[日本語] English
万見
- PDB-3vem: Structural basis of transcriptional gene silencing mediated by Ar... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vem
タイトルStructural basis of transcriptional gene silencing mediated by Arabidopsis MOM1
要素Helicase protein MOM1
キーワードTRANSCRIPTION / Coiled-coil / hendecad / transcriptional gene silencing / siRNA / nucleus / chromatin
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of gene silencing by regulatory ncRNA / SUMO binding / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / negative regulation of gene expression, epigenetic / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / heterochromatin formation / regulation of gene expression / hydrolase activity ...regulation of gene silencing by regulatory ncRNA / SUMO binding / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / negative regulation of gene expression, epigenetic / helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / heterochromatin formation / regulation of gene expression / hydrolase activity / defense response to bacterium / protein homodimerization activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1310 / MOM1 / : / MOM1-like domain / : / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Helicase protein MOM1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Nishikura, T. / Petty, T.J. / Halazonetis, T. / Paszkowski, J. / Thore, S.
引用ジャーナル: PLOS GENET. / 年: 2012
タイトル: Structural Basis of Transcriptional Gene Silencing Mediated by Arabidopsis MOM1.
著者: Nishimura, T. / Molinard, G. / Petty, T.J. / Broger, L. / Gabus, C. / Halazonetis, T.D. / Thore, S. / Paszkowski, J.
履歴
登録2012年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Helicase protein MOM1
B: Helicase protein MOM1
C: Helicase protein MOM1
D: Helicase protein MOM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0414
ポリマ－53,0414
非ポリマー00
水00
1
A: Helicase protein MOM1
B: Helicase protein MOM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5202
ポリマ－26,5202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3390 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area12630 Å2
手法PISA
2
C: Helicase protein MOM1
D: Helicase protein MOM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5202
ポリマ－26,5202
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area12530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.640, 85.640, 292.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質
Helicase protein MOM1 / Protein MAINTENANCE OF METHYLATION / Protein MORPHEUS MOLECULE 1


分子量: 13260.241 Da / 分子数: 4 / 断片: Conserved MOM1 Motif 2 (CMM2) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: MOM1, MOM, At1g08060, T6D22.14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9M658

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris, 0.3 M magnesium formate dihydrate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.2→15 Å / Num. obs: 21107 / % possible obs: 99.58 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_353)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→14.959 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 2 / 位相誤差: 32.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2932 1055 5 %RANDOM
Rwork0.2584 ---
obs0.2601 21107 99.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 81.944 Å2 / ksol: 0.305 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.0553 Å2-0 Å20 Å2
2---15.0553 Å20 Å2
3---30.1106 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→14.959 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2761 0 0 0 2761
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012799
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2633720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4081127
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088402
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004481
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.3440.37441260.3682391X-RAY DIFFRACTION98
3.344-3.51810.3571310.30532489X-RAY DIFFRACTION100
3.5181-3.73530.3051320.27982503X-RAY DIFFRACTION100
3.7353-4.01860.34421290.26362472X-RAY DIFFRACTION100
4.0186-4.41350.3311310.24022486X-RAY DIFFRACTION100
4.4135-5.03080.27031320.21272524X-RAY DIFFRACTION100
5.0308-6.260.36461340.30962543X-RAY DIFFRACTION100
6.26-14.95940.22181400.21892644X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る