PDB-3vox: X-ray Crystal Structure of Wild Type HrtR in the Apo Form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vox

タイトル

X-ray Crystal Structure of Wild Type HrtR in the Apo Form

要素

Transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION / sensor protein / TetR superfamily

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Sawai, H. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Aono, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for the Transcriptional Regulation of Heme Homeostasis in Lactococcus lactis.
著者: Sawai, H. / Yamanaka, M. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Aono, S.

履歴

登録	2012年2月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月12日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vox.cif.gz	317 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vox.ent.gz	265.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vox.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3vox_validation.pdf.gz	448.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vox_full_validation.pdf.gz	465.7 KB	表示
XML形式データ	3vox_validation.xml.gz	29.4 KB	表示
CIF形式データ	3vox_validation.cif.gz	38.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/3vox ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vo/3vox	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vokC 3vp5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zk8-d 5hsz-d 3b81-1 5nz1-4 6hnx-1 6ho4-1 6ho1-1 6ho9-1 4m3b-1 5nz1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator

B: Transcriptional regulator

C: Transcriptional regulator

D: Transcriptional regulator

91.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional regulator

B: Transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Transcriptional regulator

D: Transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.837, 190.180, 152.842
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Transcriptional regulator 分子量: 22776.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株: IL1403 / 遺伝子: L53789, LL0661, ygfC / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9CHR1

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.05 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7.5 詳細: 1.2M sodium citrate, 0.1M HEPES, 0.2M ammonium acetate, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月23日
回折測定	詳細: 1.00 degrees, 1.8 sec, detector distance 220.00 mm / 手法: \w scans
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection	Av R equivalents: 0.099 / 数: 226049
反射	解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 24781 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.5 % / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 22.5
反射シェル	解像度: 3.1→3.2 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 5.14 / R_sym value: 0.429 / % possible all: 100
Cell measurement	Reflection used: 226049

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.87 Å	43.27 Å
Translation	2.87 Å	43.27 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→29.902 Å / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2413	1249	5.13 %
R_work	0.1841	-	-
obs	0.187	24350	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 67.14 Å² / k_sol: 0.337 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	12.9485 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-15.1963 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.2478 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→29.902 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6109	0	0	0	6109

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6301
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.266	8525
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.737	2331
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	902
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1073

