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Yorodumi- PDB-3v5e: Crystal structure of ClpP from Staphylococcus aureus in the activ... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3v5e | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of ClpP from Staphylococcus aureus in the active, extended conformation | ||||||
Components | ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit | ||||||
Keywords | HYDROLASE | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationendopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Gersch, M. / List, A. / Groll, M. / Sieber, S. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2012Title: Insights into structural network responsible for oligomerization and activity of bacterial virulence regulator caseinolytic protease P (ClpP) protein. Authors: Gersch, M. / List, A. / Groll, M. / Sieber, S.A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3v5e.cif.gz | 982.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3v5e.ent.gz | 828.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3v5e.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3v5e_validation.pdf.gz | 534.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3v5e_full_validation.pdf.gz | 563.1 KB | Display | |
| Data in XML | 3v5e_validation.xml.gz | 81.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 3v5e_validation.cif.gz | 107.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/3v5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/3v5e | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3v5iC ![]() 3qwdS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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Components
| #1: Protein | Mass: 22578.680 Da / Num. of mol.: 14 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: NCTC 8325 / Gene: clpP, SAOUHSC_00790 / Plasmid: pET301 / Production host: ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.42 Å3/Da / Density % sol: 49.23 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 200 mM Sodium malonate, 38% MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 19, 2011 |
| Radiation | Monochromator: double-crystal fixed exit monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.3→50 Å / Num. all: 134296 / Num. obs: 129058 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 11.21 |
| Reflection shell | Resolution: 2.3→2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / % possible all: 98.6 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 3QWD Resolution: 2.3→48.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 16.709 / SU ML: 0.175 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.227 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 48.154 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→48.2 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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