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- PDB-3vke: Contribution of the first K-homology domain of poly(C)-binding pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vke
タイトルContribution of the first K-homology domain of poly(C)-binding protein 1 to its affinity and specificity for C-rich oligonucleotides
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
  • Poly(rC)-binding protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / PCBP-1 / DNA RNA BINDING PROTEIN / KH DOMAIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific single stranded DNA binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / single-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / postsynaptic density / nuclear speck / cadherin binding / ribonucleoprotein complex ...sequence-specific single stranded DNA binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / single-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / postsynaptic density / nuclear speck / cadherin binding / ribonucleoprotein complex / viral RNA genome replication / mRNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Poly(rC)-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Traore, D.A.K. / Wilce, M.C.J. / Wilce, J.A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Contribution of the first K-homology domain of poly(C)-binding protein 1 to its affinity and specificity for C-rich oligonucleotides
著者: Yoga, Y.M.K. / Traore, D.A.K. / Sidiqi, M. / Szeto, C. / Pendini, N.R. / Barker, A. / Leedman, P.J. / Wilce, J.A. / Wilce, M.C.J.
履歴
登録2011年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(rC)-binding protein 1
B: Poly(rC)-binding protein 1
C: Poly(rC)-binding protein 1
D: Poly(rC)-binding protein 1
R: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
S: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
T: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')
U: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8048
ポリマ－40,8048
非ポリマー00
水1,27971
1
A: Poly(rC)-binding protein 1
R: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2012
ポリマ－10,2012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Poly(rC)-binding protein 1
S: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2012
ポリマ－10,2012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Poly(rC)-binding protein 1
T: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2012
ポリマ－10,2012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Poly(rC)-binding protein 1
U: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2012
ポリマ－10,2012
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.597, 114.887, 43.429
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Poly(rC)-binding protein 1 / Alpha-CP1 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein E1 / hnRNP E1 / Nucleic acid-binding protein SUB2.3


分子量: 8462.802 Da / 分子数: 4 / 断片: KH1 domain / 変異: C54S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCBP1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15365
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*CP*A)-3')


分子量: 1738.183 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1M phosphate-citrate, 40%(v/v) PEG 300, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→38.51 Å / Num. obs: 36143 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 7.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZTG

1ztg


解像度: 1.77→27.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 4.484 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2134 1808 5 %RANDOM
Rwork0.161 ---
obs0.1636 35997 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 90.59 Å2 / Biso mean: 31.5288 Å2 / Biso min: 13.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.36 Å2-0 Å2-1.68 Å2
2--1.63 Å2-0 Å2
3---0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→27.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2237 388 0 71 2696
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0222632
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2432.1593602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4335293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.11123.28873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.2315433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.7031517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1570.2435
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4091.51448
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.96222330
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.8531184
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.2774.51270
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.11532632
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.816 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 137 -
Rwork0.187 2592 -
all-2729 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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