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- PDB-3v4x: The Biochemical and Structural Basis for Inhibition of Enterococc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v4x
タイトルThe Biochemical and Structural Basis for Inhibition of Enterococcus faecalis HMG-CoA Synthase, mvaS, by Hymeglusin
要素HMG-CoA synthase
キーワードTransferase/Inhibitor / HYDROXYMETHYLGLUTARYL-CoA SYNTHASE / Hymeglusin covalent adduct / Transferase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylglutaryl-CoA synthase / hydroxymethylglutaryl-CoA synthase activity / acetyl-CoA metabolic process / isoprenoid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, prokaryotic / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, C-terminal domain / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase N terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F24 / Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.952 Å
データ登録者Skaff, D.A. / Ramyar, K.X. / McWhorter, W.J. / Geisbrecht, B.V. / Miziorko, H.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Biochemical and structural basis for inhibition of Enterococcus faecalis hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, mvaS, by hymeglusin.
著者: Skaff, D.A. / Ramyar, K.X. / McWhorter, W.J. / Barta, M.L. / Geisbrecht, B.V. / Miziorko, H.M.
履歴
登録2011年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HMG-CoA synthase
B: HMG-CoA synthase
C: HMG-CoA synthase
D: HMG-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,6938
ポリマ－170,3884
非ポリマー1,3064
水19,5821087
1
A: HMG-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9232
ポリマ－42,5971
非ポリマー3261
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HMG-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9232
ポリマ－42,5971
非ポリマー3261
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: HMG-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9232
ポリマ－42,5971
非ポリマー3261
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: HMG-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9232
ポリマ－42,5971
非ポリマー3261
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: HMG-CoA synthase
B: HMG-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8474
ポリマ－85,1942
非ポリマー6532
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7290 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area25280 Å2
手法PISA
6
C: HMG-CoA synthase
ヘテロ分子

D: HMG-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8474
ポリマ－85,1942
非ポリマー6532
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y+1/2,-z-11
Buried area7370 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area25110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.333, 52.756, 117.576
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
HMG-CoA synthase


分子量: 42596.934 Da / 分子数: 4 / 変異: A163S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: ATCC 4200 / 遺伝子: mvaS / プラスミド: pT7HMT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9FD71, hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
#2: 化合物
ChemComp-F24 / (7R,12R,13R)-13-formyl-12,14-dihydroxy-3,5,7-trimethyltetradeca-2,4-dienoic acid / Antibiotic 1233A, Bound Form


分子量: 326.428 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H30O5 / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1087 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 23% PEG 3350, 0.2M NaCl, 0.1M Bis-Tris pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月9日
放射モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.02 Å / Num. all: 96022 / Num. obs: 92978 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 2.6 / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 11.27

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X9E

1x9e


解像度: 1.952→48.02 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2182 9271 9.99 %
Rwork0.1707 --
obs0.1755 92792 96.82 %
all-96022 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.37 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1838 Å20 Å2-3.0147 Å2
2---2.8171 Å20 Å2
3----0.3667 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.952→48.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11954 0 92 1087 13133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112270
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24916636
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6194482
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1141893
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032153
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.952-1.97440.30232380.24012055X-RAY DIFFRACTION73
1.9744-1.99770.24482940.21032573X-RAY DIFFRACTION91
1.9977-2.0220.25252940.20312703X-RAY DIFFRACTION94
2.022-2.04760.27532820.20182766X-RAY DIFFRACTION95
2.0476-2.07460.26273170.19032674X-RAY DIFFRACTION96
2.0746-2.1030.26663120.19192766X-RAY DIFFRACTION96
2.103-2.1330.24182950.18412716X-RAY DIFFRACTION96
2.133-2.16490.2373180.18052731X-RAY DIFFRACTION96
2.1649-2.19870.24193000.17882798X-RAY DIFFRACTION96
2.1987-2.23480.21893210.17062721X-RAY DIFFRACTION97
2.2348-2.27330.23482830.17572808X-RAY DIFFRACTION97
2.2733-2.31460.25233020.1772788X-RAY DIFFRACTION97
2.3146-2.35910.23613130.16592768X-RAY DIFFRACTION97
2.3591-2.40730.22323310.16362767X-RAY DIFFRACTION97
2.4073-2.45960.23082880.1712765X-RAY DIFFRACTION97
2.4596-2.51690.23063040.17142846X-RAY DIFFRACTION98
2.5169-2.57980.22013090.16762773X-RAY DIFFRACTION98
2.5798-2.64950.24553210.17452804X-RAY DIFFRACTION98
2.6495-2.72750.22193160.17312832X-RAY DIFFRACTION99
2.7275-2.81550.22832970.17392860X-RAY DIFFRACTION99
2.8155-2.91610.21383240.16922860X-RAY DIFFRACTION99
2.9161-3.03290.21433270.16672834X-RAY DIFFRACTION100
3.0329-3.17090.22013240.1792902X-RAY DIFFRACTION100
3.1709-3.3380.22043100.17662874X-RAY DIFFRACTION100
3.338-3.54710.21213150.16972896X-RAY DIFFRACTION100
3.5471-3.82090.20833310.14932874X-RAY DIFFRACTION100
3.8209-4.20520.16453260.13192898X-RAY DIFFRACTION100
4.2052-4.81320.14713210.1242941X-RAY DIFFRACTION100
4.8132-6.06220.18523220.14842930X-RAY DIFFRACTION100
6.0622-48.03440.26793360.23932998X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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