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万見
- PDB-3vkw: Crystal Structure of the Superfamily 1 Helicase from Tomato Mosai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vkw
タイトルCrystal Structure of the Superfamily 1 Helicase from Tomato Mosaic Virus
要素Replicase large subunit
キーワードTRANSFERASE / alpha/beta domain / Helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA methyltransferase activity / mRNA modification / RNA processing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication ...mRNA methyltransferase activity / mRNA modification / RNA processing / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / RNA helicase activity / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #420 / : / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / Beta-Lactamase / (+) RNA virus helicase core domain ...Beta-Lactamase - #420 / : / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / Beta-Lactamase / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Tomato mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Nishikiori, M. / Sugiyama, S. / Xiang, H. / Niiyama, M. / Ishibashi, K. / Inoue, T. / Ishikawa, M. / Matsumura, H. / Katoh, E.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the superfamily 1 helicase from tomato mosaic virus
著者: Nishikiori, M. / Sugiyama, S. / Xiang, H. / Niiyama, M. / Ishibashi, K. / Inoue, T. / Ishikawa, M. / Matsumura, H. / Katoh, E.
履歴
登録2011年11月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replicase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7018
ポリマ－50,0291
非ポリマー6727
水10,215567
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.441, 128.817, 40.742
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Replicase large subunit / 183 kDa protein / RNA-directed RNA polymerase / Replicase small subunit / 126 kDa protein / ...183 kDa protein / RNA-directed RNA polymerase / Replicase small subunit / 126 kDa protein / Methyltransferase/RNA helicase / MT/HEL


分子量: 50028.535 Da / 分子数: 1 / 断片: helicase contained domain, UNP residues 666-1111 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tomato mosaic virus (ウイルス) / 株: L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P03587, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの, RNA helicase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 567 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.11 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M NaH2PO4-NaOH pH 6.5, 1.7M (NH4)2SO4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 36315 / Num. obs: 36315 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 10.2 Å2
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXS位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→31.94 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 57079.26 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1752 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.181 35277 97 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.4476 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 19.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.11 Å20 Å20 Å2
2--4.99 Å20 Å2
3----0.88 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.15 Å0.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3455 0 35 567 4057
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.932
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.172.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 279 5 %
Rwork0.205 5247 -
obs--92.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION5tm1hel.paramtm1hel.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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