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- PDB-3v6t: Crystal structure of the DNA-bound dHax3, a TAL effector, at 1.85... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v6t
タイトルCrystal structure of the DNA-bound dHax3, a TAL effector, at 1.85 angstrom
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*T)-3')
  • dHax3
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / 11 tandem repeats / DNA specific binding protein / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Deng, D. / Yan, C.Y. / Pan, X.J. / Wang, J.W. / Yan, N. / Shi, Y.G.
引用ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Structural Basis for Sequence-Specific Recognition of DNA by TAL Effectors
著者: Deng, D. / Yan, C.Y. / Pan, X.J. / Mahfouz, M. / Wang, J.W. / Zhu, J.K. / Shi, Y.G. / Yan, N.
履歴
登録2011年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dHax3
B: dHax3
G: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')
I: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*T)-3')
J: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,2996
ポリマ－124,2996
非ポリマー00
水18,8441046
1
A: dHax3
I: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*T)-3')
J: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1493
ポリマ－62,1493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area24030 Å2
手法PISA
2
B: dHax3
G: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1493
ポリマ－62,1493
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area24830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.719, 87.679, 88.494
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 dHax3


分子量: 51736.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xanthomonas (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*TP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*CP*T)-3')


分子量: 5070.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*AP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5342.513 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1046 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 8-10% PEG 3350(w/v), 12% ethanol, 0.1M MES pH6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月12日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→40 Å / Num. all: 103545 / Num. obs: 103239 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 25.05 Å2
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3V6P

3v6p


解像度: 1.85→32.316 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / FOM work R set: 0.8393 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.47 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2217 5161 5 %RANDOM
Rwork0.2051 ---
all0.206 103545 --
obs0.206 103200 99.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.024 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 127.28 Å2 / Biso mean: 32.0372 Å2 / Biso min: 12.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2195 Å20 Å2-1.3862 Å2
2--1.1124 Å2-0 Å2
3---1.2129 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→32.316 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7065 1381 0 1046 9492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15712347
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0363327
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061391
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8499-1.87090.32361450.30893010315592
1.8709-1.89290.33631690.301532623431100
1.8929-1.9160.31991800.287332963476100
1.916-1.94030.32351770.27132403417100
1.9403-1.96580.26531680.273432933461100
1.9658-1.99270.29581730.257732973470100
1.9927-2.02120.2791700.24432393409100
2.0212-2.05140.26151650.240132693434100
2.0514-2.08340.24571560.236433143470100
2.0834-2.11760.25741710.238732573428100
2.1176-2.15410.26081910.230732813472100
2.1541-2.19320.26561710.222132483419100
2.1932-2.23540.26361780.22132333411100
2.2354-2.2810.26811690.218233093478100
2.281-2.33060.23651930.213632863479100
2.3306-2.38480.22661420.206333003442100
2.3848-2.44440.22421690.205332873456100
2.4444-2.51050.25061420.209332843426100
2.5105-2.58430.21041560.210233133469100
2.5843-2.66770.25721750.222232763451100
2.6677-2.7630.22651900.208732823472100
2.763-2.87360.20191670.217632733440100
2.8736-3.00430.25471970.216432563453100
3.0043-3.16250.25241670.21333203487100
3.1625-3.36050.24191740.20833271344599
3.3605-3.61960.20331740.181532813455100
3.6196-3.98330.19231790.169432953474100
3.9833-4.55830.15161920.159532973489100
4.5583-5.73780.18511990.174532983497100
5.7378-32.32050.17911620.19433172333493
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.5184 Å / Origin y: -28.664 Å / Origin z: 18.3929 Å
111213212223313233
T0.1317 Å2-0.0265 Å20.0203 Å2-0.0968 Å2-0.0023 Å2--0.1205 Å2
L0.4067 °2-0.1327 °20.2036 °2-0.1526 °2-0.1579 °2--0.3076 °2
S0.0412 Å °-0.0511 Å °-0.0145 Å °0.0112 Å °0.0021 Å °0.0183 Å °0.0109 Å °-0.0239 Å °-0.0407 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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