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- PDB-3vfr: crystal structure of HLA B*3508LPEP-P4Ala, peptide mutant P4-ala -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vfr
タイトルcrystal structure of HLA B*3508LPEP-P4Ala, peptide mutant P4-ala
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • LPEP peptide from EBV, P4A, LPEALPQGQLTAY
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA B*3508 / Epstein Barr virus / TCR / T cell / antigen-presenting molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / release from viral latency / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression ...symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / release from viral latency / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / protein dimerization activity / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / DNA-binding transcription factor activity / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Trans-activator protein BZLF1, human herpesvirus 4 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 ...Trans-activator protein BZLF1, human herpesvirus 4 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA-B*3507 / Lytic switch protein BZLF1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Liu, Y.C. / Rossjohn, J. / Gras, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The Energetic Basis Underpinning T-cell Receptor Recognition of a Super-bulged Peptide Bound to a Major Histocompatibility Complex Class I Molecule.
著者: Liu, Y.C. / Chen, Z. / Burrows, S.R. / Purcell, A.W. / McCluskey, J. / Rossjohn, J. / Gras, S.
履歴
登録2012年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: LPEP peptide from EBV, P4A, LPEALPQGQLTAY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2643
ポリマ－45,2643
非ポリマー00
水8,521473
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.340, 80.664, 109.664
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31984.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C5MK56
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド LPEP peptide from EBV, P4A, LPEALPQGQLTAY


分子量: 1400.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: GL Biochem / 参照: UniProt: P03206*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2M ammonium acetate, 16% PEG 4K, 0.1M sodium citrate pH5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9536 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9536 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 7.2 % / Av σ(I) over netI: 8 / 数: 280600 / Rsym value: 0.095 / D res high: 1.85 Å / D res low: 64.979 Å / Num. obs: 38917 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
5.8519.8397.210.0350.0356.6
4.145.8599.910.0340.0347.1
3.384.1410010.040.047.1
2.933.3810010.0550.0557.3
2.622.9310010.0960.0967.3
2.392.6210010.1350.1357.3
2.212.3910010.1780.1787.2
2.072.2110010.2130.2137.3
1.952.0710010.2810.2817.2
1.851.9510010.4440.4447.2
反射解像度: 1.85→64.979 Å / Num. all: 38917 / Num. obs: 38917 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.85-1.957.20.4441.74032356010.444100
1.95-2.077.20.2812.83850553320.281100
2.07-2.217.30.2133.73645849670.213100
2.21-2.397.20.1784.43387446970.178100
2.39-2.627.30.1355.83140342800.135100
2.62-2.937.30.0968.12846439120.096100
2.93-3.387.30.05513.72539434920.055100
3.38-4.147.10.0418.22095429690.04100
4.14-5.857.10.03420.81645023330.03499.9
5.85-19.8336.60.03519.5877513340.03597.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZHK

1zhk


解像度: 1.85→19.833 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8539 / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2317 1945 5.01 %
Rwork0.1754 --
obs0.1781 38845 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.768 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 84.45 Å2 / Biso mean: 18.5116 Å2 / Biso min: 1.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6869 Å2-0 Å20 Å2
2---2.9182 Å2-0 Å2
3---4.6051 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.833 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3193 0 0 473 3666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1324641
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005623
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5491282
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.85-1.89620.29331380.242725892727
1.8962-1.94750.32311440.21826112755
1.9475-2.00470.2611390.194925682707
2.0047-2.06940.23071490.179926132762
2.0694-2.14320.20471420.173525852727
2.1432-2.22890.23211350.17426052740
2.2289-2.33020.22021410.166726012742
2.3302-2.45290.23161420.175226182760
2.4529-2.60630.21131090.170526612770
2.6063-2.8070.22221390.17826442783
2.807-3.08850.2581360.177726452781
3.0885-3.53320.23731270.176326762803
3.5332-4.44320.19671300.148526992829
4.4432-19.83460.22421740.171527852959

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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