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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3v7q | ||||||
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タイトル | Crystal structure of B. subtilis YlxQ at 1.55 A resolution | ||||||
![]() | Probable ribosomal protein ylxQ | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / L7Ae superfamily / K-turn binding / K-turn RNA / Hypothetical ribosomal protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Baird, N.J. / Zhang, J. / Hamma, T. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: YbxF and YlxQ are bacterial homologs of L7Ae and bind K-turns but not K-loops. 著者: Baird, N.J. / Zhang, J. / Hamma, T. / Ferre-D'Amare, A.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 56.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 460 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 464.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11128.995 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M ammonium acetate pH 7.0, 0.1 M sodium citrate pH 5.6, and 30% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月10日 |
放射 | モノクロメーター: Asymmetric curved crystal of Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 42151 / Num. obs: 41302 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 5.5 % / Num. unique all: 4152 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3on1 解像度: 1.55→19.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 149294.2 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.8237 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→19.97 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.56 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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