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- PDB-3vk8: Crystal structure of DNA-glycosylase bound to DNA containing Thym... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vk8
タイトルCrystal structure of DNA-glycosylase bound to DNA containing Thymine glycol
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(CTG)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3')
  • Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE/DNA / DNA glycosylase / hNEIL1 ortholog / DNA LESION / Thymine glycol / Zincless finger / DNA binding / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-formamidopyrimidine glycosylase / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase C-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. ...: / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase C-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Imamura, K. / Averill, A. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural characterization of viral ortholog of human DNA glycosylase NEIL1 bound to thymine glycol or 5-hydroxyuracil-containing DNA
著者: Imamura, K. / Averill, A. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural characterization of a viral NEIL1 ortholog unliganded and bound to abasic site-containing DNA
著者: Imamura, K. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
履歴
登録2011年11月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase
B: Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase
C: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(CTG)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(CTG)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1617
ポリマ－85,0696
非ポリマー921
水7,999444
1
A: Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase
C: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(CTG)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6274
ポリマ－42,5353
非ポリマー921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16120 Å2
手法PISA
2
B: Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase
E: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(CTG)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5353
ポリマ－42,5353
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.737, 121.617, 80.836
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Fapy-DNA glycosylase / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / AP lyase


分子量: 34581.367 Da / 分子数: 2 / 変異: E3Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
遺伝子: MIMI_L315 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLys
参照: UniProt: Q5UQ00, DNA-formamidopyrimidine glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3')


分子量: 4016.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: complementary DNA
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(CTG)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')


分子量: 3936.563 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA containing Thymine glycol
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.18 % / 解説: The SF file contains Friedel pairs / Mosaicity: 0.49 °
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: PEG 3350, Mg(NO3)2, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 23-ID-B11.0332
回転陽極RIGAKU RUH3R21.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2008年10月25日mirrors
MAR scanner 345 mm plate2IMAGE PLATE2008年8月15日Xenocs FOX 2D Multilayer mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED SI(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
21.54181
反射解像度: 2→35 Å / Num. obs: 96852 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.072.80.3737750.5461,273.3
2.07-2.153.20.34640420.4811,279.7
2.15-2.254.30.38245390.8141,288.4
2.25-2.3780.33651210.5871,2100
2.37-2.529.10.30951460.5411,2100
2.52-2.719.70.25851260.5911,2100
2.71-2.999.90.18251520.7071,2100
2.99-3.4210.10.12751271.1651,2100
3.42-4.3110.10.09551831.851,2100
4.31-35100.07752151.8551,2100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2→14.96 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: The SF file contains Friedel pairs
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2304 8303 8.2 %from 3A46
Rwork0.1998 ---
all0.211 ---
obs0.201 88772 87.2 %-
溶媒の処理Bsol: 69.5923 Å2
原子変位パラメータBiso max: 56.57 Å2 / Biso mean: 21.482 Å2 / Biso min: 3.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.062 Å20 Å20.584 Å2
2---5.424 Å20 Å2
3---1.362 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→14.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4732 1054 6 444 6236
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.165
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.371.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.0572
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.1392
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.0672.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 831 -
Rwork0.269 --
obs-9229 54.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep-090403.paramdna-rna-test.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5gol_xplor_paramgol_xplor_top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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