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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3vjd | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Y248A mutant of C(30) carotenoid dehydrosqualene synthase from Staphylococcus aureus | ||||||
![]() | Dehydrosqualene synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / CrtM / Carotenoid biosynthesis / Staphyloxanthin biosynthesis / Head-to-head condensation | ||||||
機能・相同性 | ![]() 4,4'-diapophytoene synthase / 15-cis-phytoene synthase activity / geranylgeranyl-diphosphate geranylgeranyltransferase activity / carotenoid biosynthetic process / farnesyltranstransferase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, C.I. / Jeng, W.Y. / Chang, W.J. / Wang, A.H.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Binding modes of zaragozic acid A to human squalene synthase and staphylococcal dehydrosqualene synthase 著者: Liu, C.I. / Jeng, W.Y. / Chang, W.J. / Ko, T.P. / Wang, A.H.J. #1: ![]() タイトル: A cholesterol biosynthesis inhibitor blocks Staphylococcus aureus virulence 著者: Liu, C.I. / Liu, G.Y. / Song, Y. / Yin, F. / Hensler, M.E. / Jeng, W.Y. / Nizet, V. / Wang, A.H.J. / Oldfield, E. #2: ![]() タイトル: Inhibition of staphyloxanthin virulence factor biosynthesis in Staphylococcus aureus: in vitro, in vivo, and crystallographic results 著者: Song, Y. / Liu, C.I. / Lin, F.Y. / No, J.H. / Hensler, M. / Liu, Y.L. / Jeng, W.Y. / Low, J. / Liu, G.Y. / Nizet, V. / Wang, A.H.J. / Oldfield, E. #3: ![]() タイトル: Mechanism of action and inhibition of dehydrosqualene synthase 著者: Lin, F.Y. / Liu, C.I. / Liu, Y.L. / Zhang, Y. / Wang, K. / Jeng, W.Y. / Ko, T.P. / Cao, R. / Wang, A.H.J. / Oldfield, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 148.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 117.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34695.402 Da / 分子数: 1 / 変異: Y248A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 27659 / 遺伝子: crtM / プラスミド: pET-32 Xa/LIC / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A9JQL9, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - |
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#2: 化合物 | ChemComp-TLA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.57 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.12-0.58M potassium sodium tartrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月6日 / 詳細: HORIZONTAL FOCUSING MIRROR |
放射 | モノクロメーター: LN2-Cooled Double Crystal Si(111) Monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.48→30 Å / Num. all: 55854 / Num. obs: 55684 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 50.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.48→1.53 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 5523 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2ZCO 解像度: 1.48→27.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.145 / SU ML: 0.038 / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.609 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.48→27.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.48→1.56 Å / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 16.5671 Å / Origin y: 53.7061 Å / Origin z: 36.9076 Å
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精密化 TLSグループ |
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