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- PDB-3v74: crystal structure of FBF-2 in complex with gld-1 FBEa13 RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v74
タイトルcrystal structure of FBF-2 in complex with gld-1 FBEa13 RNA
要素
  • Fem-3 mRNA-binding factor 2
  • RNA (5'-R(*UP*CP*AP*UP*GP*UP*GP*CP*CP*AP*UP*AP*C)-3')
キーワードRNA binding protein/RNA / PUF protein / RNA-binding pocket / FBF-2 / base stacking / post-transcriptional gene regulation / RNA binding protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sex differentiation / P granule / post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA 3'-UTR binding / cell differentiation / negative regulation of translation / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe ...Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Fem-3 mRNA-binding factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Wang, Y. / Qiu, C. / Kershner, A. / Holley, C.P. / Wilinski, D. / Keles, S. / Kimble, J. / Wickens, M. / Hall, T.M.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Divergence of PUF protein specificity through variations in an RNA-binding pocket
著者: Wang, Y. / Qiu, C. / Kershner, A. / Holley, C.P. / Wilinski, D. / Keles, S. / Kimble, J. / Wickens, M. / Hall, T.M.T.
履歴
登録2011年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fem-3 mRNA-binding factor 2
B: RNA (5'-R(*UP*CP*AP*UP*GP*UP*GP*CP*CP*AP*UP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0982
ポリマ－51,0982
非ポリマー00
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area19350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.465, 98.465, 107.982
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Fem-3 mRNA-binding factor 2 / gld-1 FBEa13 RNA


分子量: 47019.055 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 164-575 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: F21H12.5, fbf-2 / プラスミド: pGx6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)star / 参照: UniProt: Q09312
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*CP*AP*UP*GP*UP*GP*CP*CP*AP*UP*AP*C)-3')


分子量: 4078.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% [w/v] polyethylene glycol 6000, 5% [v/v] (+/-)-2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→24.011 Å / Num. all: 26550 / Num. obs: 26381 / % possible obs: 99.85 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 34.488 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1318 / Rsym value: 0.65 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
PHASER位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3K5Y

3k5y


解像度: 2.3→24.01 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2267 1361 -5%, R-free flags copied from mtz file of 3K5Y
Rwork0.177 ---
all-26550 --
obs-26381 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.7285 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.744 Å20 Å20 Å2
2---0.744 Å20 Å2
3---1.482 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→24.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3139 232 0 318 3689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg0.74
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.324
X-RAY DIFFRACTIONf_improper_angle_d0.067

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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