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万見
- PDB-3v9f: Crystal Structure of the extracellular domain of the putative hyb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v9f
タイトルCrystal Structure of the extracellular domain of the putative hybrid two component system BT3049 from B. thetaiotaomicron
要素Two-component system sensor histidine kinase/response regulator, hybrid (One-component system)
キーワードTRANSCRIPTION / beta-propeller / beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine phosphotransfer kinase activity / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Two component regulator propeller / Two component regulator three Y / Two component regulator propeller / Y_Y_Y domain / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein ...Two component regulator propeller / Two component regulator three Y / Two component regulator propeller / Y_Y_Y domain / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Homeobox-like domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhang, Z. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of apparent saccharide sensors from histidine kinase receptors prevalent in a human gut symbiont.
著者: Zhang, Z. / Liu, Q. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2011年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22014年10月8日Group: Database references
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Two-component system sensor histidine kinase/response regulator, hybrid (One-component system)
B: Two-component system sensor histidine kinase/response regulator, hybrid (One-component system)
C: Two-component system sensor histidine kinase/response regulator, hybrid (One-component system)
D: Two-component system sensor histidine kinase/response regulator, hybrid (One-component system)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)355,0844
ポリマ－355,0844
非ポリマー00
水00
1
A: Two-component system sensor histidine kinase/response regulator, hybrid (One-component system)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7711
ポリマ－88,7711
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Two-component system sensor histidine kinase/response regulator, hybrid (One-component system)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7711
ポリマ－88,7711
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Two-component system sensor histidine kinase/response regulator, hybrid (One-component system)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7711
ポリマ－88,7711
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Two-component system sensor histidine kinase/response regulator, hybrid (One-component system)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,7711
ポリマ－88,7711
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.927, 114.117, 487.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 21 - 793 / Label seq-ID: 4 - 776

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
詳細There are 4 biological units in the asymmetric unit.

-
要素

#1: 抗体
Two-component system sensor histidine kinase/response regulator, hybrid (One-component system)


分子量: 88770.977 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 19-798 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BT_3049 / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8A3A5
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 5% PEGMME 2K, 0.1 M Tris buffer pH7.0, vapor diffusion, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射
IDプロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHx-ray1
2x-ray1
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→100 Å / Num. obs: 68485

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→39.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / WRfactor Rfree: 0.2578 / WRfactor Rwork: 0.2058 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8115 / SU B: 66.065 / SU ML: 0.481 / SU R Cruickshank DPI: 0.5394 / SU Rfree: 0.561 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.561 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2767 3458 5.1 %RANDOM
Rwork0.2251 ---
obs0.2277 68230 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 262.02 Å2 / Biso mean: 82.6607 Å2 / Biso min: 37.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.53 Å20 Å20 Å2
2---2.7 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→39.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23560 0 0 0 23560
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.611.92832728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.92652920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.83124.9671216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.098153904
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg201592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.23536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02118548
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRms dev position (Å)Weight position
11A1048X-RAY DIFFRACTION0.040.05
12B1048X-RAY DIFFRACTION0.040.05
21A1047X-RAY DIFFRACTION0.040.05
22C1047X-RAY DIFFRACTION0.040.05
31A1053X-RAY DIFFRACTION0.050.05
32D1053X-RAY DIFFRACTION0.050.05
41B1048X-RAY DIFFRACTION0.040.05
42C1048X-RAY DIFFRACTION0.040.05
51B1059X-RAY DIFFRACTION0.060.05
52D1059X-RAY DIFFRACTION0.060.05
61C1054X-RAY DIFFRACTION0.060.05
62D1054X-RAY DIFFRACTION0.060.05
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.381 229 -
Rwork0.312 4287 -
all-4516 -
obs--97.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0464-1.6858-0.16315.78220.05483.8697-0.2501-0.60570.21860.18350.3537-0.64120.28140.4976-0.10360.26970.13850.05410.3151-0.21690.337953.8476151.163826.227
23.80111.70920.82784.19140.54134.18060.058-0.4637-0.18770.4138-0.2124-0.45140.14830.2950.15440.07340.11420.00960.68040.11620.335658.2769125.095112.3249
36.24770.898-2.46363.87590.50964.36730.2401-0.78911.39490.10220.00560.6719-0.507-0.0583-0.24570.39590.2236-0.43610.4903-0.65611.26192.158184.217829.7236
45.2561-2.7156-0.37695.5060.01372.99190.57550.59740.5035-0.8395-0.34160.1689-0.118-0.5145-0.23390.2850.0999-0.01330.62860.17330.25496.5839138.456182.7071
54.0279-2.8161-0.24849.07320.34265.8176-0.4208-0.6236-0.35860.99340.72920.21360.1384-0.201-0.30840.43610.1121-0.00140.1667-0.05870.391330.6596199.30640.5241
63.6-0.19442.50634.4371-0.96188.2452-0.5326-0.33550.68190.0431-0.269-0.0749-1.7693-0.14030.80160.81170.0568-0.21040.4462-0.17890.349634.3716153.049771.4983
72.7664-0.7479-1.10535.446-0.29188.099-0.2306-0.0236-0.12020.12910.0868-0.05220.69590.13830.14380.38550.1635-0.11570.1153-0.13770.207123.1724132.104928.0298
85.676-1.37090.78497.592-0.32136.0385-0.6355-1.33580.73661.12040.4328-0.6027-0.8961-0.57040.20270.48280.2569-0.13960.7871-0.02450.284529.9148124.0715130.7889
95.6766-0.25291.89166.51980.70179.3925-0.21370.3106-0.0447-0.59630.330.7675-0.04390.2696-0.11630.5348-0.00820.09990.1147-0.09670.641539.0852171.66381.9557
1051.16041.26658.74720.49016.52510.0407-0.3325-0.23680.27410.2013-0.31550.6016-0.2832-0.24190.41360.15690.0930.7357-0.03060.322544.2162107.789585.6306
115.73770.4516-3.41219.6682-0.16459.55670.0328-0.19161.0131-0.44310.5858-0.5254-0.34360.2251-0.61860.44380.0466-0.37340.1868-0.22940.942718.1326172.02131.3564
124.5697-3.5279-0.95229.3022.48328.4990.07080.1557-0.149-0.4753-0.3902-0.30910.27720.10910.31940.4044-0.061-0.08230.47320.11610.281122.9932107.526586.3802
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 359
2X-RAY DIFFRACTION2B21 - 359
3X-RAY DIFFRACTION3C21 - 359
4X-RAY DIFFRACTION4D21 - 359
5X-RAY DIFFRACTION5A360 - 673
6X-RAY DIFFRACTION6B360 - 673
7X-RAY DIFFRACTION7C360 - 673
8X-RAY DIFFRACTION8D360 - 673
9X-RAY DIFFRACTION9A674 - 793
10X-RAY DIFFRACTION10B674 - 793
11X-RAY DIFFRACTION11C674 - 793
12X-RAY DIFFRACTION12D674 - 793

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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