PDB-3v6i: Crystal structure of the peripheral stalk of Thermus thermophilus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v6i

タイトル

Crystal structure of the peripheral stalk of Thermus thermophilus H+-ATPase/synthase at 2.25 A resolution

要素

V-type ATP synthase subunit E
V-type ATP synthase, subunit (VAPC-THERM)

キーワード

HYDROLASE / peripheral stator stalk / right handed coiled-coil / ATPase/synthase / ATP Binding / Membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

proton-transporting two-sector ATPase complex, catalytic domain / proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Stewart, A.G. / Lee, L.K. / Donohoe, M. / Chaston, J.J. / Stock, D.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: The dynamic stator stalk of rotary ATPases
著者: Stewart, A.G. / Lee, L.K. / Donohoe, M. / Chaston, J.J. / Stock, D.

履歴

登録	2011年12月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v6i.cif.gz	211.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v6i.ent.gz	166.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v6i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/3v6i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v6/3v6i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3k5b
類似構造データ	3k5b-1 3k5b-2 5ope-d 5i99-d 2548 5o5g-d 5gnc-d 6bcn-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: V-type ATP synthase subunit E

B: V-type ATP synthase, subunit (VAPC-THERM)

X: V-type ATP synthase, subunit (VAPC-THERM)

Y: V-type ATP synthase subunit E

ヘテロ分子

64.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: V-type ATP synthase subunit E

B: V-type ATP synthase, subunit (VAPC-THERM)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

X: V-type ATP synthase, subunit (VAPC-THERM)

Y: V-type ATP synthase subunit E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.510, 208.690, 36.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	V-type ATP synthase subunit E / V-ATPase subunit E 分子量: 20514.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: atpE, TTHA1276, vatE / プラスミド: pET Duet-1 MCS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P74901
#2: タンパク質	V-type ATP synthase, subunit (VAPC-THERM) 分子量: 11752.551 Da / 分子数: 2 / Fragment: N-terminally truncated, UNP residues 17-120 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA1279 / プラスミド: pET Duet-1 MCS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: Q5SIT5
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.78 % / Mosaicity: 0.6 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100mM HEPES (pH 7.5), 200mM Calcium acetate, 40% (v/v) PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9393 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4.9 % / Av σ(I) over netI: 4.6 / 数: 48607 / R_sym value: 0.137 / D res high: 3.416 Å / D res low: 104.24 Å / Num. obs: 9990 / % possible obs: 91.5

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
7.85	104.92	88.1	1	0.057	0.057	4.3
5.55	7.85	90.2	1	0.125	0.125	4.8
4.53	5.55	92.7	1	0.102	0.102	4.9
3.93	4.53	92	1	0.159	0.159	5
3.51	3.93	93.2	1	0.376	0.376	5
3.21	3.51	72.4	1	0.582	0.582	4.7

反射

解像度: 2.24→19.67 Å / Num. all: 37768 / Num. obs: 37768 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.5 % / R_sym value: 0.057 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.25-2.37	2.5	0.669	0.533	1.4	13911	5533	0.396	0.669	0.533	2.1	98.7
2.37-2.52	2.5	0.476	0.38	2	13158	5209	0.282	0.476	0.38	2.9	98.6
2.52-2.69	2.5	0.31	0.248	3.1	12505	4914	0.182	0.31	0.248	4.1	98.4
2.69-2.9	2.5	0.207	0.166	4.6	11611	4584	0.121	0.207	0.166	5.9	98.3
2.9-3.18	2.5	0.123	0.099	7.7	10642	4217	0.072	0.123	0.099	9	98.2
3.18-3.56	2.5	0.074	0.06	12.5	9641	3839	0.043	0.074	0.06	14.1	97.9
3.56-4.11	2.5	0.048	0.039	16.7	8536	3388	0.028	0.048	0.039	21.7	96.9
4.11-5.03	2.4	0.036	0.029	20.5	6749	2781	0.021	0.036	0.029	26.4	94.6
5.03-7.12	2.5	0.033	0.027	24.2	5326	2170	0.019	0.033	0.027	24.6	93.2
7.12-19.666	2.4	0.019	0.015	39.9	2774	1133	0.011	0.019	0.015	33.9	84.4

-
位相決定

位相決定

手法:

多重同系置換・異常分散

Phasing set

ID
1
2

Phasing MIR

解像度: 2.4→72.98 Å / FOM acentric: 0.046 / FOM centric: 0.07 / Reflection acentric: 26979 / Reflection centric: 4176

Phasing MIR der

Native set-ID: 1 / 解像度: 2.4→72.98 Å

ID	R cullis acentric	R cullis centric	Der set-ID	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	0	0	1	26733	3814
ISO_2	0.918	0.86	2	7779	1413

