PDB-3v7o: Crystal structure of the C-terminal domain of Ebola virus VP30 (s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v7o

タイトル

Crystal structure of the C-terminal domain of Ebola virus VP30 (strain Reston-89)

要素

Minor nucleoprotein VP30

キーワード

TRANSCRIPTION / Ebola / VP30 / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Smt / nucleoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Reston ebolavirus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: Structure of the Reston ebolavirus VP30 C-terminal domain.
著者: Clifton, M.C. / Kirchdoerfer, R.N. / Atkins, K. / Abendroth, J. / Raymond, A. / Grice, R. / Barnes, S. / Moen, S. / Lorimer, D. / Edwards, T.E. / Myler, P.J. / Saphire, E.O.

履歴

登録	2011年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v7o.cif.gz	146.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v7o.ent.gz	113.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v7o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3v7o_validation.pdf.gz	456.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3v7o_full_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示
XML形式データ	3v7o_validation.xml.gz	15.2 KB	表示
CIF形式データ	3v7o_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/3v7o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/3v7o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2i8bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6yu8-d 5mi8-1 5mn2-2 3oby-2 3oby-1 1efc-1 6i2p-2 5mi8-2 1nty-d 3s9d-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-EbreA.17250.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Minor nucleoprotein VP30

B: Minor nucleoprotein VP30

ヘテロ分子

51.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.310, 93.740, 111.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Minor nucleoprotein VP30 / Transcription activator VP30 分子量: 25785.299 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 142 - 272 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Reston ebolavirus (エボラウイルス) 株: Reston-89 / 遺伝子: VP30 / プラスミド: pEMB001 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8JPX6
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: EbreA.17250.a at 18.3 mg/ml. 10% PEG6000, 0.1M HEPES pH 7.0, Cryoprotectant 20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97 Å / 相対比: 1

反射

最高解像度: 2.25 Å / Num. obs: 25173 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 15.18

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.25-2.31		0.506	3.15	1	100
2.31-2.37		0.442	3.58	1	99.9
2.37-2.44		0.391	4.11	1	99.9
2.44-2.52		0.331	4.78	1	100
2.52-2.6		0.265	5.83	1	99.9
2.6-2.69		0.226	6.71	1	99.9
2.69-2.79		0.193	8.09	1	99.9
2.79-2.9		0.169	9.01	1	100
2.9-3.03		0.132	11.24	1	100
3.03-3.18		0.109	13.47	1	99.9
3.18-3.35		0.074	18.23	1	100
3.35-3.56		0.057	23.16	1	100
3.56-3.8		0.046	27.67	1	99.9
3.8-4.11		0.04	32.56	1	99.9
4.11-4.5		0.036	34.24	1	99.8
4.5-5.03		0.035	36.3	1	99.8
5.03-5.81		0.037	32.61	1	99.8
5.81-7.12		0.039	30.56	1	100
7.12-10.06		0.023	43.04	1	100
	10.06	0.019	47.81	1	83.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.8 Å	19.63 Å
Translation	2.8 Å	19.63 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2I8B

2i8b

解像度: 2.25→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 9.341 / SU ML: 0.118 / SU R Cruickshank DPI: 0.2023 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2264	1280	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19307	-	-	-
obs	0.19478	23841	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.562 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.42 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2554	0	8	150	2712

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	2605
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.328	1.962	3522
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.899	3	4269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.266	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.755	24.052	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.214	15	461
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.844	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	412
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2889
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	526
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	95	-
R_work	0.241	1577	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.386	-0.2087	-0.6458	0.3438	-0.1741	1.1353	-0.0148	0.0738	-0.1212	-0.0695	-0.0417	0.0012	0.1378	-0.0641	0.0565	0.0774	-0.014	-0.0082	0.0407	-0.0165	0.0923	5.695	-28.5671	-8.0233
2	1.8774	-0.1613	0.5247	1.0601	-0.4501	2.7089	-0.0222	-0.0618	0.0704	0.0237	-0.0481	0.0778	-0.1361	-0.1804	0.0703	0.0395	0.0093	-0.0016	0.0466	-0.0162	0.1056	7.1834	-20.8681	-6.7162
3	2.7038	-6.1859	3.7303	30.4966	4.4155	15.4154	0.0152	-0.2024	-0.1386	-1.2422	-0.3631	0.9149	-1.003	-0.9924	0.3479	0.2229	0.0826	0.0302	0.3303	-0.1035	0.4079	6.0289	-29.7744	-33.6077
4	3.1931	0.32	-0.1187	2.7704	0.1171	2.9972	0.0902	0.3683	0.0706	-0.1444	-0.0042	-0.064	-0.0243	-0.0158	-0.086	0.0429	-0.0099	-0.0093	0.0776	0.0427	0.0404	-15.6696	-10.8708	-22.4483
5	4.2934	-3.3478	-4.6179	6.1422	5.5228	6.3431	0.0232	0.235	-0.2458	-0.1065	-0.298	0.1915	-0.0416	-0.3667	0.2748	0.0927	0.0088	-0.022	0.0854	-0.0757	0.0891	10.8947	-39.5771	-30.3106
6	2.6099	0.9546	0.9826	1.9304	0.7396	4.5829	-0.063	0.295	0.0062	-0.2666	0.1069	-0.0833	-0.0359	0.425	-0.0439	0.0851	0.0127	0.0163	0.0772	-0.0212	0.0369	21.7902	-30.2631	-31.6893
7	0.0784	0.081	-0.5817	0.2601	-0.3315	5.2236	-0.0372	0.0027	-0.0181	-0.0028	0.113	0.0187	0.3986	0.2674	-0.0758	0.1048	0.0406	-0.0128	0.1127	-0.0355	0.1606	19.4342	-36.1416	-14.8845

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	61 - 112
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	113 - 124
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	-77 - -2
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	-1 - 20
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	21 - 97
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	98 - 125

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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