PDB-3vbz: Crystal structure of Taipoxin beta subunit isoform 2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vbz

タイトル

Crystal structure of Taipoxin beta subunit isoform 2

要素

Phospholipase A2 homolog, taipoxin beta chain

キーワード

TOXIN / phospholipase A2 fold / PLA2 fold / neurotoxin / phospholipase / Calcium binding / Taipoxin alpha subunit binding / Taipoxin gamma subunit binding / secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Oxyuranus scutellatus scutellatus (コブラ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Cendron, L. / Micetic, I. / Polverino, P. / Beltramini, M. / Paoli, M.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: Structural analysis of trimeric phospholipase A(2) neurotoxin from the Australian taipan snake venom.
著者: Cendron, L. / Micetic, I. / Polverino de Laureto, P. / Paoli, M.

履歴

登録	2012年1月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年9月26日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vbz.cif.gz	108.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vbz.ent.gz	84.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vbz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3vbz_validation.pdf.gz	443.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3vbz_full_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示
XML形式データ	3vbz_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	3vbz_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/3vbz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/3vbz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3vc0C 1ae7S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ux7-4 3g8h-d 2osn-d 3hsw-d 6q42-1 1o3w-d 1q6v-d 3qlm-d 6lg5-d 1yxh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Phospholipase A2 homolog, taipoxin beta chain

B: Phospholipase A2 homolog, taipoxin beta chain

26.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phospholipase A2 homolog, taipoxin beta chain

登録者が定義した集合体
13.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phospholipase A2 homolog, taipoxin beta chain

登録者が定義した集合体
13.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.570, 36.480, 65.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.09, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 118 / Label seq-ID: 1 - 118

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Phospholipase A2 homolog, taipoxin beta chain 分子量: 13327.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Oxyuranus scutellatus scutellatus (コブラ) Secretion: venom 参照: UniProt: P00615, UniProt: P0CG57*PLUS, phospholipase A2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES Sodium salt, 1.0 M Sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.91232 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月18日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91232 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→33.33 Å / Num. all: 23192 / Num. obs: 23192 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 15.76 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.76→1.86 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3236 / R_sym value: 0.278 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AE7

1ae7

解像度: 1.76→33.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 5.668 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22674	1189	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1821	-	-	-
all	0.18443	23192	-	-
obs	0.18443	22002	98.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.737 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.64 Å²	0 Å²	-0.18 Å²
2-	-	-0.05 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→33.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1844	0	0	193	2037

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.002	1.931	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.658	5	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.831	24.082	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.452	15	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.771	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.174	0.2	276
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	1488
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.251	1.5	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.974	2	1896
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.528	3	727
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.313	4.5	697

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
468	medium positional	0.27	0.5
437	loose positional	0.62	5
468	medium thermal	1.35	2
437	loose thermal	1.68	10

LS精密化シェル

解像度: 1.76→1.807 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	79	-
R_work	0.197	1516	-
obs	-	1516	94.32 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7247	-0.1702	-0.9038	3.3153	1.0624	4.1972	0.017	0.3504	-0.1117	-0.2612	-0.0466	-0.1759	0.0779	0.0285	0.0295	0.0741	-0.0132	0.0056	0.07	0.0175	0.0773	9.643	9.7075	-32.9588
2	0.9398	-0.0485	0.2059	0.4524	0.0649	1.3914	0.0025	0.1686	0.0721	-0.0358	0.0058	0.0451	-0.0845	-0.0609	-0.0083	0.05	-0.0015	-0.0017	0.0386	0.0191	0.0584	-2.7987	8.6893	-29.0082
3	2.9367	-4.5863	-5.8582	9.5749	5.6628	7.8767	-0.1894	-0.1246	-0.0148	0.5262	0.1927	-0.5702	0.7442	0.9519	-0.0032	0.0888	0.114	-0.0116	0.1655	-0.0079	0.0862	17.2975	2.2716	-26.489
4	1.6136	-0.3531	0.6296	0.9477	-0.328	2.3598	0.0645	0.2065	-0.0507	-0.0939	-0.0062	0.0689	0.0755	-0.0026	-0.0583	0.0595	-0.0079	0.0119	0.0467	0.0109	0.079	0.0394	5.8929	-31.4245
5	2.3617	-1.0293	-0.6416	3.8868	1.7539	5.029	-0.0048	-0.1932	0.1188	0.3332	-0.0264	0.0415	-0.0402	-0.2119	0.0311	0.0722	-0.0046	0.002	0.057	0.0194	0.0587	-2.6825	-2.9244	0.5872
6	1.0067	-0.1859	0.0915	0.4474	0.0443	1.0533	-0.0179	-0.1092	-0.1004	0.0171	-0.0017	0.1131	0.0725	-0.2013	0.0196	0.0589	-0.0098	-0.0013	0.0445	0.013	0.0788	-9.3043	-2.1847	-10.5934
7	-1.1749	1.8737	-0.9059	9.4677	4.1637	11.0121	0.2239	-0.2888	-0.0141	0.0991	0.1769	-0.5559	-0.4678	0.5419	-0.4008	0.0451	-0.0084	-0.0013	0.1159	-0.0404	0.119	7.3025	4.21	0.2844
8	1.6999	0.0662	0.1678	1.3762	0.1392	1.5867	-0.0413	-0.1864	-0.0302	0.0766	-0.0034	0.2213	0.0333	-0.2437	0.0447	0.1184	0.0026	-0.0055	0.1002	0.0117	0.1194	-8.9416	0.2677	-7.0408

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	70 - 77
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	78 - 118
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 17
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	18 - 69
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	70 - 77
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	78 - 118

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