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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3ven | ||||||
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Title | Crystal structure of the O-carbamoyltransferase TobZ | ||||||
![]() | O-carbamoyltransferase TobZ | ||||||
![]() | TRANSFERASE / antibiotic biosynthesis / substrate assisted catalysis / substrate channeling / adenylation / structural enzymology / enzyme evolution | ||||||
Function / homology | ![]() nebramycin 5' synthase / tobramycin biosynthetic process / kanamycin biosynthetic process / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / ligase activity / hydrolase activity / iron ion binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Parthier, C. / Stubbs, M.T. / Goerlich, S. / Jaenecke, F. | ||||||
![]() | ![]() Title: The O-Carbamoyltransferase TobZ Catalyzes an Ancient Enzymatic Reaction. Authors: Parthier, C. / Gorlich, S. / Jaenecke, F. / Breithaupt, C. / Brauer, U. / Fandrich, U. / Clausnitzer, D. / Wehmeier, U.F. / Bottcher, C. / Scheel, D. / Stubbs, M.T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 201 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 452.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 455.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 28.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 45.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3veoC ![]() 3verC ![]() 3vesC ![]() 3vetC ![]() 3vewC ![]() 3vexC ![]() 3vezC ![]() 3vf2C ![]() 3vf4C ![]() 4e1bC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 63417.145 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: F35L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: DSM40770T / Gene: tacA, tobZ / Plasmid: pUWL201PW / Production host: ![]() References: UniProt: Q70IY1, Transferases; Transferring one-carbon groups; Carboxy- and carbamoyltransferases |
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-Non-polymers , 5 types, 689 molecules ![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/TLA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/TLA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-FE2 / | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Chemical | ChemComp-TLA / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.13 Å3/Da / Density % sol: 60.76 % / Description: STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS. |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 1.6 M sodium potassium tartrate, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Feb 5, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.57→34.085 Å / Num. all: 215321 / Num. obs: 214415 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 26.432 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 23.71 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 46.846 Å2 / ksol: 0.378 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 72.37 Å2 / Biso mean: 23.6643 Å2 / Biso min: 8.51 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.57→34.085 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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