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万見
- PDB-3vdp: Structure and biochemical studies of the recombination mediator p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vdp
タイトルStructure and biochemical studies of the recombination mediator protein RecR in RecFOR pathway
要素Recombination protein recR
キーワードRECOMBINATION / Zinc Finger / DNA repair / DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA recombination / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RecR Domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #240 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #80 / RecR, C-terminal / RecR, helix-hairpin-helix / DNA recombination protein RecR / Recombination protein RecR, conserved site / Recombination protein RecR / RecR, TOPRIM domain / RecR, Cys4-zinc finger motif ...RecR Domain 1 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #240 / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #80 / RecR, C-terminal / RecR, helix-hairpin-helix / DNA recombination protein RecR / Recombination protein RecR, conserved site / Recombination protein RecR / RecR, TOPRIM domain / RecR, Cys4-zinc finger motif / RecR protein signature. / Toprim domain / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 / Dna Topoisomerase Vi A Subunit; Chain: A, domain 2 - #10 / Helix-hairpin-helix motif / TOPRIM / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Helix non-globular / Special / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Recombination protein RecR
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.451 Å
データ登録者Tang, Q. / Yan, X.X. / Liang, D.C.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: RecOR complex including RecR N-N dimer and RecO monomer displays a high affinity for ssDNA
著者: Tang, Q. / Gao, P. / Liu, Y.P. / Gao, A. / An, X.M. / Liu, S. / Yan, X.X. / Liang, D.C.
履歴
登録2012年1月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Recombination protein recR
B: Recombination protein recR
C: Recombination protein recR
D: Recombination protein recR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,21714
ポリマ－94,5414
非ポリマー67610
水5,855325
1
A: Recombination protein recR
B: Recombination protein recR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6788
ポリマ－47,2712
非ポリマー4076
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area22730 Å2
手法PISA
2
C: Recombination protein recR
D: Recombination protein recR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5406
ポリマ－47,2712
非ポリマー2694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4400 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area23120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.260, 68.325, 94.056
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Recombination protein recR / RecR Recombinational DNA repair protein


分子量: 23635.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
株: MB4 / 遺伝子: recR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RDI4
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.85 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.9875 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9875 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→20 Å / Num. obs: 41210 / Biso Wilson estimate: 39.56 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.451→19.963 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7763 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 2072 5.03 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.1976 41210 97.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.306 Å2 / ksol: 0.312 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 149.65 Å2 / Biso mean: 54.649 Å2 / Biso min: 14.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.5133 Å20 Å23.4273 Å2
2--21.4745 Å20 Å2
3----9.0225 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.451→19.963 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6122 0 34 325 6481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136249
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5668434
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.111996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071075
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4462386
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4506-2.5380.30991870.2633425361286
2.538-2.63940.33952020.27223915411798
2.6394-2.75920.33991960.26083936413298
2.7592-2.90430.2662140.23453924413899
2.9043-3.08560.26662250.2423903412899
3.0856-3.32290.25052370.2253955419299
3.3229-3.65540.24791910.21433975416699
3.6554-4.18020.18622080.16743987419599
4.1802-5.25070.16142050.13864032423799
5.2507-19.9640.19922070.1744086429399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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