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- PDB-3vhu: Mineralocorticoid receptor ligand-binding domain with spironolactone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vhu
タイトルMineralocorticoid receptor ligand-binding domain with spironolactone
要素Mineralocorticoid receptor
キーワードTRANSCRIPTION/INHIBITOR / NUCLEAR RECEPTOR / TRANSCRIPTION FACTOR / ACTIVATING MUTATION / HYPERTENSION / ANTAGONIST / SPIRONOLACTONE / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / SUMOylation of intracellular receptors / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity ...nuclear steroid receptor activity / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / TBP-class protein binding / SUMOylation of intracellular receptors / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / DNA-binding transcription factor activity / endoplasmic reticulum membrane / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / signal transduction / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...: / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SPIRONOLACTONE / Mineralocorticoid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Sogabe, S. / Habuka, N.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Identification of Benzoxazin-3-one Derivatives as Novel, Potent, and Selective Nonsteroidal Mineralocorticoid Receptor Antagonists
著者: Hasui, T. / Matsunaga, N. / Ora, T. / Ohyabu, N. / Nishigaki, N. / Imura, Y. / Igata, Y. / Matsui, H. / Motoyaji, T. / Tanaka, T. / Habuka, N. / Sogabe, S. / Ono, M. / Siedem, C.S. / Tang, T. ...著者: Hasui, T. / Matsunaga, N. / Ora, T. / Ohyabu, N. / Nishigaki, N. / Imura, Y. / Igata, Y. / Matsui, H. / Motoyaji, T. / Tanaka, T. / Habuka, N. / Sogabe, S. / Ono, M. / Siedem, C.S. / Tang, T.P. / Gauthier, C. / De Meese, L.A. / Boyd, S.A. / Fukumoto, S.
履歴
登録2011年9月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mineralocorticoid receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4232
ポリマ－34,0061
非ポリマー4171
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.526, 171.509, 42.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Mineralocorticoid receptor / MR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 2


分子量: 34006.219 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND-BINDING DOMAIN, UNP residues 712-984 / 変異: C808S, S810L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR3C2, MCR, MLR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08235
#2: 化合物 ChemComp-SNL / SPIRONOLACTONE / 17-HYDROXY-7ALPHA-MERCAPTO-3-OXO-17ALPHA-PREGN-4-ENE-21- CARBOXYLIC ACID / GAMMA-LACTONE ACETATE / スピロノラクトン


分子量: 416.573 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H32O4S / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M HEPES pH 7.0, 1.26M Lithium sulfate, 6% PEG MME 2000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→50 Å / Num. obs: 19366 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 2.11→2.2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.515 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AB2

2ab2


解像度: 2.11→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 11.761 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24571 987 5.1 %RANDOM
Rwork0.19034 ---
obs0.19315 18299 97.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.646 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.62 Å20 Å20 Å2
2---2.96 Å20 Å2
3----1.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2034 0 29 62 2125
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222126
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2071.9882887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8355249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.68124.46894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.26815385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.993158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.92321250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.18532030
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2624876
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.6826856
LS精密化 シェル解像度: 2.109→2.164 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 58 -
Rwork0.289 1104 -
obs--81.77 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.6682 Å / Origin y: 21.9858 Å / Origin z: 3.0734 Å
111213212223313233
T0.1572 Å2-0.0008 Å20.0625 Å2-0.0279 Å2-0.0005 Å2--0.0546 Å2
L1.5109 °20.6821 °2-0.0194 °2-2.7998 °20.6876 °2--2.5934 °2
S0.0226 Å °-0.0456 Å °0.1754 Å °-0.2018 Å °0.0581 Å °0.0505 Å °-0.4091 Å °0.1776 Å °-0.0807 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A728 - 982
2X-RAY DIFFRACTION1A1001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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