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
3.1001-3.224	0.3071	139	0.232	2520	100
3.224-3.3706	0.2639	139	0.2214	2544	100
3.3706-3.548	0.2857	137	0.2157	2530	100
3.548-3.7699	0.303	162	0.2041	2533	100
3.7699-4.0603	0.2287	127	0.1771	2549	100
4.0603-4.4677	0.2073	145	0.1486	2546	100
4.4677-5.1115	0.2226	143	0.1561	2578	100
5.1115-6.4293	0.2744	134	0.2119	2616	100
6.4293-29.9038	0.2026	123	0.1753	2685	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0073	1.0337	-0.4507	6.7931	-0.2596	2.3371	0.2876	-0.326	0.0209	0.7946	-0.0337	0.4741	0.3446	-0.1894	-0.2778	0.7593	0.0683	0.0468	0.7931	0.0543	0.5713	-60.4963	21.3334	-2.2581
2	8.0683	-1.469	4.2868	8.842	-4.3341	3.7486	0.3027	0.2823	-0.0385	-0.4035	0.805	1.6379	0.8419	-0.8834	-1.1828	0.6644	0.0181	-0.1191	1.1876	0.1968	1.0633	-64.8936	25.9201	-16.2447
3	2.6295	-1.3676	1.6412	3.8041	0.001	7.9178	-0.1597	0.0755	0.4477	-0.0612	-0.026	-0.5269	-0.5386	0.2708	0.1711	0.596	0.0757	0.1509	0.5289	-0.0149	0.684	-45.9392	38.6869	-13.6229
4	1.5402	-1.3906	0.6533	6.9081	-4.3584	4.7128	-0.1032	-0.1124	-0.1837	-0.3465	0.1343	-0.2969	0.7205	-0.1951	-0.0586	0.685	-0.0717	-0.0272	0.6009	0.0355	0.4514	-33.4786	11.8704	-18.279
5	6.2743	-1.7457	-1.1512	6.0532	-0.3453	6.5591	-1.19	-0.2626	1.2583	-0.0858	0.3894	0.1456	-0.0405	0.0084	0.7353	0.7817	0.0548	-0.1719	0.8789	0.074	0.5499	-36.1385	22.4459	-10.5496
6	3.2292	-0.1375	-0.3279	9.2748	1.3572	5.3347	0.0352	-0.052	0.1779	-0.1321	0.7129	0.6786	-0.5143	-0.4007	-0.7981	0.5159	0.0966	0.0586	0.6987	0.1384	0.3943	-48.0888	30.2128	-26.7822
7	4.0641	-2.1384	0.056	4.2405	-2.7285	9.8379	0.0897	0.2125	0.1018	-0.8162	0.1598	-0.709	0.9033	0.1936	-0.3234	0.7241	-0.1135	0.2808	0.5837	-0.176	0.9841	-16.0469	18.4988	-32.3836
8	6.323	1.7887	0.5627	5.5682	-0.1822	8.3101	-0.1509	-0.0262	0.7922	-0.907	0.9721	-0.9885	-0.6479	0.5702	-0.7828	0.8006	-0.2411	0.0601	0.7511	-0.3118	0.9838	-17.3339	24.6072	-29.7047
9	3.9025	2.3423	-1.9806	2.8462	-0.9211	3.566	0.4985	-0.5331	-1.0374	0.998	-0.5427	-0.2613	-0.0464	-0.6095	0.1926	1.3151	-0.4271	-0.1513	1.0011	-0.0656	1.1764	-17.3143	18.2178	-0.7013
10	3.5099	-0.9744	-0.4139	7.5329	1.8944	6.5234	-0.3897	-0.5485	-0.0796	0.5284	0.1992	-0.6755	-0.4502	0.394	0.1547	0.8612	-0.0337	-0.1034	0.757	-0.2	1.2439	-10.8317	24.422	-14.898
11	5.0873	1.3301	-1.5241	2.9764	-0.48	5.4934	0.0758	-0.4887	-0.9324	0.8894	0.1037	0.0158	1.0016	0.3669	-0.1902	1.456	-0.2283	-0.1967	0.7824	0.1139	1.1585	-4.0853	21.0527	1.7778
12	3.4179	-0.8588	0.7567	3.3938	-0.5031	4.319	-0.1264	-0.1147	-0.0798	-0.3972	-0.5906	-1.6257	-0.6474	0.7693	0.6965	0.6981	0.1561	0.1051	0.8315	0.1932	1.6626	18.7874	41.4052	-25.3335
13	4.7353	0.4576	-0.4085	3.9543	-1.2184	8.5421	-0.3068	0.0271	-0.2647	-1.1141	-0.5359	-1.4962	-0.092	-0.4965	0.7627	0.7253	0.2206	0.2608	0.6607	0.0159	1.2773	11.989	35.9545	-26.5889
14	5.2904	-1.2028	2.3415	5.3792	-2.3467	2.0321	-0.0163	-0.7325	0.7599	1.0866	-0.3454	-1.0891	0.4396	0.7666	0.5275	0.8434	-0.0047	-0.2924	0.8923	-0.1023	1.0851	6.994	39.4782	4.2615
15	5.8706	-0.2996	0.0961	8.5665	1.6739	7.0824	-0.3457	-0.6291	0.602	-0.2388	-0.2196	0.3217	-0.4586	-0.6641	0.6318	0.541	0.098	-0.1133	0.7654	-0.0703	0.7145	3.868	35.824	-14.8041
16	1.0675	0.6396	-1.4826	0.3979	-0.4914	3.7411	0.1227	-0.0738	-0.5986	0.5409	-0.3973	0.0953	1.0822	0.0583	0.3146	1.0017	-0.203	-0.1115	0.6541	-0.1816	0.858	2.2164	31.5474	-4.172
17	2.0147	0.0968	-0.3061	5.2229	-2.5606	2.7132	-0.0384	-0.2476	-0.1903	0.9378	-0.1205	-0.5118	0.4445	-0.9978	0.2682	0.957	-0.2385	-0.0765	1.0029	-0.2127	0.827	-8.7826	39.0072	4.6625

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 2:122)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 123:138)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 139:188)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESSEQ 2:113)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 114:138)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 139:186)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN C AND (RESSEQ 2:45)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND (RESSEQ 46:67)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESSEQ 68:99)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESSEQ 100:138)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESSEQ 139:186)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN D AND (RESSEQ 2:27)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN D AND (RESSEQ 28:70)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN D AND (RESSEQ 71:99)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN D AND (RESSEQ 100:122)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESSEQ 123:157)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN D AND (RESSEQ 158:186)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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