解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / % possible all: 93.5
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
HKL-2000
データ収集
PHASES
位相決定
REFMAC
5.2.0019
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→45.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 8.383 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.25147
511
4.8 %
RANDOM
Rwork
0.18501
-
-
-
obs
0.18807
10112
98.03 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Biso mean: 23.293 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
0.24 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
-1.5 Å2
0 Å2
3-
-
-
1.25 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 2→45.22 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
1154
0
25
102
1281
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.014
0.022
1192
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
1.302
1.991
1612
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_1_deg
5.559
5
147
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_2_deg
38.752
25.306
49
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_3_deg
15.113
15
224
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_4_deg
21.04
15
6
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.083
0.2
184
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.005
0.02
856
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_refined
0.205
0.2
512
X-RAY DIFFRACTION
r_nbtor_refined
0.294
0.2
816
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_refined
0.139
0.2
74
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_vdw_refined
0.152
0.2
41
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_hbond_refined
0.175
0.2
9
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_it
0.934
1.5
770
X-RAY DIFFRACTION
r_mcangle_it
1.324
2
1198
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_it
2.379
3
480
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_it
3.858
4.5
414
LS精密化 シェル
解像度: 1.998→2.049 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.38
37
-
Rwork
0.223
710
-
obs
-
-
93.96 %
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: 0.566 Å / Origin y: 4.757 Å / Origin z: 9.7927 Å