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万見
- PDB-3v9a: Crystal structure of Esterase/Lipase from uncultured bacterium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v9a
タイトルCrystal structure of Esterase/Lipase from uncultured bacterium
要素Esterase/lipase
キーワードHYDROLASE ACTIVATOR / esterase / lipase
機能・相同性
機能・相同性情報


triacylglycerol lipase activity
類似検索 - 分子機能
Lipase, GDXG, putative histidine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative histidine active site. / Lipase, GDXG, putative serine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative serine active site. / : / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold ...Lipase, GDXG, putative histidine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative histidine active site. / Lipase, GDXG, putative serine active site / Lipolytic enzymes "G-D-X-G" family, putative serine active site. / : / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Kim, I.J. / Nam, K.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Esterase/Lipase from uncultured bacterium
著者: Kim, I.J. / Nam, K.H.
履歴
登録2011年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Esterase/lipase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6424
ポリマ－33,3531
非ポリマー2883
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.060, 61.060, 149.117
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Esterase/lipase


分子量: 33353.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: estE5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0GMU2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.97 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Tris, pH 7.0, 2.0M ammonium sulfate, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月20日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 16720 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.07→2.11 Å / % possible all: 84

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.07→47.24 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8676 / SU ML: 0.48 / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 20.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2391 1671 10 %random
Rwork0.187 ---
all0.187 16720 --
obs0.1922 16708 92.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.407 Å2 / ksol: 0.366 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 103.98 Å2 / Biso mean: 37.097 Å2 / Biso min: 17.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4313 Å20 Å2-0 Å2
2--2.4313 Å20 Å2
3----4.8626 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→47.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2214 0 15 106 2335
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042278
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9163092
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057337
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004401
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.745833
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0705-2.13140.27931270.25751148127588
2.1314-2.20020.2751380.22751236137494
2.2002-2.27880.36281260.26531127125386
2.2788-2.370.2621350.21011225136093
2.37-2.47790.23181380.1851240137894
2.4779-2.60850.24121380.18061242138094
2.6085-2.77190.24651400.19171264140494
2.7719-2.98590.27321420.19431277141995
2.9859-3.28640.24871420.19241276141895
3.2864-3.76170.23891440.17781295143995
3.7617-4.73870.21381460.15541315146195
4.7387-47.25220.20091550.17931392154793
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.2949 Å / Origin y: 15.2404 Å / Origin z: -0.0296 Å
111213212223313233
T0.1424 Å2-0.0165 Å2-0.0063 Å2-0.1418 Å2-0.0105 Å2--0.1674 Å2
L2.1035 °20.2233 °20.3856 °2-2.1435 °20.2373 °2--2.4401 °2
S-0.041 Å °0.1741 Å °-0.102 Å °-0.0877 Å °0.1054 Å °0.0098 Å °0.0792 Å °0.0902 Å °-0.0395 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 297
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 403
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 606

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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