PDB-3va2: Crystal structure of human Interleukin-5 in complex with its alph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3va2

タイトル

Crystal structure of human Interleukin-5 in complex with its alpha receptor

要素

Interleukin-5
Interleukin-5 receptor subunit alpha

キーワード

CYTOKINE/CYTOKINE RECEPTOR / cytokine / eosinophilic / asthma / JAK/STAT / fibronectin III-like (Fn III) domain / canonical cytokine receptor homology module (CRM) / B cell growth / Ig secretion / eosinophils proliferation / cell surface / CYTOKINE-CYTOKINE RECEPTOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

interleukin-5 receptor activity / regulation of interleukin-5 production / positive regulation of eosinophil differentiation / interleukin-5 receptor binding / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of podosome assembly / cytokine receptor activity / positive regulation of immunoglobulin production ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.703 Å

データ登録者

Kusano, S. / Kukimoto-Niino, M. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Structural basis of interleukin-5 dimer recognition by its alpha receptor
著者: Kusano, S. / Kukimoto-Niino, M. / Hino, N. / Ohsawa, N. / Ikutani, M. / Takaki, S. / Sakamoto, K. / Hara-Yokoyama, M. / Shirouzu, M. / Takatsu, K. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2011年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年7月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3va2.cif.gz	227.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3va2.ent.gz	192.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3va2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/3va2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/3va2	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3qt2-2 3qt2-1 6c83-d 2rd3-1 2xub-d 1w5s-d 1v37-1 6y9m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Interleukin-5

B: Interleukin-5

C: Interleukin-5 receptor subunit alpha

63.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.633, 88.680, 126.674
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Interleukin-5 / IL-5 / B-cell differentiation factor I / Eosinophil differentiation factor / T-cell replacing factor / TRF 分子量: 13374.286 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-134 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL5 / 発現宿主: CELL-FREE SYNTHESIS (未定義) / 参照: UniProt: P05113
#2: タンパク質	Interleukin-5 receptor subunit alpha / IL-5 receptor subunit alpha / IL-5R subunit alpha / IL-5R-alpha / IL-5RA / CDw125 分子量: 36393.727 Da / 分子数: 1 / 断片: ectodomain, UNP residues 21-335 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL5RA, IL5R / 発現宿主: CELL-FREE SYNTHESIS (未定義) / 参照: UniProt: Q01344
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.1M Na HEPES, 22% (v/v) PEG 4000, 2% i-Propanol, 6% (w/v) 1,6-Hexanediol , pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.703→50 Å / Num. obs: 18667 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 22.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.8-2.9	6.8	0.349	7.2	0.064	1	100
2.9-3.02	6.8	0.552	7.5	0.065	1	100
3.02-3.15	6.8	0.806	7.8	0.066	1	99.9
3.15-3.32	6.8	1.354	8.8	0.069	1	100
3.32-3.53	6.8	2.321	12	0.073	1	99.9
3.53-3.8	6.8	3.3	13.8	0.076	1	100
3.8-4.18	6.7	5.369	19.7	0.082	1	100
4.18-4.79	6.6	9.095	31.5	0.096	1	99.9
4.79-6.03	6.5	8.409	39.2	0.088	1	100
6.03-50	5.8	14.303	59.1	0.218	1	94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.703→43.027 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2755	942	5.06 %	random
R_work	0.2227	-	-	-
obs	0.2253	18615	99.44 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 77.279 Å² / k_sol: 0.343 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.0937 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-17.8849 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-10.0862 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.703→43.027 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4203	0	0	32	4235

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4298
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.73	5829
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.659	1589
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	666
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	741

