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- PDB-3vh0: Crystal structure of E. coli YncE complexed with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vh0
タイトルCrystal structure of E. coli YncE complexed with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*G)-3')
  • Uncharacterized protein YncE
キーワードPROTEIN BINDING/DNA / beta-propeller / PROTEIN BINDING-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


outer membrane-bounded periplasmic space / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / YNCE-like beta-propeller / : / Cytochrome cd1-nitrite reductase-like, haem d1 domain superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized protein YncE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kagawa, W. / Sagawa, T. / Niki, H. / Kurumizaka, H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2011
タイトル: Structural basis for the DNA-binding activity of the bacterial beta-propeller protein YncE
著者: Kagawa, W. / Sagawa, T. / Niki, H. / Kurumizaka, H.
履歴
登録2011年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月14日Group: Database references
改定 1.22013年9月18日Group: Derived calculations
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein YncE
B: Uncharacterized protein YncE
C: Uncharacterized protein YncE
D: Uncharacterized protein YncE
E: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,4086
ポリマ－161,4086
非ポリマー00
水54030
1
A: Uncharacterized protein YncE
D: Uncharacterized protein YncE
E: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,0784
ポリマ－84,0784
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein YncE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6651
ポリマ－38,6651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Uncharacterized protein YncE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6651
ポリマ－38,6651
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)171.172, 171.172, 177.215
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein YncE


分子量: 38664.883 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yncE / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76116
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*GP*GP*TP*AP*CP*TP*CP*AP*G)-3')


分子量: 3374.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The DNA contains a short self-annealing sequence, GTAC.
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: tri-sodium citrate, tacsimate, PEG 3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月7日
放射モノクロメーター: Rotated-inclined double-crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 56609 / Num. obs: 56581 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.9-37.86.356370.3771100
3-3.127.89.356310.2561100
3.12-3.277.812.856240.181100
3.27-3.447.819.556470.1151100
3.44-3.657.824.156780.0871100
3.65-3.947.83056250.0671100
3.94-4.337.839.356650.0511100
4.33-4.967.851.456380.0411100
4.96-6.247.838.657040.0581100
6.24-507.656.257320.041199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.21精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VGZ

3vgz


解像度: 2.9→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.234 2867 RANDOM
Rwork0.21 --
obs0.21 56353 -
all-56391 -
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.48 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9910 448 0 30 10388
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.737
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
2.9-30.3253000.3043X-RAY DIFFRACTION531010
3-3.120.33092810.3082X-RAY DIFFRACTION532410
3.12-3.270.30462690.2878X-RAY DIFFRACTION533010
3.27-3.440.3022800.2677X-RAY DIFFRACTION534410
3.44-3.650.26762730.2349X-RAY DIFFRACTION538310
3.65-3.940.24912970.216X-RAY DIFFRACTION531010
3.94-4.330.21582740.195X-RAY DIFFRACTION536010
4.33-4.960.16272950.1467X-RAY DIFFRACTION534510
4.96-6.240.21553100.1927X-RAY DIFFRACTION536210
6.24-500.20782880.1835X-RAY DIFFRACTION541810

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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