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万見
- PDB-3vfe: Virtual Screening and X-Ray Crystallography for Human Kallikrein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vfe
タイトルVirtual Screening and X-Ray Crystallography for Human Kallikrein 6 Inhibitors with an Amidinothiophene P1 Group
要素Kallikrein-6
キーワードHYDROLASE / human kallikrein 6 / hk6 / serine protease / protein-ligand complex / Amidinothiophene
機能・相同性
機能・相同性情報


tissue regeneration / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / cornified envelope / hormone metabolic process / amyloid precursor protein metabolic process / intercellular bridge / regulation of cell differentiation / regulation of neuron projection development / protein autoprocessing / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ ...tissue regeneration / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / cornified envelope / hormone metabolic process / amyloid precursor protein metabolic process / intercellular bridge / regulation of cell differentiation / regulation of neuron projection development / protein autoprocessing / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / collagen catabolic process / myelination / secretory granule / central nervous system development / response to wounding / nuclear membrane / serine-type endopeptidase activity / nucleolus / endoplasmic reticulum / mitochondrion / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0HL / Kallikrein-6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Chen, X. / Zhang, Y. / Xia, T. / Wang, R.
引用
ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Virtual Screening and X-ray Crystallography for Human Kallikrein 6 Inhibitors with an Amidinothiophene P1 Group.
著者: Liang, G. / Chen, X. / Aldous, S. / Pu, S.F. / Mehdi, S. / Powers, E. / Giovanni, A. / Kongsamut, S. / Xia, T. / Zhang, Y. / Wang, R. / Gao, Z. / Merriman, G. / McLean, L.R. / Morize, I.
#1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Human kallikrein 6 inhibitors with a para-amidobenzylanmine P1 group identified through virtual screening.
著者: Liang, G. / Chen, X. / Aldous, S. / Pu, S.F. / Mehdi, S. / Powers, E. / Xia, T. / Wang, R.
履歴
登録2012年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kallikrein-6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9722
ポリマ－24,4181
非ポリマー5551
水2,774154
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.938, 47.909, 107.553
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Kallikrein-6 / Neurosin / Protease M / SP59 / Serine protease 18 / Serine protease 9 / Zyme


分子量: 24417.695 Da / 分子数: 1 / 断片: hk6 chain A / 変異: N132Q, R74Q, R76G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KLK6, PRSS18, PRSS9 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92876, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-0HL / 4-{[(3R)-3-{[(7-methoxynaphthalen-2-yl)sulfonyl](thiophen-3-ylmethyl)amino}-2-oxopyrrolidin-1-yl]methyl}thiophene-2-carboximidamide


分子量: 554.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H26N4O4S3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.20 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris-HCl pH8.5, 20% PEG MME 2000 and 10 mM benzamidine, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→40 Å / Num. obs: 18779 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.047 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.88-1.952.80.26818141.101197.2
1.95-2.032.90.21718941.074199.4
2.03-2.122.90.16418661.034199.3
2.12-2.232.90.12818601.024199.3
2.23-2.372.90.10418861.047199.2
2.37-2.552.90.08518781.092199
2.55-2.812.90.06618701.003198
2.81-3.212.90.05118811.006197.7
3.21-4.052.90.03719051.031197.1
4.05-402.80.0319251.06193

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOLREP位相決定
CNX2005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LO6

1lo6


解像度: 1.88→28.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8904 / Data cutoff high absF: 246388 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 755 4.2 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 17947 93.6 %-
all-18739 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.5237 Å2 / ksol: 0.4093 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 51.87 Å2 / Biso mean: 21.5063 Å2 / Biso min: 8.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.73 Å20 Å20 Å2
2---4.72 Å20 Å2
3----2.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.14 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→28.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1699 0 37 154 1890
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.17
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.122
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.172.5
LS精密化 シェル解像度: 1.88→2 Å / Rfactor Rfree error: 0.023 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 87 3.2 %
Rwork0.228 2671 -
all-2758 -
obs--87.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4inh.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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