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- PDB-3v7e: Crystal structure of YbxF bound to the SAM-I riboswitch aptamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v7e
タイトルCrystal structure of YbxF bound to the SAM-I riboswitch aptamer
要素
  • Ribosome-associated protein L7Ae-like
  • SAM-I riboswitch aptamer with an engineered helix P3
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN/RNA / RNA-protein complex / riboswitch / K-turn / L7Ae-like / A member of the L7Ae/L30e superfamily / Unknown function / K-turn motif / RIBOSOMAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L7Ae, putative / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT HEXAMMINE(III) / S-ADENOSYLMETHIONINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA-binding protein YbxF
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Baird, N.J. / Zhang, J. / Hamma, T. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2012
タイトル: YbxF and YlxQ are bacterial homologs of L7Ae and bind K-turns but not K-loops.
著者: Baird, N.J. / Zhang, J. / Hamma, T. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2011年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月18日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosome-associated protein L7Ae-like
B: Ribosome-associated protein L7Ae-like
C: SAM-I riboswitch aptamer with an engineered helix P3
D: SAM-I riboswitch aptamer with an engineered helix P3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,63046
ポリマ－98,3984
非ポリマー4,23242
水27015
1
A: Ribosome-associated protein L7Ae-like
C: SAM-I riboswitch aptamer with an engineered helix P3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,84728
ポリマ－49,1992
非ポリマー2,64826
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area23570 Å2
手法PISA
2
B: Ribosome-associated protein L7Ae-like
D: SAM-I riboswitch aptamer with an engineered helix P3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,78318
ポリマ－49,1992
非ポリマー1,58416
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area23770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.762, 54.305, 106.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Ribosome-associated protein L7Ae-like


分子量: 8398.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU01090, rplGB, ybaB, ybxF / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (DE3) / 参照: UniProt: P46350
#2: RNA鎖 SAM-I riboswitch aptamer with an engineered helix P3


分子量: 40800.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase
由来: (合成) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)

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非ポリマー , 4種, 57分子

#3: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#5: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 150 M RNA, 210 M YbxF, 10 mM MgCl2, 10 mM SAM, 40 mM KCl, 20 mM HEPES-KOH, 1 mM spermine, 1 mM cobalt hexammine, and 1 mM DTT, 100 mM potassium cacodylate pH 6.0, 200 mM MgCl2 and 25% (v/v) ...詳細: 150 M RNA, 210 M YbxF, 10 mM MgCl2, 10 mM SAM, 40 mM KCl, 20 mM HEPES-KOH, 1 mM spermine, 1 mM cobalt hexammine, and 1 mM DTT, 100 mM potassium cacodylate pH 6.0, 200 mM MgCl2 and 25% (v/v) PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月9日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 25202 / Num. obs: 22926 / Observed criterion σ(I): 116.2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 121.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique all: 2244 / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ALSBOSデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: M. jannaschii L7Ae protein (PDB ID 1SDS, chain A)

1sds


解像度: 2.8→29.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 74723.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 2276 9.9 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.218 22926 93.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 20.0533 Å2 / ksol: 0.25 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 75.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.12 Å20 Å215.88 Å2
2--7.19 Å20 Å2
3----32.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.49 Å0.4 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.79 Å0.64 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数962 5372 202 15 6551
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.73
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.582
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.872.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.451 320 10 %
Rwork0.404 2870 -
obs--78.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION6sam.parsam.top
X-RAY DIFFRACTION7nco.parnco.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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