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- PDB-3vgl: Crystal structure of a ROK family glucokinase from Streptomyces g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vgl
タイトルCrystal structure of a ROK family glucokinase from Streptomyces griseus in complex with glucose and AMPPNP
要素Glucokinase
キーワードTRANSFERASE / ROK family / glucokinase
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acylmannosamine kinase activity / glucokinase / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / glucokinase activity / glycolytic process / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucokinase ROK / : / ROK family signature. / ROK family / ROK family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / beta-D-glucopyranose / Glucokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Miyazono, K. / Tabei, N. / Morita, S. / Ohnishi, Y. / Horinouchi, S. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2012
タイトル: Substrate recognition mechanism and substrate-dependent conformational changes of an ROK family glucokinase from Streptomyces griseus
著者: Miyazono, K. / Tabei, N. / Morita, S. / Ohnishi, Y. / Horinouchi, S. / Tanokura, M.
履歴
登録2011年8月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月19日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2185
ポリマ－33,4441
非ポリマー7754
水5,008278
1
A: Glucokinase
ヘテロ分子

A: Glucokinase
ヘテロ分子

A: Glucokinase
ヘテロ分子

A: Glucokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,87420
ポリマ－133,7754
非ポリマー3,09916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.580, 87.730, 125.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-327-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Glucokinase


分子量: 33443.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
株: JCM 4626 / NBRC 13350 / 遺伝子: glkA, SGR_5377 / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: B1VZT1, glucokinase
#4: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 281分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.75M sodium citrate, 0.2M NaCl, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→20 Å / Num. obs: 53724 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 20.14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.55-1.590.6310.3462.687523408328940.44570.9
1.59-1.630.4850.2963.439591397933210.3783.5
1.63-1.680.3660.2624.4912077392136580.31693.3
1.68-1.730.2470.2176.1914548372636710.25298.5
1.73-1.790.1680.1838.5818306369136890.20699.9
1.79-1.850.1060.15912.0423588351835180.172100
1.85-1.920.0730.11916.4325199343834380.128100
1.92-20.0660.10418.6924276332133210.112100
2-2.090.0510.08521.8523088315131510.091100
2.09-2.190.0430.07524.3721976301930190.08100
2.19-2.310.0360.06527.420922288828870.07100
2.31-2.450.0310.05829.8519716273927380.062100
2.45-2.620.0290.05231.8318438257325720.056100
2.62-2.830.0260.04833.9917080241124110.052100
2.83-3.10.0230.04635.9315513222222210.049100
3.1-3.470.0210.04238.1313850201220120.045100
3.47-40.0180.03839.5512176181418130.04199.9
4-4.90.0190.03940.4810260152215190.04299.8
4.9-6.930.0170.03840.168081121112110.041100
6.930.020.03938.7139457086600.04393.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMACrefmac_5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VGM

3vgm


解像度: 1.55→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.321 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2024 2715 5.1 %RANDOM
Rwork0.1774 ---
obs0.1786 53724 96.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 52.27 Å2 / Biso mean: 23.5184 Å2 / Biso min: 3.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.51 Å20 Å20 Å2
2---0.75 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2271 0 41 278 2590
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212353
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3081.9713196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4935311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.53623.43499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.84515348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3451520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211806
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.671.51520
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23922389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0933833
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3794.5807
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 155 -
Rwork0.255 2736 -
all-2891 -
obs--70.94 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.264 Å / Origin y: 29.863 Å / Origin z: 19.411 Å
111213212223313233
T0.0372 Å20.0152 Å2-0.0467 Å2-0.0409 Å2-0.0028 Å2--0.0787 Å2
L0.2329 °2-0.0497 °20.3302 °2-1.5026 °2-0.5406 °2--0.9479 °2
S0.015 Å °-0.0229 Å °-0.0647 Å °0.1626 Å °0.0486 Å °-0.2326 Å °0.0241 Å °-0.0702 Å °-0.0637 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 313
2X-RAY DIFFRACTION1A322 - 325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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