Phasing MIR der shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Der-ID	R cullis acentric	R cullis centric	Reflection acentric	Reflection centric
10.62	72.98	ISO_1	0	0	202	132
7.55	10.62	ISO_1	0	0	465	154
6.18	7.55	ISO_1	0	0	648	165
5.36	6.18	ISO_1	0	0	791	182
4.79	5.36	ISO_1	0	0	879	186
4.38	4.79	ISO_1	0	0	1004	186
4.05	4.38	ISO_1	0	0	1078	175
3.79	4.05	ISO_1	0	0	1249	167
3.58	3.79	ISO_1	0	0	1302	177
3.39	3.58	ISO_1	0	0	1380	176
3.23	3.39	ISO_1	0	0	1487	209
3.1	3.23	ISO_1	0	0	1519	198
2.98	3.1	ISO_1	0	0	1630	223
2.87	2.98	ISO_1	0	0	1657	193
2.77	2.87	ISO_1	0	0	1749	223
2.68	2.77	ISO_1	0	0	1804	209
2.6	2.68	ISO_1	0	0	1868	222
2.53	2.6	ISO_1	0	0	1950	213
2.46	2.53	ISO_1	0	0	1975	202
2.4	2.46	ISO_1	0	0	2096	222
10.62	72.98	ISO_2	0.476	0.455	181	113
7.55	10.62	ISO_2	0.674	0.692	431	134
6.18	7.55	ISO_2	0.831	0.852	602	145
5.36	6.18	ISO_2	0.894	0.929	725	158
4.79	5.36	ISO_2	0.921	0.966	792	161
4.38	4.79	ISO_2	0.939	0.951	924	159
4.05	4.38	ISO_2	0.972	0.969	1044	157
3.79	4.05	ISO_2	0.971	0.981	1151	150
3.58	3.79	ISO_2	0.973	0.955	1227	154
3.39	3.58	ISO_2	1.028	0.933	702	82
3.23	3.39	ISO_2	0	0	0	0
3.1	3.23	ISO_2	0	0	0	0
2.98	3.1	ISO_2	0	0	0	0
2.87	2.98	ISO_2	0	0	0	0
2.77	2.87	ISO_2	0	0	0	0
2.68	2.77	ISO_2	0	0	0	0
2.6	2.68	ISO_2	0	0	0	0
2.53	2.6	ISO_2	0	0	0	0
2.46	2.53	ISO_2	0	0	0	0
2.4	2.46	ISO_2	0	0	0	0

Phasing MIR shell

解像度 (Å)	FOM acentric	FOM centric	Reflection acentric	Reflection centric
10.62-72.98	0.728	0.474	217	182
7.55-10.62	0.595	0.348	480	201
6.18-7.55	0.415	0.263	658	206
5.36-6.18	0.241	0.181	808	213
4.79-5.36	0.138	0.101	952	217
4.38-4.79	0.082	0.044	1050	211
4.05-4.38	0.045	0.031	1110	214
3.79-4.05	0.024	0.018	1263	203
3.58-3.79	0.011	0.013	1313	216
3.39-3.58	0.003	0.004	1393	199
3.23-3.39	0	0	1487	209
3.1-3.23	0	0	1519	198
2.98-3.1	0	0	1630	223
2.87-2.98	0	0	1657	193
2.77-2.87	0	0	1749	223
2.68-2.77	0	0	1804	209
2.6-2.68	0	0	1868	222
2.53-2.6	0	0	1950	213
2.46-2.53	0	0	1975	202
2.4-2.46	0	0	2096	222

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.25→19.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / WR_factor R_free: 0.2496 / WR_factor R_work: 0.2123 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8523 / SU B: 15.09 / SU ML: 0.147 / SU R Cruickshank DPI: 0.0407 / SU R_free: 0.0477 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2629	1685	5 %	RANDOM
R_work	0.2232	-	-	-
obs	0.2252	32182	87.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.06 Å² / B_iso mean: 13.0229 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.92 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.04 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→19.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4015	0	8	94	4117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4051
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.224	1.987	5492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.606	5	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.247	23.934	122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.915	15	668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.618	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	682
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2926
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.772	1.5	2864
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.229	2	4460
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.216	3	1187
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.772	4.5	1031
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.472	3	4051

