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- PDB-3vo0: Crystal structure of beta-glucuronidase from Acidobacterium capsu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vo0
タイトルCrystal structure of beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum covalent-bonded with 2-deoxy-2-fluoro-D-glucuronic acid
要素beta-Glucuronidase
キーワードHYDROLASE / TIM Barrel / Greek-key / Glycoside hydrolase family 79
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-glucuronidase, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 79 C-terminal beta domain / : / Glycoside hydrolase, family 79 / Glycosyl hydrolase family 79, N-terminal domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Beta-glucuronidase, C-terminal / Glycosyl hydrolase family 79 C-terminal beta domain / : / Glycoside hydrolase, family 79 / Glycosyl hydrolase family 79, N-terminal domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,4-DINITROPHENOL / 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranuronic acid / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranuronic acid / PHOSPHATE ION / Beta-glucuronidase C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Acidobacterium capsulatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Momma, M. / Fujimoto, Z. / Michikawa, M. / Ichinose, H. / Jongkees, S. / Yoshida, M. / Kotake, Y. / Biely, P. / Tsumuraya, Y. / Withers, S. / Kaneko, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural and biochemical characterization of glycoside hydrolase family 79 beta-glucuronidase from Acidobacterium capsulatum
著者: Michikawa, M. / Ichinose, H. / Momma, M. / Biely, P. / Jongkees, S. / Yoshida, M. / Kotake, T. / Tsumuraya, Y. / Withers, S.G. / Fujimoto, Z. / Kaneko, S.
履歴
登録2012年1月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-Glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6719
ポリマ－52,3401
非ポリマー1,3318
水6,431357
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: beta-Glucuronidase
ヘテロ分子

A: beta-Glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,34218
ポリマ－104,6812
非ポリマー2,66116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
Buried area4930 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area34570 Å2
手法PISA
3
A: beta-Glucuronidase
ヘテロ分子

A: beta-Glucuronidase
ヘテロ分子

A: beta-Glucuronidase
ヘテロ分子

A: beta-Glucuronidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,68436
ポリマ－209,3614
非ポリマー5,32332
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
Buried area11670 Å2
ΔGint-131 kcal/mol
Surface area67330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.489, 101.489, 218.238
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-914-

HOH

21A-915-

HOH

31A-916-

HOH

41A-917-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 beta-Glucuronidase


分子量: 52340.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidobacterium capsulatum (バクテリア)
株: ATCC 51196 / 遺伝子: ACP_2665 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21gold (DE3) / 参照: UniProt: C1F2K5, beta-glucuronidase

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 糖 ChemComp-GUZ / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucopyranuronic acid / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-glucuronide / 2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-glucuronic acid / 2-deoxy-2-fluoro-D-glucuronic acid / 2-deoxy-2-fluoro-glucuronic acid


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 196.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H9FO6
識別子タイププログラム
a-D-GlcpA2fluoroIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 糖 ChemComp-GUF / 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucopyranuronic acid / 2-deoxy-2-fluoro-beta-glucuronide / 2-deoxy-2-fluoro-beta-D-glucuronic acid / 2-deoxy-2-fluoro-D-glucuronic acid / 2-deoxy-2-fluoro-glucuronic acid


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 196.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H9FO6

-
非ポリマー , 3種, 362分子

#4: 化合物 ChemComp-DNF / 2,4-DINITROPHENOL


分子量: 184.106 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4N2O5
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.0M sodium phosphate monobasic monohydrate/potassium phosphate dibasic (0.5/9.5 [v/v]), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月16日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→32.094 Å / Num. obs: 45161 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 24.6 % / Biso Wilson estimate: 18.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 35.5
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Num. unique all: 4448 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.5.0109位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VNY

3vny


解像度: 1.9→32.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.342 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23959 2193 5 %RANDOM
Rwork0.20592 ---
obs0.20757 41414 96.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.466 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.87 Å20 Å20 Å2
2--0.87 Å20 Å2
3----1.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→32.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3531 0 85 357 3973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223784
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3891.9795177
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9515483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.03323.669169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.81315540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0061523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212995
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7521.52334
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32223717
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.07231450
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2864.51451
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.901→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 160 -
Rwork0.276 3057 -
obs-3057 97.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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