-0.7970.13060.22580.4993-0.0317-0.0270.28920.02850.328516.087834.809233.7925
31.41613.36020.76416.96452.71082.34930.23890.2451-0.52340.0629-0.1708-0.55910.16780.2358-0.09370.2586-0.0038-0.08380.3358-0.02810.439915.462914.153829.821
44.19210.31030.42457.497-0.16256.58190.7385-0.4454-0.71811.4047-0.185-0.66860.9505-0.0827-0.6270.6856-0.0479-0.2680.36330.08060.48059.1641-0.232335.9668
55.44451.16351.94793.6238-0.03298.7081-0.1565-0.53930.3073-0.1974-0.10080.34610.4589-0.48130.16010.4028-0.06350.02970.3037-0.05650.41394.930318.03734.7483
62.08881.3707-3.88373.78091.27689.6258-0.20610.81440.5109-1.04290.32290.5131-0.73350.523-0.13921.0205-0.145-0.21450.57150.07990.53848.411724.30419.4022
76.2762-2.48141.04153.9933-3.76597.07960.38111.2983-0.8327-0.6218-1.7193-0.2861-0.37021.86511.38750.7671-0.03850.13511.02710.03481.008716.12897.657519.91
82.8625-0.6050.75778.2931.48476.47950.1632-0.4063-0.1380.7628-0.27140.52290.7611-0.57190.0350.3192-0.1063-0.04780.37860.00890.3041-0.89134.884430.5705
93.39524.6006-2.95746.1296-3.95242.51940.6224-0.11590.3875-0.24310.1587-1.184-1.85810.72430.15950.8776-0.0762-0.16640.37270.05890.5004-7.0372-10.386123.6622
100.0126-0.0157-0.0037-0.00340.00050.0085-0.20890.0080.0162-0.4172-0.0686-0.0699-0.1970.013700.31760.0330.0330.3139-0.00890.34358.926910.659125.2861
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 2:27)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 28:55)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 56:80)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 81:98)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 99:113)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 114:126)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 127:138)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESSEQ 139:178)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESSEQ 179:186)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESSEQ 201:201)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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