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- PDB-3vb0: Crystal structure of 2,2',3-trihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vb0
タイトルCrystal structure of 2,2',3-trihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase from dibenzofuran-degrading Sphingomonas wittichii strain RW1
要素Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / translational non-crystallographic symmetry / hypersymmetry / unusual crystal packing / extradiol dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / dioxygenase activity / ferrous iron binding
類似検索 - 分子機能
Extradiol ring-cleavage dioxygenase, class I /II / Extradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas wittichii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Koksal, M. / Kumar, P. / Bolin, J.T.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a dibenzofuran-degrading dioxygenase: an unusual spatially heterogeneous crystal with a hypersymmetric intensity distribution
著者: Koksal, M. / Kumar, P. / Fortin, P.D. / Eltis, L.D. / Bolin, J.T.
履歴
登録2011年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
B: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
C: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
D: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,22712
ポリマ－129,2474
非ポリマー9808
水2,846158
1
A: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7464
ポリマ－32,3121
非ポリマー4343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7464
ポリマ－32,3121
非ポリマー4343
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3672
ポリマ－32,3121
非ポリマー561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3672
ポリマ－32,3121
非ポリマー561
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)131.587, 131.587, 103.146
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A
12C
22A
13D
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 2 - 290 / Label seq-ID: 2 - 290

Dom-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-ID
115BB
215AA
122CC
222AA
132DD
232BB

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Glyoxalase/bleomycin resistance protein/dioxygenase


分子量: 32311.645 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pAHD1 is pVLT31 plasmid containing dbfB gene
由来: (組換発現) Sphingomonas wittichii (バクテリア)
株: RW1 / 遺伝子: dbfB, Swit_4902 / プラスミド: pAHD1 / 発現宿主: Pseudomonas putida (バクテリア) / 株 (発現宿主): KT2442
参照: UniProt: A5VGW5, 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.727 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.79 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4-2.0 M (NH4)2SO4, 2% PEG 400 and 0.1 M PIPES at pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年7月30日
放射モノクロメーター: Si 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→92.85 Å / Num. all: 53614 / Num. obs: 51572 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4815 / Rsym value: 0.499 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Crystal structure of 2,3-dihydroxybiphenyl 1,2-dioxygenase from Rhodococcus globerulus strain P6

解像度: 2.1→92.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 6.582 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.455 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28906 2647 5 %RANDOM
Rwork0.25378 ---
all0.25559 52592 --
obs0.25559 49806 97.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.474 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→92.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8952 0 52 158 9162
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0229208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0641.94512490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.56251152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.98323.784444
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.838151420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1611560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027128
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.22310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.24850
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2460.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1450.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5651.55883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.96629136
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.28433768
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0344.53354
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
2C1156tight positional0.030.05
3D1156tight positional0.030.05
1B1156medium positional0.040.5
2C1082medium positional0.30.5
3D1082medium positional0.290.5
1B1082loose positional0.225
2C1156tight thermal0.090.5
3D1156tight thermal0.090.5
1B1156medium thermal0.312
2C1082medium thermal0.852
3D1082medium thermal0.862
1B1082loose thermal1.0510
LS精密化 シェル解像度: 2.097→2.151 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 162 -
Rwork0.321 3351 -
obs--89.89 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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