[日本語] English
万見
- PDB-3vax: Crystal structure of DndA from streptomyces lividans -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vax
タイトルCrystal structure of DndA from streptomyces lividans
要素Putative uncharacterized protein dndA
キーワードTRANSFERASE / desulfurase
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / biosynthetic process / iron-sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cysteine desulfurase DndA / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Cysteine desulfurase DndA / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / cysteine desulfurase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Zhang, Z. / Chen, F. / Lin, K. / Wu, G.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of the cysteine desulfurase DndA from Streptomyces lividans which is involved in DNA phosphorothioation
著者: Chen, F. / Zhang, Z. / Lin, K. / Qian, T. / Zhang, Y. / You, D. / He, X. / Wang, Z. / Liang, J. / Deng, Z. / Wu, G.
履歴
登録2011年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Structure summary
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein dndA
B: Putative uncharacterized protein dndA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0664
ポリマ－86,5722
非ポリマー4942
水4,846269
1
A: Putative uncharacterized protein dndA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5332
ポリマ－43,2861
非ポリマー2471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative uncharacterized protein dndA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5332
ポリマ－43,2861
非ポリマー2471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area29150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.900, 67.280, 85.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.040, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-556-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 10 - 350 / Label seq-ID: 30 - 370

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein dndA / Cysteine desulfurase DndA


分子量: 43285.875 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-397 / 変異: C327S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
遺伝子: dndA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7TUX7
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.15 % / Mosaicity: 0.52 °
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2011年1月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→84.915 Å / Num. all: 34563 / Num. obs: 34563 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.147 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.4-2.537.40.4410.411.73703150260.1620.4410.414.8100
2.53-2.687.40.3440.322.23490947440.1270.3440.325.7100
2.68-2.877.30.2880.2672.43280544730.1060.2880.2677.299.9
2.87-3.17.30.1910.1783.83039241610.0710.1910.1788.899.9
3.1-3.397.30.1540.1434.52795638500.0570.1540.14311.199.9
3.39-3.797.20.140.134.72464534460.0520.140.1313.399.8
3.79-4.386.90.1250.1155.12118330590.0470.1250.11515.299.3
4.38-5.377.10.1070.09961866526170.040.1070.09916.599.7
5.37-7.597.50.1010.0946.21533220350.0370.1010.09416.3100
7.59-42.4577.10.0890.0826.3819411520.0340.0890.08218.299.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.15データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / SU B: 15.439 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.357 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2344 1738 5 %RANDOM
Rwork0.1918 ---
obs0.194 34563 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.39 Å2 / Biso mean: 27.9579 Å2 / Biso min: 7.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.18 Å20 Å2-0.82 Å2
2--1.94 Å20 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5438 0 30 269 5737
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0215576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1191.9727580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4755714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.19823.167240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.94415902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5851550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2864
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3751.53556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.75425708
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.32232020
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.354.51872
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 2590 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.230.5
MEDIUM THERMAL0.272
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 129 -
Rwork0.202 2415 -
all-2544 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8129-0.01850.36321.7010.06981.88540.00240.0097-0.1162-0.1175-0.06780.14130.1776-0.050.06540.0369-0.00020.01470.08010.00870.05185.5972-7.68827.7691
21.5653-0.11410.43511.9164-0.04412.07510.06310.08840.1588-0.1689-0.0759-0.0002-0.13320.03590.01280.0428-0.0060.02760.11780.01780.053425.897413.155811.6463
30.71920.354-0.22181.1004-0.30230.733-0.0030.0110.0310.0019-0.02560.0237-0.01310.0140.02850.10630.03120.02950.1744-0.01980.133216.96682.780622.4513
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 359
2X-RAY DIFFRACTION1A400
3X-RAY DIFFRACTION2B2 - 359
4X-RAY DIFFRACTION2B400
5X-RAY DIFFRACTION3A501 - 638
6X-RAY DIFFRACTION3B501 - 631

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る