#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)
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集合体
登録構造単位
A: DNA polymerase IV J: DNA polymerase IV P: DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*(2DT))-3') B: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*(EFG)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*C)-3') K: DNA (5'-D(P*GP*AP*AP*GP*GP*AP*TP*TP*CP*(2DT))-3') M: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*CP*(EFG)P*GP*AP*AP*TP*CP*CP*TP*TP*C)-3') ヘテロ分子
温度: 293 K / pH: 7.4 詳細: 200 uM Dpo4, 240 uM primer-template DNA complex, 5 mM MgCl2, 1 mM dCTP, 20 mM Tris-HCl (pH 7.4), 60 mM NaCl, 2% glycerol (v/v), and 5 mM -mercaptoethanol. Precipitant: 0.1M Tris-HCl (pH 7.4), ...詳細: 200 uM Dpo4, 240 uM primer-template DNA complex, 5 mM MgCl2, 1 mM dCTP, 20 mM Tris-HCl (pH 7.4), 60 mM NaCl, 2% glycerol (v/v), and 5 mM -mercaptoethanol. Precipitant: 0.1M Tris-HCl (pH 7.4), 15% polyethylene glycol 3350 (w/v), 0.1 M Ca(CH3COO)2, and 2% glycerol (v/v), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
解像度: 3.6→48.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / SU B: 87.502 / SU ML: 0.619 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.6 / ESU R Free: 0.805 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.303
1027
7.9 %
RANDOM
Rwork
0.229
-
-
-
obs
0.234
11927
99.9 %
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all
-
11927
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溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK