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万見
- PDB-3v8e: Crystal structure of the yeast nicotinamidase Pnc1p bound to the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v8e
タイトルCrystal structure of the yeast nicotinamidase Pnc1p bound to the inhibitor nicotinaldehyde
要素Nicotinamidase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate nucleotide salvage / negative regulation of DNA amplification / nicotinamidase activity / nicotinamidase / rDNA heterochromatin formation / subtelomeric heterochromatin formation / peroxisome / chromosome, telomeric region / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Hoadley, K.A. / Smith, B.C. / Denu, J.M. / Keck, J.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structural and Kinetic Isotope Effect Studies of Nicotinamidase (Pnc1) from Saccharomyces cerevisiae.
著者: Smith, B.C. / Anderson, M.A. / Hoadley, K.A. / Keck, J.L. / Cleland, W.W. / Denu, J.M.
履歴
登録2011年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamidase
B: Nicotinamidase
C: Nicotinamidase
D: Nicotinamidase
E: Nicotinamidase
F: Nicotinamidase
G: Nicotinamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,57621
ポリマ－175,9487
非ポリマー62814
水5,260292
1
A: Nicotinamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2253
ポリマ－25,1351
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nicotinamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2253
ポリマ－25,1351
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Nicotinamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2253
ポリマ－25,1351
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Nicotinamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2253
ポリマ－25,1351
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Nicotinamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2253
ポリマ－25,1351
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Nicotinamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2253
ポリマ－25,1351
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Nicotinamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2253
ポリマ－25,1351
非ポリマー902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)298.717, 298.717, 112.652
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
Nicotinamidase / Nicotine deamidase / NAMase


分子量: 25135.426 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PNC1, YGL037C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53184, nicotinamidase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein was dialyzed against buffer containing 15 mM Tris pH 7.5, 50 mM NaCl, 4 mM MgCl2, 10 mM Na Citrate and 5 % glycerol and the inhibitor nicotinaldehyde was added at a 4:1 ratio. The ...詳細: Protein was dialyzed against buffer containing 15 mM Tris pH 7.5, 50 mM NaCl, 4 mM MgCl2, 10 mM Na Citrate and 5 % glycerol and the inhibitor nicotinaldehyde was added at a 4:1 ratio. The protein (5 mg/ml) was mixed with mother liquor (1.6 M NaOAc, 10 % ethylene glycol, 0.1 M HEPES pH 7.4) at a 1:1 (vol) ratio. Crystals were formed by hanging drop vapor diffusion. Crystals were transferred to a cryoprotectant solution (1.5 M NaOAc, 20% ethylene glycol, 0.1M HEPES pH 7.4) and flash-frozen in liquid nitrogen, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月12日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 101157 / Num. obs: 101147 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 %
反射 シェル解像度: 2.7→2.75 Å / 冗長度: 5.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Rsym value: 0.348 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0102 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.71→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 14.478 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.204 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2031 5058 5 %RANDOM
Rwork0.18108 ---
obs0.18221 96087 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.356 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å20.34 Å20 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12397 0 14 292 12703
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0212775
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2041.94317388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.20751519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.03524.773616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.253152212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9031549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.21918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219709
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.713→2.783 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 331 -
Rwork0.311 6911 -
obs--97.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2366-0.0923-0.14651.6253-0.75372.2446-0.05250.00760.02110.17860.00490.0949-0.1198-0.16780.04760.0487-0.06050.02120.1714-0.03920.0894-43.140180.627333.0865
21.4269-0.17640.36861.9255-0.72492.39450.03150.1589-0.1801-0.1339-0.0869-0.12020.12040.25080.05540.0199-0.0201-0.00280.2309-0.0440.1559-9.895380.15823.326
31.31470.33750.10511.74660.11662.8352-0.13520.2372-0.2873-0.17810.0712-0.12160.36160.24590.0640.1574-0.08860.05520.1907-0.09130.1314-51.469449.695620.5429
42.36780.09650.21321.5214-0.16472.9218-0.0667-0.0430.3371-0.1886-0.01350.3849-0.3079-0.44930.08020.1688-0.1107-0.06080.355-0.09730.2622-84.203657.723412.7688
52.2958-0.2151-0.14142.1174-0.10681.9566-0.0386-0.3884-0.0990.2258-0.0566-0.03840.24630.070.09530.4144-0.05190.00550.1020.08190.1686-66.666135.3137-24.5335
62.41080.44110.27133.1302-0.00341.73740.13780.3439-0.2922-0.5373-0.1005-0.10030.2510.1574-0.03740.80260.06740.02410.08960.0550.4079-64.90885.5067-41.8976
72.07060.4979-0.19872.66270.06042.3292-0.0223-0.4441-0.52130.1560.0807-0.05830.3571-0.1295-0.05840.2692-0.293-0.05730.590.02190.5154-97.945527.048820.731
80.0085-0.0370.02530.208-0.01650.42520.0068-0.00660.0036-0.012-0.01430.02360.15820.02040.00740.1041-0.06860.01510.2282-0.04030.2834-47.987260.731115.8357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 216
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 216
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 216
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 216
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 216
8X-RAY DIFFRACTION8B401 - 480

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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