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- PDB-3va2: Crystal structure of human Interleukin-5 in complex with its alph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3va2
タイトルCrystal structure of human Interleukin-5 in complex with its alpha receptor
要素
  • Interleukin-5
  • Interleukin-5 receptor subunit alpha
キーワードCYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / cytokine / eosinophilic / asthma / JAK/STAT / fibronectin III-like (Fn III) domain / canonical cytokine receptor homology module (CRM) / B cell growth / Ig secretion / eosinophils proliferation / cell surface / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-5 receptor activity / regulation of interleukin-5 production / positive regulation of eosinophil differentiation / interleukin-5 receptor binding / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine receptor activity / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation ...interleukin-5 receptor activity / regulation of interleukin-5 production / positive regulation of eosinophil differentiation / interleukin-5 receptor binding / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine receptor activity / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of immunoglobulin production / cytokine binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Interleukin receptor SHC signaling / positive regulation of B cell proliferation / cytokine activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / RAF/MAP kinase cascade / receptor complex / immune response / inflammatory response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-5 / Interleukin 5 / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type-III domain profile. ...Interleukin-5 / Interleukin 5 / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-5 / Interleukin-5 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.703 Å
データ登録者Kusano, S. / Kukimoto-Niino, M. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Structural basis of interleukin-5 dimer recognition by its alpha receptor
著者: Kusano, S. / Kukimoto-Niino, M. / Hino, N. / Ohsawa, N. / Ikutani, M. / Takaki, S. / Sakamoto, K. / Hara-Yokoyama, M. / Shirouzu, M. / Takatsu, K. / Yokoyama, S.
履歴
登録2011年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-5
B: Interleukin-5
C: Interleukin-5 receptor subunit alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1423
ポリマ－63,1423
非ポリマー00
水57632
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9090 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area26690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.633, 88.680, 126.674
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-5 / IL-5 / B-cell differentiation factor I / Eosinophil differentiation factor / T-cell replacing factor / TRF


分子量: 13374.286 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL5 / 発現宿主: CELL-FREE SYNTHESIS (未定義) / 参照: UniProt: P05113
#2: タンパク質 Interleukin-5 receptor subunit alpha / IL-5 receptor subunit alpha / IL-5R subunit alpha / IL-5R-alpha / IL-5RA / CDw125


分子量: 36393.727 Da / 分子数: 1 / 断片: ectodomain, UNP residues 21-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL5RA, IL5R / 発現宿主: CELL-FREE SYNTHESIS (未定義) / 参照: UniProt: Q01344
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: 0.1M Na HEPES, 22% (v/v) PEG 4000, 2% i-Propanol, 6% (w/v) 1,6-Hexanediol , pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.703→50 Å / Num. obs: 18667 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
2.8-2.96.80.3497.20.0641100
2.9-3.026.80.5527.50.0651100
3.02-3.156.80.8067.80.066199.9
3.15-3.326.81.3548.80.0691100
3.32-3.536.82.321120.073199.9
3.53-3.86.83.313.80.0761100
3.8-4.186.75.36919.70.0821100
4.18-4.796.69.09531.50.096199.9
4.79-6.036.58.40939.20.0881100
6.03-505.814.30359.10.218194.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.703→43.027 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2755 942 5.06 %random
Rwork0.2227 ---
obs0.2253 18615 99.44 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 77.279 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.0937 Å2-0 Å2-0 Å2
2---17.8849 Å2-0 Å2
3----10.0862 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.703→43.027 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4203 0 0 32 4235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034298
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.735829
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6591589
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05666
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002741
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7032-2.84570.39431340.31762474100
2.8457-3.0240.30781460.28422497100
3.024-3.25740.331280.25592522100
3.2574-3.58510.32391370.24382493100
