+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3voz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of human glutaminase in complex with BPTES | ||||||
要素 | Glutaminase kidney isoform, mitochondrial | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBTIOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBTIOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamine catabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glutamate biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / intracellular glutamate homeostasis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / glutaminase / glutaminase activity / suckling behavior / TP53 Regulates Metabolic Genes ...glutamine catabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glutamate biosynthetic process / Glutamate and glutamine metabolism / intracellular glutamate homeostasis / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / glutaminase / glutaminase activity / suckling behavior / TP53 Regulates Metabolic Genes / chemical synaptic transmission / protein homotetramerization / mitochondrial matrix / synapse / mitochondrion / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Thangavelu, K. / Sivaraman, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012 タイトル: Structural basis for the allosteric inhibitory mechanism of human kidney-type glutaminase (KGA) and its regulation by Raf-Mek-Erk signaling in cancer cell metabolism. 著者: Thangavelu, K. / Pan, C.Q. / Karlberg, T. / Balaji, G. / Uttamchandani, M. / Suresh, V. / Schuler, H. / Low, B.C. / Sivaraman, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3voz.cif.gz | 78.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3voz.ent.gz | 57.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3voz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3voz_validation.pdf.gz | 707.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3voz_full_validation.pdf.gz | 713 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3voz_validation.xml.gz | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3voz_validation.cif.gz | 21.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/3voz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/3voz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34688.613 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 221-533 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GLS, GLS1, KIAA0838 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94925, glutaminase | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-04A / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.8M Lithium sulfate, 100mM Bis-tris-propane pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K |
---|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1 Å |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 2010年5月28日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 30507 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Rsym value: 0.058 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3CZD 解像度: 2.4→30 Å / σ(F): 2
| ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30 Å
|