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- PDB-3vf4: Crystal structure of the O-carbamoyltransferase TobZ S530A varian... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vf4
タイトルCrystal structure of the O-carbamoyltransferase TobZ S530A variant in complex with carbamoyl phosphate and ADP
要素O-carbamoyltransferase TobZ
キーワードTRANSFERASE / antibiotic biosynthesis / substrate assisted catalysis / substrate channeling / adenylation / structural enzymology / enzyme evolution
機能・相同性
機能・相同性情報


nebramycin 5' synthase / tobramycin biosynthetic process / kanamycin biosynthetic process / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / ligase activity / hydrolase activity / iron ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Carbamoyltransferase, C-terminal domain / Carbamoyltransferase / Carbamoyltransferase, C-terminal / Carbamoyltransferase, C-terminal domain superfamily / Carbamoyltransferase N-terminus / Carbamoyltransferase C-terminus / DHBP synthase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 ...Carbamoyltransferase, C-terminal domain / Carbamoyltransferase / Carbamoyltransferase, C-terminal / Carbamoyltransferase, C-terminal domain superfamily / Carbamoyltransferase N-terminus / Carbamoyltransferase C-terminus / DHBP synthase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / : / : / nebramycin 5' synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptoalloteichus tenebrarius (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Parthier, C. / Stubbs, M.T. / Goerlich, S. / Jaenecke, F.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2012
タイトル: The O-Carbamoyltransferase TobZ Catalyzes an Ancient Enzymatic Reaction.
著者: Parthier, C. / Gorlich, S. / Jaenecke, F. / Breithaupt, C. / Brauer, U. / Fandrich, U. / Clausnitzer, D. / Wehmeier, U.F. / Bottcher, C. / Scheel, D. / Stubbs, M.T.
履歴
登録2012年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月14日Group: Database references
改定 1.22012年5月2日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-carbamoyltransferase TobZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0985
ポリマ－63,4351
非ポリマー6634
水7,026390
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)99.247, 99.247, 280.444
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-891-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 O-carbamoyltransferase TobZ


分子量: 63435.160 Da / 分子数: 1 / 変異: S530A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptoalloteichus tenebrarius (バクテリア)
株: DSM40770T / 遺伝子: tacA, tobZ / プラスミド: pUWL201PW / 発現宿主: Streptomyces lividans (バクテリア) / 株 (発現宿主): TK24
参照: UniProt: Q70IY1, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; カルボキシル基またはH2NCO-カルバモイル基を移すもの

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非ポリマー , 5種, 394分子

#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-CP / PHOSPHORIC ACID MONO(FORMAMIDE)ESTER / カルバモイルりん酸


分子量: 141.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4NO5P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 390 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6 M sodium potassium tartrate, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→29.476 Å / Num. all: 32955 / Num. obs: 32764 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 28.583 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 13.99
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.50.4514.17198183640198.2
2.5-2.60.4044.92186103143199.4
2.6-2.70.3545.57157952682199.7
2.7-2.80.2946.5137932339199.7
2.8-3.160.199.69367146228199.9
3.16-3.520.11115.49233923970199.9
3.52-3.880.07321.451545326391100
3.88-4.240.0625.54107591844199.9
4.24-4.60.05228.24773313311100
4.6-100.05526.46251064451199.8
10-200.03636.382185451194.2
20-300.325.6610746178
20-300.325.66120

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VEN

3ven


解像度: 2.4→29.304 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.48 / SU ML: 0.62 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2274 1639 5 %INHERITED FROM 3VEN
Rwork0.1711 ---
obs0.1739 32754 99.48 %-
all-32955 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 22.344 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 87.6 Å2 / Biso mean: 23.1635 Å2 / Biso min: 8.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.8876 Å20 Å2-0 Å2
2--1.8876 Å20 Å2
3----3.7752 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.304 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4377 0 37 390 4804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074533
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0886184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005818
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.551640
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.47060.29331300.21422479260998
2.4706-2.55030.2651320.20442540267299
2.5503-2.64140.3061330.206625192652100
2.6414-2.74710.3051340.20925592693100
2.7471-2.8720.24681350.198925362671100
2.872-3.02330.27071360.184225832719100
3.0233-3.21250.25291350.177125672702100
3.2125-3.46020.22061360.175825992735100
3.4602-3.80770.22361380.160626092747100
3.8077-4.35710.18421390.134826242763100
4.3571-5.48370.16891410.133526962837100
5.4837-29.30670.20051500.17222804295498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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