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万見
- PDB-3vnc: Crystal Structure of TIP-alpha N25 from Helicobacter Pylori in it... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vnc
タイトルCrystal Structure of TIP-alpha N25 from Helicobacter Pylori in its natural dimeric form
要素TIP-alpha
キーワードDNA BINDING PROTEIN / TNF-alpha-inducing Protein / HP0596 / Homodimer / Carcinogenic Factor
機能・相同性Helicobacter TNF-alpha-Inducing protein / Helicobacter TNF-alpha-inducing protein / TNF-alpha-Inducing protein of Helicobacter / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Alpha Beta / Tumor necrosis factor alpha-inducing protein
機能・相同性情報
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Gao, M. / Li, D. / Hu, Y. / Zou, Q. / Wang, D.-C.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of TNF-alpha-Inducing Protein from Helicobacter Pylori in Active Form Reveals the Intrinsic Molecular Flexibility for Unique DNA-Binding
著者: Gao, M. / Li, D. / Hu, Y. / Zhang, Y. / Zou, Q. / Wang, D.-C.
履歴
登録2012年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TIP-alpha
B: TIP-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4462
ポリマ－38,4462
非ポリマー00
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area15800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.700, 46.936, 99.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.78, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 TIP-alpha / Putative uncharacterized protein


分子量: 19223.031 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 25-192 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: 26695 / 遺伝子: HP_0596 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL(DE3) / 参照: UniProt: O25318
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 16% PEG3350, 80% Tacsimate, 2% 1,2-propanediol, 5% MPD, 5% Glycerol, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.97898, 0.97917, 0.96395
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月26日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978981
20.979171
30.963951
反射解像度: 2.6→49.14 Å / Num. all: 15779 / Num. obs: 15054 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 37.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 2289 / Rsym value: 0.374 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→49.14 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2045408.21 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1527 10.1 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.231 15054 95.1 %-
all-15815 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 58.6298 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.88 Å20 Å211.46 Å2
2---16.65 Å20 Å2
3---3.77 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2382 0 0 55 2437
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 209 9.4 %
Rwork0.319 2013 -
obs-2289 85.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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