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万見
- PDB-3v75: Crystal structure of putative orotidine 5'-phosphate decarboxylas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v75
タイトルCrystal structure of putative orotidine 5'-phosphate decarboxylase from Streptomyces avermitilis ma-4680
要素Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
キーワードLYASE (リアーゼ) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / TIM BARREL (TIMバレル) / PYRIMIDINE BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, type 2 / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル ...Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, type 2 / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase, active site / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase active site. / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase domain / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family / Ribulose-phosphate binding barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avermitilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Xu, X. / Cui, H. / Kudritska, M. / Tan, K. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative orotidine 5'-phosphate decarboxylase from Streptomyces avermitilis ma-4680
著者: Stogios, P.J. / Xu, X. / Cui, H. / Kudritska, M. / Tan, K. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2011年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年5月9日ID: 3L52
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6761
ポリマ－31,6761
非ポリマー00
水6,449358
1
A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase

A: Orotidine 5'-phosphate decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3512
ポリマ－63,3512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area21230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.882, 83.342, 44.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.52, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-318-

HOH

21A-356-

HOH

31A-657-

HOH

41A-1047-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / / OMP decarboxylase


分子量: 31675.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア)
株: MA-4680 / 遺伝子: pyrF, SAV6869, SAV_6869 / プラスミド: P15TV-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q827Q5, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.84 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M TRIS PH 8.5, 0.2 M SODIUM ACETATE, 30% PEG 4K, TEV PROTEASE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月24日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. all: 57832 / Num. obs: 53899 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 43.24
反射 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.79 / Rsym value: 0.392 / % possible all: 61

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→27.444 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0.12 / 位相誤差: 15.95 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1721 1863 3.77 %
Rwork0.1484 --
obs0.1493 49473 95.49 %
all-51810 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.287 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.5916 Å20 Å20.0849 Å2
2--4.8266 Å2-0 Å2
3---0.3025 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→27.444 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2082 0 0 358 2440
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152221
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.523041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.366826
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4-1.450.22271630.21034172X-RAY DIFFRACTION84
1.45-1.50810.22351810.18594635X-RAY DIFFRACTION93
1.5081-1.57670.20911860.16564742X-RAY DIFFRACTION95
1.5767-1.65980.20591860.164765X-RAY DIFFRACTION96
1.6598-1.76380.18051870.15014773X-RAY DIFFRACTION96
1.7638-1.90.17651910.14384885X-RAY DIFFRACTION97
1.9-2.09110.17251910.14024857X-RAY DIFFRACTION98
2.0911-2.39360.16481920.13744900X-RAY DIFFRACTION99
2.3936-3.0150.16741940.14554977X-RAY DIFFRACTION99
3.015-27.44960.15371920.14354904X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.97684.6238-3.30858.25720.45734.38050.0026-0.3486-0.95530.3551-0.0464-0.48430.61980.10690.0290.3116-0.0318-0.06670.09120.01350.164429.993534.8187-6.8278
20.88070.06760.61320.96760.2391.0047-0.093-0.04090.17690.0054-0.0241-0.0792-0.20490.07070.03550.0762-0.0172-0.01630.0185-0.00190.06489.676928.08197.0085
31.02420.33680.0351.393-0.15760.7650.01610.0534-0.0346-0.07140.0195-0.10090.08860.0831-0.02040.05660.0205-0.00680.0339-0.00190.043612.17179.88083.2457
40.6446-0.09720.18262.08030.96181.55410.0359-0.0512-0.03770.2712-0.068-0.1070.16770.0857-0.00380.0816-0.0182-0.03080.0674-0.00390.051115.52319.866521.6629
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1resid -5:2
2X-RAY DIFFRACTION2resid 3:136
3X-RAY DIFFRACTION3resid 137:219
4X-RAY DIFFRACTION4resid 220:279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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