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万見
- PDB-3vna: Structural insights into small RNA sorting and mRNA binding by Ar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vna
タイトルStructural insights into small RNA sorting and mRNA binding by Arabidopsis Ago Mid domains
要素Protein argonaute 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / Rossmann fold (ロスマンフォールド) / 5'-nucleotide small RNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


adaxial/abaxial pattern specification / adventitious root development / auxin metabolic process / leaf morphogenesis / leaf proximal/distal pattern formation / RNAi-mediated antiviral immune response / leaf vascular tissue pattern formation / response to far red light / RNA干渉 / response to auxin ...adaxial/abaxial pattern specification / adventitious root development / auxin metabolic process / leaf morphogenesis / leaf proximal/distal pattern formation / RNAi-mediated antiviral immune response / leaf vascular tissue pattern formation / response to far red light / RNA干渉 / response to auxin / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / siRNA binding / miRNA binding / RNA endonuclease activity / regulation of translation / defense response to virus / single-stranded RNA binding / 細胞分化 / ribonucleoprotein complex / 自然免疫系 / mRNA binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Argonaut, glycine-rich domain / Glycine-rich region of argonaut / Protein argonaute, Mid domain / Argonaute-like, PIWI domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 ...Argonaut, glycine-rich domain / Glycine-rich region of argonaut / Protein argonaute, Mid domain / Argonaute-like, PIWI domain / Mid domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / Protein argonaute, N-terminal / N-terminal domain of argonaute / Argonaute linker 2 domain / DUF1785 / Argonaute, linker 1 domain / Argonaute linker 1 domain / Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain / PAZ domain profile. / Response regulator / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein argonaute 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yuan, Y.A. / Zha, X.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: Structural insights into small RNA sorting and mRNA target binding by Arabidopsis Argonaute Mid domains
著者: Zha, X. / Xia, Q. / Yuan, Y.A.
履歴
登録2012年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein argonaute 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8926
ポリマ－17,4111
非ポリマー4805
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.005, 60.966, 67.376
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein argonaute 1


分子量: 17411.287 Da / 分子数: 1 / 断片: Mid domain, UNP residues 592-739 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O04379
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Ammonium sulfate, Citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: 180 degree / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 10308 / Num. obs: 10112 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→45.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 8.383 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25147 511 4.8 %RANDOM
Rwork0.18501 ---
obs0.18807 10112 98.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.293 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20 Å2
2---1.5 Å20 Å2
3---1.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→45.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1154 0 25 102 1281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221192
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3021.9911612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5595147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.75225.30649
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.11315224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.04156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2184
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02856
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2512
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.2816
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9341.5770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32421198
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3793480
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8584.5414
LS精密化 シェル解像度: 1.998→2.049 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 37 -
Rwork0.223 710 -
obs--93.96 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.566 Å / Origin y: 4.757 Å / Origin z: 9.7927 Å
111213212223313233
T-0.0619 Å20.0119 Å20.0314 Å2--0.0458 Å2-0.0047 Å2---0.0333 Å2
L0.3146 °20.3565 °20.1155 °2-2.4997 °2-0.301 °2--0.8626 °2
S0.0427 Å °-0.0022 Å °0.0356 Å °0.0172 Å °-0.051 Å °0.1169 Å °0.0372 Å °-0.0046 Å °0.0084 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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