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- PDB-3vm4: Cytochrome P450SP alpha (CYP152B1) in complex with (R)-ibuprophen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vm4
タイトルCytochrome P450SP alpha (CYP152B1) in complex with (R)-ibuprophen
要素Fatty acid alpha-hydroxylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, E-class, group I / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / (2R)-2-[4-(2-methylpropyl)phenyl]propanoic acid / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Fujishiro, T. / Shoji, O. / Nagano, S. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Watanabe, Y.
引用ジャーナル: Chem Asian J / 年: 2012
タイトル: Chiral-substrate-assisted stereoselective epoxidation catalyzed by H2O2-dependent cytochrome P450SP alpha
著者: Fujishiro, T. / Shoji, O. / Kawakami, N. / Watanabe, T. / Sugimoto, H. / Shiro, Y. / Watanabe, Y.
履歴
登録2011年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid alpha-hydroxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6855
ポリマ－45,6261
非ポリマー1,0594
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.390, 94.390, 112.863
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid alpha-hydroxylase / Cytochrome P450SP alpha / CYP152B1


分子量: 45625.848 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 9-415 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)
プラスミド: pGEX-AX2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O24782, fatty-acid peroxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-IZP / (2R)-2-[4-(2-methylpropyl)phenyl]propanoic acid / (R)-Ibuprofen / (R)-イブプロフェン


分子量: 206.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18O2
#4: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.33 % / Mosaicity: 0.717 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50mM HEPES, 17.5% MPD, 25mM MES, 10% glycerol, 5mM (R)-ibuprophen, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月24日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→20 Å / Num. obs: 43560 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 27.626 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.143 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.94-2.0110.70.29742870.9161100
2.01-2.0910.70.21743210.961100
2.09-2.1810.60.1643061.0281100
2.18-2.310.60.11843181.1251100
2.3-2.4410.60.09243141.181100
2.44-2.6310.50.07143291.1361100
2.63-2.910.40.05543321.4391100
2.9-3.3110.30.04243801.2751100
3.31-4.1710.20.03444151.2331100
4.17-209.30.03245581.148199.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.94 Å19.76 Å
Translation1.94 Å19.76 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AWM

3awm


解像度: 1.94→19.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.1888 / WRfactor Rwork: 0.1626 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8943 / SU B: 5.015 / SU ML: 0.067 / SU R Cruickshank DPI: 0.2013 / SU Rfree: 0.1088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.109 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1861 2132 4.9 %RANDOM
Rwork0.1583 ---
obs0.1596 43382 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.35 Å2 / Biso mean: 19.5151 Å2 / Biso min: 4.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å2-0.14 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3220 0 74 274 3568
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1931.9854699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1575424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.91422.164171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.15215529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0471539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212725
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8381.52051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4523285
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.24531390
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4194.51405
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.16433441
LS精密化 シェル解像度: 1.94→1.99 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 164 -
Rwork0.157 3009 -
all-3173 -
obs--99.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8575-0.0432-0.59250.1458-0.15521.35870.0436-0.20340.1-0.03390.02270.00440.0050.0082-0.06630.0075-0.0392-0.00220.223-0.03450.133414.571-39.109-14.689
20.99372.22970.1785-0.0202-0.3247-3.18020.0486-0.06640.0716-0.0556-0.01470.0334-0.0799-0.068-0.03390.0479-0.0277-0.00490.2638-0.0350.180113.582-40.599-19.304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 415
2X-RAY DIFFRACTION2A501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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