PDB-3vb1: Crystal Structure of Anopholes gambiae odorant binding protein 20...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3vb1

タイトル

Crystal Structure of Anopholes gambiae odorant binding protein 20 in open state

要素

AGAP005208-PA

キーワード

ODORANT-BINDING PROTEIN / insect odorant binding protein / odor transport / possible odorant receptor / None / secreted lymph olfactory sensillum

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Ziemba, B.P. / Jones, D.N.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2013
タイトル: A novel mechanism of ligand binding and release in the odorant binding protein 20 from the malaria mosquito Anopheles gambiae.
著者: Ziemba, B.P. / Murphy, E.J. / Edlin, H.T. / Jones, D.N.

履歴

登録	2011年12月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月7日	Group: Database references
改定 1.2	2012年12月26日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3vb1.cif.gz	67.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3vb1.ent.gz	49.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3vb1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/3vb1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/3vb1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v2lSC 4f7fC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cxg-2 2wcj-d 2qlc-7 1ooi-d 3kmv-4 2wck-d 2ds0-1 7cfw-d 5gzd-d 4ym1-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AGAP005208-PA

ヘテロ分子

13.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.923, 36.463, 92.091
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	AGAP005208-PA 分子量: 13466.953 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 24-142 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) 遺伝子: OBP20, AgaP_AGAP005208 / プラスミド: pET13a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7Q9J3
#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.5 %
結晶化	温度: 276 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.57 詳細: 1.9 M ammonium sulfate, 0.2 M potassium sodium tartrate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.57, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 276K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月12日

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→33.9 Å / Num. all: 9029 / Num. obs: 9029 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.41 % / R_merge(I) obs: 0.046 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 15.8 / Scaling rejects: 813

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.95-2.02	4.53	0.198	5.5	4095	893	1.1	100
2.02-2.1	4.39	0.156	8.4	4019	866	1.44	99.7
2.1-2.2	4.57	0.111	9.5	4145	897	0.96	99.9
2.2-2.31	3.99	0.16	12.9	3858	879	1.57	98.8
2.31-2.46	4.57	0.07	13.3	4021	875	0.78	99.9
2.46-2.65	4.57	0.062	13.6	4127	899	0.76	100
2.65-2.91	4.59	0.056	16	4202	911	0.71	100
2.91-3.33	4.52	0.048	19.4	4099	903	0.67	99.9
3.33-4.2	4.24	0.045	21.3	3954	917	0.72	98.6
4.2-33.9	4.13	0.026	36.8	4113	989	0.81	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	34.92 Å
Translation	2.5 Å	34.92 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.7L	データスケーリング
d*TREK	9.7L	データ削減
PHASER	1.3.3	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
JBluIce-EPICS		データ収集
Blu-Ice	ICE	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3V2L

3v2l

解像度: 2→32.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / WR_factor R_free: 0.2737 / WR_factor R_work: 0.2293 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.7821 / SU B: 13.617 / SU ML: 0.17 / SU R Cruickshank DPI: 0.2745 / SU R_free: 0.2123 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.275 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2711	828	9.9 %	RANDOM
R_work	0.2306	-	-	-
all	0.2348	8348	-	-
obs	0.2348	8348	98.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.79 Å² / B_iso mean: 38.4144 Å² / B_iso min: 15.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.73 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.84 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→32.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	920	0	4	67	991

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	689
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.383	1.994	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.898	3	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.048	5	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.275	25.75	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.288	15	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.348	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	180
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.967	1.5	655
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.319	1.5	261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.568	2	1056
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.999	3	361
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.183	4.5	316

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	63	-
R_work	0.268	554	-
all	-	617	-
obs	-	-	99.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	22.2629	-12.5028	-10.4458	20.1293	5.0149	4.9664	0.1432	-0.3985	-0.2207	-0.55	-0.2702	-0.8515	-0.0142	0.1701	0.127	0.4572	-0.1232	0.1442	0.2979	-0.0313	0.394	-4.7034	8.8483	28.5843
2	4.7037	1.3301	-2.0237	5.0148	-1.2838	4.444	-0.2721	-0.5399	-0.1396	0.273	0.1912	0.4469	0.0772	0.3399	0.081	0.1134	0.0799	0.0318	0.1782	0.1132	0.1219	8.8433	6.2321	14.9233
3	4.4832	-3.038	-1.215	5.0053	-1.3516	4.318	-0.2282	-0.6893	-0.0728	0.7419	0.1276	-0.2016	-0.1887	-0.0094	0.1006	0.2078	-0.0424	-0.032	0.3179	-0.0349	0.1659	-8.9077	10.2316	12.5629
4	11.2931	-0.9411	0.9684	2.5394	-0.829	3.4352	-0.1989	-0.3803	0.0656	0.0961	-0.1196	-0.088	-0.0412	-0.2056	0.3185	0.0685	-0.0133	0.0011	0.0573	-0.0143	0.031	1.8622	9.1967	5.4225

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 60
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	61 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	84 - 120

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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