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.7032-2.8457	0.3943	134	0.3176	2474	100
2.8457-3.024	0.3078	146	0.2842	2497	100
3.024-3.2574	0.33	128	0.2559	2522	100
3.2574-3.5851	0.3239	137	0.2438	2493	100
3.5851-4.1035	0.2674	132	0.2165	2535	100
4.1035-5.1686	0.2636	139	0.1765	2551	100
5.1686-43.0322	0.2289	126	0.2219	2601	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7566	-1.0222	3.2789	6.7859	-4.0059	9.161	-0.5936	0.2257	-0.3216	-0.2542	-0.4581	1.5173	-1.9001	-1.4857	0.818	0.9527	0.3172	-0.1741	0.971	-0.3014	1.487	23.0654	18.2163	2.2948
2	6.738	5.3667	-3.0634	5.2066	-3.103	4.3126	-0.0023	0.9587	0.147	-3.0334	-0.3807	-0.1709	-1.8273	-1.3196	0.3453	2.4395	0.0428	-0.2361	0.7901	-0.1433	1.6312	31.8625	26.1508	-7.5312
3	8.8224	-3.8951	-0.4324	1.7851	0.5001	1.3693	0.5959	1.7741	-0.2695	-1.0274	-0.5941	-2.3143	-2.7754	1.019	0.3443	1.9376	-0.4022	0.7123	1.3095	-0.0583	1.7936	44.8613	19.8868	-12.4886
4	3.4325	2.6461	1.1576	8.7149	5.3442	3.2469	-0.7033	0.6944	-0.7044	-0.5336	0.1993	0.1976	0.6014	1.2717	0.583	0.7329	-0.0509	0.22	0.8157	0.1083	1.1864	35.6285	7.3276	-6.9604
5	4.4471	-5.2991	0.9381	7.9916	1.6645	4.5743	-1.568	-1.6259	-1.6055	-0.1107	0.7429	-0.7051	-2.3038	2.2268	0.7234	1.3849	-0.3843	0.1792	1.2324	0.1399	1.5206	40.6309	24.9576	-0.7069
6	7.4369	5.0657	-2.3362	4.1902	-3.6693	9.5236	0.1128	-0.1099	-0.0116	0.6742	0.0214	-0.1467	-0.8366	0.1126	-0.1969	0.4195	0.0216	-0.0111	0.538	-0.014	0.9931	31.6522	13.3597	5.02
7	8.4362	2.7223	-4.9753	7.1484	-0.7262	2.9596	-0.4882	-0.0381	-0.3693	-0.2315	0.2939	0.2368	-0.0651	-1.01	0.2229	0.6839	-0.0141	0.0079	0.6478	-0.0381	0.4493	24.2408	-11.4141	5.7727
8	4.0783	-3.9705	0.6935	3.9424	0.0242	2.2578	-0.4522	1.0429	0.7482	-0.608	0.4133	0.76	-0.9352	0.8075	0.5703	0.935	-0.2025	-0.0867	0.7098	-0.0676	0.6793	24.2068	-5.4556	-10.7818
9	7.8887	-2.581	0.4594	2.8521	-0.8256	5.7134	-0.3683	2.2717	-1.2541	-1.9762	-0.3964	-0.0069	0.0019	-1.8077	0.5321	2.1019	-0.1048	0.0935	1.2375	-0.3347	1.0247	28.0966	-15.0681	-16.0073
10	3.484	-2.081	-1.518	2.3908	1.4614	3.9636	-0.5647	0.27	-0.4832	-1.3235	0.4396	-0.1495	1.2841	-0.1326	0.1065	0.9927	-0.1368	0.0514	0.5712	-0.0739	0.6638	24.9964	-14.5783	2.2596
11	2.4531	0.075	1.3383	3.5395	-5.3292	9.1803	-0.4504	-0.1232	-0.3036	-0.8928	-0.0783	-1.4177	1.2663	1.4866	0.1427	0.9737	0.1056	0.3462	0.7226	-0.0252	1.2816	34.0506	-13.2485	1.7388
12	4.7323	1.6417	-1.5096	5.8111	4.7284	9.3621	-2.3244	-0.2989	-1.3413	-0.6278	-0.7561	-1.9039	1.3594	-0.1997	2.1504	2.3372	0.1832	0.3651	1.0505	-0.02	1.5677	32.3341	-26.8408	-0.5686
13	4.3754	1.1896	1.8064	3.3272	-0.2887	0.9729	-0.107	0.6886	0.2224	-0.1107	0.1719	-1.8241	1.7974	0.4559	-0.2721	1.7434	0.1962	0.6321	0.793	-0.016	1.1265	35.4449	-12.9119	-8.9787
14	6.2328	5.3094	-1.0256	7.095	-3.1353	2.2876	-0.6438	-0.5962	-1.6844	0.7448	-0.5797	0.6512	-1.0368	0.4446	1.1898	1.7229	-0.0479	0.7761	1.0687	0.0668	1.7974	42.3612	9.5971	-14.5595
15	5.8904	6.0777	-6.13	6.3563	-6.4359	6.4277	0.0004	1.8876	0.0114	-0.3607	0.7319	1.2887	-3.0934	0.3546	-1.4952	1.3203	-0.118	-0.0509	0.9399	-0.0005	1.1392	32.79	14.9979	-10.7994
16	7.9212	5.7541	2.4844	4.7319	-0.6413	2.0144	0.8682	0.2409	-1.4274	0.2705	0.6956	0.2935	1.1296	-2.6004	-1.3314	0.7692	0.0123	-0.1853	1.1196	-0.0993	1.9489	22.2543	9.1159	-3.7017
17	2.1598	-0.1977	0.6914	5.5125	-1.8952	6.5287	-0.3337	-0.8416	1.0708	0.9582	0.2745	-0.4125	-0.4794	1.2706	0.269	0.81	0.2427	-0.0833	1.1252	-0.4082	0.5976	26.6592	-3.8831	26.4263
18	4.3899	-1.0596	2.2452	4.1558	-0.5494	4.3622	-0.5275	-0.4515	0.4875	-0.1223	0.4202	0.4838	-0.236	-0.2512	-0.0501	0.578	0.0756	0.0036	0.5055	-0.0232	0.6155	11.141	-5.8367	12.6085
19	3.9246	1.0902	2.5021	3.6089	-1.1073	2.6629	-0.4132	-0.3224	1.1491	-0.375	0.3824	1.5623	-0.9298	-0.6877	0.0105	0.6961	0.2688	-0.2487	0.7185	0.0739	1.2472	-1.11	1.4352	6.2766
20	2.8264	-0.1054	1.4498	3.8988	-0.0982	1.9779	-0.5767	1.0573	0.2343	-1.5989	0.6298	0.0916	-1.153	0.2753	-0.0806	1.5299	-0.6047	-0.1829	1.2735	0.2944	0.6314	4.4521	-12.0647	-25.8361

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 24:34)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 35:44)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 45:53)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 54:72)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 73:84)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 85:104)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN A AND RESID 105:121)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN A AND RESID 122:130)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 24:33)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 34:64)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 65:75)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 76:84)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN B AND RESID 85:103)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN B AND RESID 104:112)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN B AND RESID 113:122)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN B AND RESID 123:131)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN C AND RESID 27:63)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN C AND RESID 64:165)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN C AND RESID 166:237)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN C AND RESID 238:333)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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