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万見
- PDB-3vk7: Crystal structure of DNA-glycosylase bound to DNA containing 5-Hy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vk7
タイトルCrystal structure of DNA-glycosylase bound to DNA containing 5-Hydroxyuracil
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(OHU)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3')
  • Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE/DNA / DNA glycosylase / hNEIL1 ortholog / DNA LESION / 5-Hydroxyuracil / Zincless finger / DNA binding / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-formamidopyrimidine glycosylase / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase C-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / MutM-like, N-terminal / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. ...: / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase C-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / MutM-like, N-terminal / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / DNA / DNA (> 10) / Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Imamura, K. / Averill, A. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural characterization of viral ortholog of human DNA glycosylase NEIL1 bound to thymine glycol or 5-hydroxyuracil-containing DNA
著者: Imamura, K. / Averill, A. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural characterization of a viral NEIL1 ortholog unliganded and bound to abasic site-containing DNA
著者: Imamura, K. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
履歴
登録2011年11月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月16日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase
B: Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase
C: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(OHU)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(OHU)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1778
ポリマ－85,0856
非ポリマー922
水8,215456
1
A: Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase
C: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(OHU)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5894
ポリマ－42,5433
非ポリマー461
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
2
B: Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase
E: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(OHU)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,5894
ポリマ－42,5433
非ポリマー461
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3980 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area16300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.703, 121.594, 81.121
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALGLUGLUchain A and (resseq 7:200 )AA7 - 2007 - 200
21VALVALGLUGLUchain B and (resseq 7:200 )BB7 - 2007 - 200
12SERSERILEILEchain A and (resseq 230:270 )AA230 - 270230 - 270
22SERSERILEILEchain B and (resseq 230:270 )BB230 - 270230 - 270

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Fapy-DNA glycosylase / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / AP lyase


分子量: 34581.367 Da / 分子数: 2 / 変異: E3Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
遺伝子: MIMI_L315 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLys
参照: UniProt: Q5UQ00, DNA-formamidopyrimidine glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*GP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3')


分子量: 4056.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: complementary DNA
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(OHU)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3')


分子量: 3904.521 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA containing 5-hydroxyuracil
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 % / Mosaicity: 0.561 °
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: PEG 3350, HCOONa, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL CRYO-COOLED SI(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 45100 / Num. obs: 41763 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.117 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.182.70.23244390.575198.9
2.18-2.262.80.21544110.973198.5
2.26-2.372.60.18742320.737193.7
2.37-2.492.80.1444630.775199.1
2.49-2.652.90.11644590.787199.2
2.65-2.852.90.10244981.016199.4
2.85-3.142.80.08544491.372199.1
3.14-3.592.80.0735241.644178.3
3.59-4.522.70.05228181.816162.1
4.52-502.90.04844701.792197.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3A46

3a46


解像度: 2.1→28.296 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.7917 / SU ML: 1.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 位相誤差: 28.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2662 3770 9.27 %from starting model 3A46
Rwork0.2128 ---
obs0.2179 40659 91.11 %-
all-44626 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.299 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 85.98 Å2 / Biso mean: 25.4534 Å2 / Biso min: 6.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2251 Å20 Å2-1.5255 Å2
2---3.0974 Å2-0 Å2
3---5.3225 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.296 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4723 1056 6 456 6241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056116
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9898485
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067889
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2242354
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1577X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
12B1577X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.023
21A337X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
22B337X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.12660.35881390.23871442158197
2.1266-2.15450.29721430.24271396153995
2.1545-2.18410.34061740.23821404157894
2.1841-2.21520.29421090.23111446155594
2.2152-2.24830.2509430.25411474151793
2.2483-2.28340.3182960.2711277137382
2.2834-2.32080.3031120.23591376148892
2.3208-2.36080.30891660.22351404157095
2.3608-2.40370.27311490.21691441159097
2.4037-2.44990.30431660.21961467163398
2.4499-2.49990.29431620.22341473163598
2.4999-2.55420.2791470.21341441158898
2.5542-2.61360.26361660.20261479164598
2.6136-2.67890.29911400.2011472161299
2.6789-2.75130.2621620.22171458162099
2.7513-2.83220.29881630.22351513167699
2.8322-2.92350.31731700.22931433160399
2.9235-3.02790.28621660.219514991665100
3.0279-3.1490.22971730.19811436160999
3.149-3.29210.26391710.19991500167199
3.2921-3.46540.22681510.17791391154294
3.4654-3.68210.2178220.162831834020
3.6821-3.96560.1547530.181448754032
3.9656-4.36340.21551360.17751410154694
4.3634-4.99180.21351570.17171486164399
4.9918-6.27780.22551790.189814751654100
6.2778-28.29850.21831550.19351491164697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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