+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vbz | ||||||
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Title | Crystal structure of Taipoxin beta subunit isoform 2 | ||||||
Components | Phospholipase A2 homolog, taipoxin beta chain | ||||||
Keywords | TOXIN / phospholipase A2 fold / PLA2 fold / neurotoxin / phospholipase / Calcium binding / Taipoxin alpha subunit binding / Taipoxin gamma subunit binding / secreted | ||||||
Function / homology | Function and homology information phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / calcium ion binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Oxyuranus scutellatus scutellatus (Australian taipan) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.76 Å | ||||||
Authors | Cendron, L. / Micetic, I. / Polverino, P. / Beltramini, M. / Paoli, M. | ||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2012 Title: Structural analysis of trimeric phospholipase A(2) neurotoxin from the Australian taipan snake venom. Authors: Cendron, L. / Micetic, I. / Polverino de Laureto, P. / Paoli, M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3vbz.cif.gz | 108.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3vbz.ent.gz | 84.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3vbz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3vbz_validation.pdf.gz | 443.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3vbz_full_validation.pdf.gz | 449.1 KB | Display | |
Data in XML | 3vbz_validation.xml.gz | 13.8 KB | Display | |
Data in CIF | 3vbz_validation.cif.gz | 19.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/3vbz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/3vbz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3vc0C 1ae7S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 118 / Label seq-ID: 1 - 118
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-Components
#1: Protein | Mass: 13327.035 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) Oxyuranus scutellatus scutellatus (Australian taipan) Secretion: venom References: UniProt: P00615, UniProt: P0CG57*PLUS, phospholipase A2 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.47 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M NaCl, 0.1 M HEPES Sodium salt, 1.0 M Sodium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: BM14 / Wavelength: 0.91232 Å |
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Dec 18, 2009 |
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91232 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.76→33.33 Å / Num. all: 23192 / Num. obs: 23192 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 15.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 8.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.76→1.86 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3236 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 95.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1AE7 Resolution: 1.76→33.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 5.668 / SU ML: 0.082 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.125 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.737 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.76→33.33 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.76→1.807 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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