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- PDB-3v6y: crystal structure of FBF-2 in complex with a mutant gld-1 FBEa13 RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v6y
タイトルcrystal structure of FBF-2 in complex with a mutant gld-1 FBEa13 RNA
要素
  • Fem-3 mRNA-binding factor 2
  • RNA (5'-R(*UP*AP*CP*UP*GP*UP*GP*CP*CP*AP*UP*AP*C)-3')
キーワードRNA binding protein/RNA / PUF repeats / RNA binding protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sex differentiation / P granule / post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA 3'-UTR binding / cell differentiation / negative regulation of translation / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical ...Pumilio, RNA binding domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio-family RNA binding repeat / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Fem-3 mRNA-binding factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Qiu, C. / Kershner, A. / Wang, Y. / Holley, C.H. / Wilinski, D. / Keles, S. / Kimble, J. / Wickens, M. / Hall, T.M.T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Divergence of PUF protein specificity through variations in an RNA-binding pocket
著者: Qiu, C. / Kershner, A. / Wang, Y. / Holley, C.H. / Wilinski, D. / Keles, S. / Kimble, J. / Wickens, M. / Hall, T.M.T.
履歴
登録2011年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fem-3 mRNA-binding factor 2
B: RNA (5'-R(*UP*AP*CP*UP*GP*UP*GP*CP*CP*AP*UP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0982
ポリマ－51,0982
非ポリマー00
水1,946108
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area19220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.797, 99.797, 105.598
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Fem-3 mRNA-binding factor 2


分子量: 47019.055 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 164-575 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: fbf-2, F21H12.5 / プラスミド: pGEX6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q09312
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*UP*AP*CP*UP*GP*UP*GP*CP*CP*AP*UP*AP*C)-3')


分子量: 4078.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% (w/v) PEG8000, 8% (v/v) ethylene glycol, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45 Å / Num. all: 20680 / Num. obs: 20644 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2042 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→31.207 Å / SU ML: 0.76 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2432 1056 5.13 %random
Rwork0.1847 ---
obs0.1877 20601 99.63 %-
all-20677 --
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.801 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1845 Å20 Å20 Å2
2---4.1845 Å20 Å2
3---8.369 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→31.207 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3129 214 0 108 3451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083413
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0064642
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.971314
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068544
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.61370.33421290.25642413X-RAY DIFFRACTION100
2.6137-2.75140.30981320.22092452X-RAY DIFFRACTION100
2.7514-2.92370.28681400.20322430X-RAY DIFFRACTION100
2.9237-3.14930.25521430.18982441X-RAY DIFFRACTION100
3.1493-3.46580.27511220.18722450X-RAY DIFFRACTION100
3.4658-3.96650.27931420.2042400X-RAY DIFFRACTION98
3.9665-4.9940.17681230.15182467X-RAY DIFFRACTION100
4.994-31.20960.20161250.16862492X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.49960.1864-0.08210.18420.07320.10720.55010.38450.0833-0.5424-0.05770.40670.016-0.09920.03810.807-0.0377-0.22110.51020.05870.462616.162313.8702-45.9322
20.12280.03340.02360.14420.13530.6638-0.0972-0.12630.0771-0.10750.1424-0.0326-0.0177-0.0094-00.33880.0207-0.00060.31320.0640.288322.107417.694-36.4604
30.7378-0.47240.56090.5904-0.90751.43780.0066-0.06260.0730.1510.11450.2538-0.261-0.113-0.00010.29720.04970.04590.25410.06190.300524.45621.5547-22.6595
40.9485-0.65341.22451.1365-0.7051.6684-0.0084-0.188-0.08820.07420.23760.1993-0.176-0.14260.00330.24080.02740.02970.21180.05260.186435.40039.4302-6.848
50.8903-0.64090.28660.6346-0.2270.7605-0.0852-0.403-0.06440.50750.01690.1764-0.3232-0.1179-0.00310.42130.0084-0.04780.35220.03790.199144.19175.13845.706
60.8448-0.62340.06760.70530.02070.2165-0.0382-0.24660.03180.11750.3360.2143-0.0484-0.00520.1360.28290.0341-0.07370.19720.08080.263650.1152-10.89664.5865
70.4373-0.2945-0.02530.45790.25740.60840.19520.0018-0.216-0.20840.01950.3965-0.00240.1290.0180.37380.036-0.12480.18680.01450.468453.9295-23.96241.7397
80.4822-0.2770.46620.2945-0.26410.4465-0.02080.22980.0917-0.12080.0366-0.14120.05980.3509-0.00010.335-0.0163-0.03940.27970.02670.366466.9054-19.00994.2649
91.06750.4030.11060.61240.13070.71780.4760.0405-0.6302-0.1737-0.3-0.13240.29120.1678-0.03770.65660.1054-0.20710.3323-0.09040.351458.793-31.9279-5.8182
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 167:184)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 185:216)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 217:282)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 283:383)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 384:410)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 411:477)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 478:514)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 515:544)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 545:567)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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