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万見
- PDB-3vib: Structural basis for multidrug recognition and antimicrobial resi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vib
タイトルStructural basis for multidrug recognition and antimicrobial resistance by MTRR, an efflux pump regulator from Neisseria Gonorrhoeae
要素MtrR
キーワードDNA BINDING PROTEIN / HELIX-TURN-HELIX MOTIF / DNA BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcription regulator MAATS, C-terminal / MAATS-type transcriptional repressor, C-terminal region / : / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...Transcription regulator MAATS, C-terminal / MAATS-type transcriptional repressor, C-terminal region / : / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / MtrR / HTH-type transcriptional regulator MtrR
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kumaraswami, M. / Shafer, W.M. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structural basis for multidrug recognitionand antimicrobial resistance by MTRR, an efflux pump regulator from Neisseria Gonorrhoeae
著者: Kumaraswami, M. / Shafer, W.M. / Brennan, R.G.
履歴
登録2011年9月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MtrR
B: MtrR
C: MtrR
D: MtrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,70115
ポリマ－97,1514
非ポリマー1,55011
水8,287460
1
A: MtrR
B: MtrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3037
ポリマ－48,5762
非ポリマー7285
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area16810 Å2
手法PISA
2
C: MtrR
D: MtrR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3988
ポリマ－48,5762
非ポリマー8236
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.300, 84.600, 58.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.900, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
MtrR / HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR MTRR / Multiple transferable resistance repressor


分子量: 24287.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: mtrR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: C0ITL7, UniProt: P39897*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 1.7M NA/K PHOSPHATE, 0.18M LITHIUM SULFATE, 0.1M CAPS, PH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP,

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9797, 0.9798, 1.02
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月20日
放射モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97971
20.97981
31.021
反射解像度: 2.4→45.46 Å / Num. obs: 39412 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / % possible all: 98.4

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位相決定

位相決定
手法
多波長異常分散
分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→45.46 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.256 3981 RANDOM
Rwork0.212 --
obs-39412 -
原子変位パラメータBiso max: 153.03 Å2 / Biso mean: 48.4034 Å2 / Biso min: 16.54 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6313 0 91 460 6864
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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