3.5851-4.10350.26741320.21652535100
4.1035-5.16860.26361390.17652551100
5.1686-43.03220.22891260.2219260197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.7566-1.02223.27896.7859-4.00599.161-0.59360.2257-0.3216-0.2542-0.45811.5173-1.9001-1.48570.8180.95270.3172-0.17410.971-0.30141.48723.065418.21632.2948
26.7385.3667-3.06345.2066-3.1034.3126-0.00230.95870.147-3.0334-0.3807-0.1709-1.8273-1.31960.34532.43950.0428-0.23610.7901-0.14331.631231.862526.1508-7.5312
38.8224-3.8951-0.43241.78510.50011.36930.59591.7741-0.2695-1.0274-0.5941-2.3143-2.77541.0190.34431.9376-0.40220.71231.3095-0.05831.793644.861319.8868-12.4886
43.43252.64611.15768.71495.34423.2469-0.70330.6944-0.7044-0.53360.19930.19760.60141.27170.5830.7329-0.05090.220.81570.10831.186435.62857.3276-6.9604
54.4471-5.29910.93817.99161.66454.5743-1.568-1.6259-1.6055-0.11070.7429-0.7051-2.30382.22680.72341.3849-0.38430.17921.23240.13991.520640.630924.9576-0.7069
67.43695.0657-2.33624.1902-3.66939.52360.1128-0.1099-0.01160.67420.0214-0.1467-0.83660.1126-0.19690.41950.0216-0.01110.538-0.0140.993131.652213.35975.02
78.43622.7223-4.97537.1484-0.72622.9596-0.4882-0.0381-0.3693-0.23150.29390.2368-0.0651-1.010.22290.6839-0.01410.00790.6478-0.03810.449324.2408-11.41415.7727
84.0783-3.97050.69353.94240.02422.2578-0.45221.04290.7482-0.6080.41330.76-0.93520.80750.57030.935-0.2025-0.08670.7098-0.06760.679324.2068-5.4556-10.7818
97.8887-2.5810.45942.8521-0.82565.7134-0.36832.2717-1.2541-1.9762-0.3964-0.00690.0019-1.80770.53212.1019-0.10480.09351.2375-0.33471.024728.0966-15.0681-16.0073
103.484-2.081-1.5182.39081.46143.9636-0.56470.27-0.4832-1.32350.4396-0.14951.2841-0.13260.10650.9927-0.13680.05140.5712-0.07390.663824.9964-14.57832.2596
112.45310.0751.33833.5395-5.32929.1803-0.4504-0.1232-0.3036-0.8928-0.0783-1.41771.26631.48660.14270.97370.10560.34620.7226-0.02521.281634.0506-13.24851.7388
124.73231.6417-1.50965.81114.72849.3621-2.3244-0.2989-1.3413-0.6278-0.7561-1.90391.3594-0.19972.15042.33720.18320.36511.0505-0.021.567732.3341-26.8408-0.5686
134.37541.18961.80643.3272-0.28870.9729-0.1070.68860.2224-0.11070.1719-1.82411.79740.4559-0.27211.74340.19620.63210.793-0.0161.126535.4449-12.9119-8.9787
146.23285.3094-1.02567.095-3.13532.2876-0.6438-0.5962-1.68440.7448-0.57970.6512-1.03680.44461.18981.7229-0.04790.77611.06870.06681.797442.36129.5971-14.5595
155.89046.0777-6.136.3563-6.43596.42770.00041.88760.0114-0.36070.73191.2887-3.09340.3546-1.49521.3203-0.118-0.05090.9399-0.00051.139232.7914.9979-10.7994
167.92125.75412.48444.7319-0.64132.01440.86820.2409-1.42740.27050.69560.29351.1296-2.6004-1.33140.76920.0123-0.18531.1196-0.09931.948922.25439.1159-3.7017
172.1598-0.19770.69145.5125-1.89526.5287-0.3337-0.84161.07080.95820.2745-0.4125-0.47941.27060.2690.810.2427-0.08331.1252-0.40820.597626.6592-3.883126.4263
184.3899-1.05962.24524.1558-0.54944.3622-0.5275-0.45150.4875-0.12230.42020.4838-0.236-0.2512-0.05010.5780.07560.00360.5055-0.02320.615511.141-5.836712.6085
193.92461.09022.50213.6089-1.10732.6629-0.4132-0.32241.1491-0.3750.38241.5623-0.9298-0.68770.01050.69610.2688-0.24870.71850.07391.2472-1.111.43526.2766
202.8264-0.10541.44983.8988-0.09821.9779-0.57671.05730.2343-1.59890.62980.0916-1.1530.2753-0.08061.5299-0.6047-0.18291.27350.29440.63144.4521-12.0647-25.8361
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 24:34)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 35:44)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 45:53)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 54:72)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 73:84)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 85:104)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 105:121)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 122:130)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN B AND RESID 24:33)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN B AND RESID 34:64)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN B AND RESID 65:75)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN B AND RESID 76:84)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN B AND RESID 85:103)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN B AND RESID 104:112)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN B AND RESID 113:122)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN B AND RESID 123:131)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN C AND RESID 27:63)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN C AND RESID 64:165)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN C AND RESID 166:237)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN C AND RESID 238:333)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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