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- PDB-3vki: Monoclinic Crystal Structure of Salmonella FlgA in closed form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vki
タイトルMonoclinic Crystal Structure of Salmonella FlgA in closed form
要素Flagella basal body P-ring formation protein flgA
キーワードCHAPERONE / BACTERIAL FLAGELLUM / SECRETION / DISULFIDE BOND
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #760 / Flagella basal body P-ring formation protein FlgA, C-terminal / Flagellar protein FlgA / Chaperone for flagella basal body P-ring formation / SAF domain / SAF / SAF domain / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagella basal body P-ring formation protein FlgA
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Matsunami, H. / Samatey, F.A. / Namba, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural flexibility of the periplasmic protein, FlgA, regulates flagellar P-ring assembly in Salmonella enterica
著者: Matsunami, H. / Yoon, Y.H. / Meshcheryakov, V.A. / Namba, K. / Samatey, F.A.
履歴
登録2011年11月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagella basal body P-ring formation protein flgA
B: Flagella basal body P-ring formation protein flgA
C: Flagella basal body P-ring formation protein flgA
D: Flagella basal body P-ring formation protein flgA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,6234
ポリマ－94,6234
非ポリマー00
水3,351186
1
A: Flagella basal body P-ring formation protein flgA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6561
ポリマ－23,6561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Flagella basal body P-ring formation protein flgA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6561
ポリマ－23,6561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Flagella basal body P-ring formation protein flgA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6561
ポリマ－23,6561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Flagella basal body P-ring formation protein flgA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6561
ポリマ－23,6561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.926, 103.317, 85.501
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.260, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Flagella basal body P-ring formation protein flgA / Flagellar flga protein


分子量: 23655.721 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: SJW1103 / 遺伝子: flgA / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40131
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 12% PEG 6000, 0.05M CITRIC ACID PH 4.2, 1.0M LICl, 14% 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL, vapor diffusion, hanging drop, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月19日
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40.8 Å / Num. obs: 39534 / % possible obs: 99.3 %
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALACCP4_3.3.16データスケーリング
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→25 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7739 / SU ML: 0.86 / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2812 1983 5.02 %RANDOM
Rwork0.2513 ---
obs0.2529 39492 99.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.642 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 143.44 Å2 / Biso mean: 60.0246 Å2 / Biso min: 5.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.3415 Å2-0 Å2-0.8884 Å2
2---11.4207 Å2-0 Å2
3---0.0792 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5980 0 0 186 6166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046064
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9698240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075968
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031100
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6782248
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.35750.33271510.30242491264293
2.3575-2.42120.37991470.30212646279399
2.4212-2.49240.29221290.305327002829100
2.4924-2.57270.39161320.288427262858100
2.5727-2.66460.34751390.288126542793100
2.6646-2.77110.31221480.270726912839100
2.7711-2.89710.31911320.253926942826100
2.8971-3.04960.28321660.262527002866100
3.0496-3.24030.28281350.258126852820100
3.2403-3.48980.26631480.251326722820100
3.4898-3.83990.29521460.241727262872100
3.8399-4.39290.24971430.222427032846100
4.3929-5.52470.23061290.223927302859100
5.5247-24.98560.26091380.25122691282997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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