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- PDB-3vee: Rhodococcus jostii RHA1 DypB N246A variant in complex with heme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vee
タイトルRhodococcus jostii RHA1 DypB N246A variant in complex with heme
要素DypB
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxidase / lignan / Dyp
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Iron-dependent peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus jostii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Grigg, J.C. / Singh, R. / Armstrong, Z. / Eltis, L.D. / Murphy, M.E.P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Distal heme pocket residues of B-type dye-decolorizing peroxidase: arginine but not aspartate is essential for peroxidase activity.
著者: Singh, R. / Grigg, J.C. / Armstrong, Z. / Murphy, M.E. / Eltis, L.D.
履歴
登録2012年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DypB
B: DypB
C: DypB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,48510
ポリマ－112,4843
非ポリマー2,0027
水7,008389
1
A: DypB
B: DypB
C: DypB
ヘテロ分子

A: DypB
B: DypB
C: DypB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,97120
ポリマ－224,9676
非ポリマー4,00414
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area26730 Å2
ΔGint-276 kcal/mol
Surface area63660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.749, 132.749, 160.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 DypB


分子量: 37494.543 Da / 分子数: 3 / 変異: N246A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus jostii (バクテリア) / 株: RHA1 / 遺伝子: dypB, RHA1_ro02407 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q0SE24, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate, 3 M sodium chloride, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97952 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月15日
詳細: Collimating Mirror with two stripes (Si, Rh/Pt), Toroidal Focusing Mirror (Rh/Pt)
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly water-cooled first crystal and flat, long second crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97952 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 63119 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.021 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.446.40.58831441.043198.6
2.44-2.496.40.52831221.034198.7
2.49-2.536.40.47331371.036198.7
2.53-2.596.30.45631371.062198.6
2.59-2.646.40.36231811.02198.7
2.64-2.76.30.30531281.093198.6
2.7-2.776.40.24131541.012198.7
2.77-2.856.40.19631341.016198.7
2.85-2.936.40.17331691.022198.7
2.93-3.026.40.13431580.959198.7
3.02-3.136.30.11531391.011198.6
3.13-3.266.40.08931740.978198.6
3.26-3.416.30.07231760.971198.6
3.41-3.586.30.0731550.904198.1
3.58-3.816.30.06531500.952198.2
3.81-4.16.20.05131421.031197.6
4.1-4.526.20.0431631.105197.1
4.52-5.1760.03431481.203196.5
5.17-6.516.20.03132351.02198.2
6.51-4060.02631730.967192.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.5.0109位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QNR

3qnr


解像度: 2.4→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 5.76 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2176 3180 5.1 %RANDOM
Rwork0.1842 ---
obs0.1859 62878 97.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 83.49 Å2 / Biso mean: 44.1294 Å2 / Biso min: 13.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.03 Å2-0.51 Å20 Å2
2---1.03 Å20 Å2
3---1.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7006 0 135 389 7530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0227482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3632.01810251
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7545955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.68923.924344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.256151114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.1641555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7411.54697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.38627564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.87832785
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0024.52687
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.299 232 -
Rwork0.259 4382 -
all-4614 -
obs--97.98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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