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- PDB-3vou: The crystal structure of NaK-NavSulP chimera channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vou
タイトルThe crystal structure of NaK-NavSulP chimera channel
要素Ion transport 2 domain protein, Voltage-gated sodium channel
キーワードTRANSPORT PROTEIN / 4-helical bundle / ion channel / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


stabilization of membrane potential / potassium ion leak channel activity / outward rectifier potassium channel activity / membrane => GO:0016020 / monoatomic cation channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Two pore domain potassium channel / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Voltage-gated sodium channel / Ion transport 2 domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus weihenstephanensis (バクテリア)
Sulfitobacter sp. NAS-14.1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Irie, K. / Shimomura, T. / Fujiyoshi, Y.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: The C-terminal helical bundle of the tetrameric prokaryotic sodium channel accelerates the inactivation rate
著者: Irie, K. / Shimomura, T. / Fujiyoshi, Y.
履歴
登録2012年2月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Database references / Derived calculations
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport 2 domain protein, Voltage-gated sodium channel
B: Ion transport 2 domain protein, Voltage-gated sodium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6045
ポリマ－33,5002
非ポリマー1053
水00
1
A: Ion transport 2 domain protein, Voltage-gated sodium channel
B: Ion transport 2 domain protein, Voltage-gated sodium channel
ヘテロ分子

A: Ion transport 2 domain protein, Voltage-gated sodium channel
B: Ion transport 2 domain protein, Voltage-gated sodium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,20910
ポリマ－66,9994
非ポリマー2106
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area15150 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area30090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.227, 104.227, 104.444
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

NA

21A-202-

CO

31B-201-

NA

-
要素

#1: タンパク質 Ion transport 2 domain protein, Voltage-gated sodium channel


分子量: 16749.752 Da / 分子数: 2 / 変異: M5I, K110N / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera protein of Ion transport 2 domain protein (Uniprot A9VEV6) and C-terminal region (residues THr239 to Gln263) from Voltage-gated sodium channel (Uniprot A3S9R1)
由来: (組換発現) Bacillus weihenstephanensis (バクテリア), (組換発現) Sulfitobacter sp. NAS-14.1 (バクテリア)
株: KBAB4 / 遺伝子: BcerKBAB4_0590, NAS141_12386 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX / 参照: UniProt: A9VEV6, UniProt: A3SUL8
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 19-21% polyethylene glycol monomethyl ether 550, 0.05M magnesium nitrate, 0.1M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月24日
詳細: Monochromator 2nd Si:Sagittal focus, Flat Mirror:Vertical focus
放射モノクロメーター: Si 111 double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→28.91 Å / Num. all: 11202 / Num. obs: 10367 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 41.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 893 / % possible all: 83.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AHY

2ahy


解像度: 3.2→28.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 26.685 / SU ML: 0.447 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.019 / ESU R Free: 0.476 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32192 536 4.9 %RANDOM
Rwork0.29184 ---
obs0.2933 10367 92.6 %-
all-11202 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 101.982 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å2-0.09 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→28.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2150 0 3 0 2153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0191.9762966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2155272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.95322.46877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.89115387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8021510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.481.51362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87622193
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.623831
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1414.5773
LS精密化 シェル解像度: 3.201→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.403 --
Rwork0.382 771 -
obs--83.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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