PDB-3v85: 1.9 Angstrom resolution crystal structure of the protein Q9SIY3 f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v85

タイトル

1.9 Angstrom resolution crystal structure of the protein Q9SIY3 from Arabidopsis thaliana

要素

CYTH-like phosphatase

キーワード

HYDROLASE / CYTH domain / phosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

triphosphatase / inorganic triphosphate phosphatase activity / root development / anaphase-promoting complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Garcia, C. / Fucile, G. / Petit, P. / Christendat, D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: A yeast-like mRNA triphosphatase from Arabidopsis thaliana
著者: Garcia, C. / Fucile, G. / Moeder, W. / Christendat, D. / Yoshioka, K.

履歴

登録	2011年12月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v85.cif.gz	97 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v85.ent.gz	74.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v85.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/3v85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v8/3v85	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5a67-d 5qmw-2 1u0s-d 1laf-d 1eay-2 5qld-2 5qlk-2 3a9k-d 6mli-d 3r0h-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYTH-like phosphatase

ヘテロ分子

24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.776, 33.952, 71.596
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.23, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CYTH-like phosphatase / triphosphate tunnel metalloenzyme-like phosphatase 分子量: 24195.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At2g11890 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: Q9SIY3
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 0.1M NaCitrate, 0.25M NH4(OAc), 30% PEG4000, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	CHESS	F2	1	0.9786
シンクロトロン	APS	19-ID	2	0.97948

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 210	1	CCD	2010年6月21日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2009年8月13日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9786	1
2	0.97948	1

反射

解像度: 1.9→19.73 Å / Num. all: 17214 / Num. obs: 17111 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.117 / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 9.8

反射シェル

解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.697 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 2470 / R_sym value: 0.585 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: dev_237)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→19.729 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 22.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	840	5.08 %	random
R_work	0.172	-	-	-
obs	0.1749	16545	96.03 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.664 Å² / k_sol: 0.379 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.2208 Å²	-0 Å²	-0.3798 Å²
2-	-	-3.1687 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.052 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.729 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1666	0	13	132	1811

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1710
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.035	2305
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.627	651
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	253
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	298

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9001-2.0191	0.2958	135	0.2281	2420	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0191-2.1748	0.2354	141	0.1795	2562	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1748-2.3933	0.2067	148	0.1709	2622	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3933-2.7389	0.2817	129	0.1778	2645	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7389-3.4477	0.243	127	0.1708	2697	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4477-19.7299	0.1937	160	0.1568	2759	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1786	-0.0679	-0.3802	0.4279	0.3241	0.9787	-0.0342	0.0141	-0.0198	-0.0842	0.0021	0.0643	0.0429	-0.1011	0.0344	0.1012	0.0128	-0.0039	0.105	-0.0056	0.1112	32.7552	14.8921	17.5175
2	0.8542	0.2158	-0.5097	0.9246	0.2516	1.0874	0.0094	-0.181	0.0299	0.4625	-0.0808	0.0763	-0.1506	0.0717	0.0437	0.1567	0.0098	0.0022	0.109	-0.0034	0.1078	31.5778	21.5132	35.3808
3	0.1994	-0.1952	0.0302	0.6669	0.3913	0.3716	-0.0414	0.0895	-0.0201	-0.0427	-0.0659	0.1127	0.0851	-0.0285	0.0909	0.1144	-0.0252	0.0097	0.1167	0.0012	0.1341	33.5049	9.5915	13.3146
4	0.984	0.0966	0.2579	1.1176	0.4193	0.2074	0.0815	0.2331	0.087	-0.3099	-0.066	0.2118	-0.0742	-0.4008	0.0385	0.1573	0.0194	-0.0313	0.2393	-0.0326	0.1105	28.6324	13.0769	4.6659

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:94)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 95:133)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 134:172)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 173:210)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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