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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vb8
タイトルCrystal Structure of Engineered Protein, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR43
要素Engineered protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Immunoglobulin-like - #2930 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種artificial gene (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Seetharaman, J. / Su, M. / Procko, E. / Baker, D. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Seetharaman, J. / Su, M. / Procko, E. / Baker, D. / Ciccosanti, C. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Computational design of a protein-based enzyme inhibitor.
著者: Procko, E. / Hedman, R. / Hamilton, K. / Seetharaman, J. / Fleishman, S.J. / Su, M. / Aramini, J. / Kornhaber, G. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Montelione, G.T. / Baker, D.
履歴
登録2011年12月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22013年9月11日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Engineered protein
B: Engineered protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5403
ポリマ－38,4442
非ポリマー961
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Engineered protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3182
ポリマ－19,2221
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Engineered protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2221
ポリマ－19,2221
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.553, 77.553, 115.741
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Engineered protein


分子量: 19221.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.66 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8
詳細: 1.59M MgSO4, 0.1 M Tris, pH 8, Microbatch under oil, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 9162 / Num. obs: 9162 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 13.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique all: 870 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ii3

3ii3


解像度: 2.9→34.68 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 92415.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 1198 16 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.244 7510 90.5 %-
all-8562 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.1428 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.963 Å20 Å20 Å2
2--3.963 Å20 Å2
3----7.925 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.53 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.55 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→34.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2579 0 5 119 2703
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.75
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.029 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 177 15.2 %
Rwork0.291 990 -
obs--87.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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