LS精密化シェル

解像度: 2.249→2.307 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	44	-
R_work	0.252	997	-
all	-	1041	-
obs	-	-	36.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4659	-0.1444	0.2398	0.3556	1.0339	4.2531	0.0642	-0.1137	0.1648	-0.1816	0.0487	-0.1388	-0.4356	-0.0898	-0.1129	0.2861	-0.0002	0.0803	0.2602	0.0104	0.2617	15.6233	136.8385	42.0309
2	0.0633	-0.6571	-0.1214	8.165	1.4764	0.3078	0.0979	0.0155	-0.0131	-0.4798	-0.1683	-0.0539	-0.0712	-0.0317	0.0705	0.3589	0.0414	-0.0051	0.2345	-0.0167	0.2734	20.6682	74.8194	20.7856
3	1.1546	-0.167	1.3651	1.4355	-1.082	4.674	0.0464	-0.0168	-0.0314	-0.0766	-0.0497	-0.0241	0.0704	-0.1589	0.0033	0.2388	0.0003	0.0031	0.2601	-0.0039	0.1615	25.116	10.49	24.8005
4	3.214	-0.0901	0.9067	2.7729	-0.5776	3.7383	0.0552	-0.0314	-0.3441	-0.0789	0.1573	0.2129	0.2709	-0.5375	-0.2125	0.2431	-0.0698	-0.034	0.3256	0.0255	0.1883	20.7402	4.8591	26.7736
5	0.0763	-0.0044	-0.2691	5.3909	-2.1715	2.4786	0.0833	-0.0573	-0.0023	0.3011	-0.1708	0.0555	-0.1444	-0.0462	0.0875	0.2638	-0.0522	0.0082	0.3397	0.0026	0.2362	24.2749	25.2069	26.4814
6	7.0967	-8.8369	-5.0016	11.9853	4.5983	6.2754	0.3688	0.0875	0.0796	-0.4324	-0.0793	0.0366	-0.47	-0.2685	-0.2895	0.3062	0.0662	-0.0258	0.302	-0.0442	0.3495	-0.5216	139.749	42.7037
7	0.6009	-2.9513	-1.3948	14.58	6.9876	3.5306	0.0714	0.0972	-0.1687	-0.1772	-0.4437	0.862	0.1568	-0.2663	0.3722	0.3776	0.0172	-0.0052	0.2372	-0.0447	0.3164	9.8676	106.3714	26.1308
8	0.9506	-3.168	-0.7258	14.6563	1.8872	1.291	0.2359	0.2009	0.0369	-0.904	-0.5803	0.2414	-0.1217	-0.1442	0.3445	0.4828	0.1182	-0.0778	0.2312	-0.0317	0.3195	19.1338	61.7483	9.669
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11	3.2606	-6.5627	-5.4973	16.4336	13.8696	11.7346	0.0173	0.1105	-0.6715	-0.1905	-0.5417	0.7584	-0.1139	-0.3742	0.5245	0.3304	0.0376	-0.0619	0.2602	-0.0951	0.3944	7.1532	90.9172	35.014
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13	8.3071	8.6253	-4.6245	14.6545	-3.4118	2.9323	0.2427	-0.0912	0.3711	1.3124	-0.2195	0.8611	0.1326	0.0696	-0.0232	0.4673	-0.0609	0.103	0.2509	-0.0147	0.4152	10.4632	166.1552	57.2016
14	0.301	-0.9725	-0.3485	4.7331	1.5736	0.6288	0.0434	0.0455	-0.0577	0.2343	-0.1384	0.175	0.1388	-0.0241	0.0949	0.232	0.0264	-0.0035	0.2381	-0.013	0.2521	15.4301	95.3871	38.4752
15	0.5862	2.6981	-0.1192	17.3598	0.6267	0.3228	-0.037	0.1037	0.297	-0.1632	0.1739	1.1214	0.026	-0.0401	-0.1369	0.274	-0.0047	0.0702	0.1978	0.0329	0.5284	5.3924	163.3754	50.1019
16	3.2842	0.1753	-1.7778	4.0179	-1.3561	2.7838	0.0793	-0.0935	0.077	0.3287	-0.0369	0.5904	-0.1938	0.1346	-0.0423	0.2499	0.0065	0.0143	0.2044	-0.0257	0.3232	15.7874	187.6987	45.9696
17	0.7351	-1.3915	0.2856	2.6974	-0.3326	4.0916	0.0648	-0.0339	-0.4195	-0.1509	0.1272	0.9461	-0.3197	0.0309	-0.192	0.3038	0.0065	-0.1026	0.2347	0.1084	0.7207	15.8155	191.2014	41.1144
18	0.9355	2.3156	-0.9126	6.2108	-2.3985	1.688	0.0379	0.0207	0.0487	-0.1674	-0.1579	0.1494	0.0191	0.2563	0.12	0.2515	-0.0158	-0.0238	0.2828	0.0337	0.2855	16.2599	170.4864	44.4779

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 17
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	18 - 90
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	91 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	124 - 155
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	156 - 188
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	20 - 36
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	37 - 71
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	72 - 101
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	102 - 120
10	X-RAY DIFFRACTION	10	X	22 - 47
11	X-RAY DIFFRACTION	11	X	48 - 63
12	X-RAY DIFFRACTION	12	X	64 - 100
13	X-RAY DIFFRACTION	13	X	101 - 120
14	X-RAY DIFFRACTION	14	Y	2 - 70
15	X-RAY DIFFRACTION	15	Y	71 - 94
16	X-RAY DIFFRACTION	16	Y	95 - 131
17	X-RAY DIFFRACTION	17	Y	132 - 156
18	X-RAY DIFFRACTION	18	Y	157 - 188

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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