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- PDB-3v4h: Crystal structure of a type VI secretion system effector from Yer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v4h
タイトルCrystal structure of a type VI secretion system effector from Yersinia pestis
要素hypothetical protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性Hcp1-like / Type VI secretion system effector Hcp / Hcp1-like superfamily / Type VI secretion system effector, Hcp / Pnp Oxidase; Chain A / Roll / Mainly Beta / Hcp1 family type VI secretion system effector
機能・相同性情報
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a type VI secretion system effector from Yersinia pestis
著者: Filippova, E.V. / Halavaty, A. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3942
ポリマ－41,3942
非ポリマー00
水46826
1
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein

A: hypothetical protein
B: hypothetical protein

A: hypothetical protein
B: hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,1836
ポリマ－124,1836
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area12050 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area36320 Å2
手法PISA
2
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,36612
ポリマ－248,36612
非ポリマー00
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area30280 Å2
ΔGint-212 kcal/mol
Surface area66450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.550, 148.550, 82.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.504605, -0.863349, -0.001507), (0.863345, 0.504607, -0.002585), (0.002992, 3.0E-6, 0.999996)-0.03803, 0.0568, 0.01183

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein


分子量: 20697.156 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 29-189 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: y1547, YPO2937, YP_2759 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 "magic" / 参照: UniProt: Q8CLE0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M Citric acid, 1.4 M Ammonium Sulfate, 25% sucrose, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月17日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 20196 / Num. obs: 20196 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 65.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.473
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 890 / % possible all: 87.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Y12

1y12


解像度: 2.1→29.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 13.904 / SU ML: 0.169 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26857 1042 5.2 %RANDOM
Rwork0.21619 ---
obs0.21887 19150 98.61 %-
all-19150 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.202 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.29 Å2-1.64 Å20 Å2
2---3.29 Å20 Å2
3---4.93 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2088 0 0 26 2114
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022148
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021451
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6311.9392889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87733540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.055254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.58124.66103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.73515390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.2421510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2325
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02438
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 62 -
Rwork0.286 1227 -
obs--88.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.00720.1429-0.35592.6540.03121.91740.1189-0.4023-0.29740.1725-0.0433-0.8033-0.02640.181-0.07560.2836-0.0516-0.21150.30570.01770.361229.86880.889916.3185
22.9531.2009-0.28455.5272-0.51730.96550.0793-0.36-0.06530.28460.0358-0.26160.03960.0041-0.11510.1701-0.0466-0.15990.2403-0.01560.176327.48325.460817.5084
32.61790.6493-0.77313.5707-0.0922.0808-0.1074-0.3171-0.91550.445-0.1381-0.6920.12480.28710.24550.30730.0207-0.11820.24620.25250.52515.7479-25.737715.9096
46.32941.6465-1.79681.64050.64771.79380.0312-0.2888-0.52310.3141-0.0425-0.48770.02970.24360.01130.3881-0.02-0.15360.19830.2130.460818.3296-21.136217.7718
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 95
2X-RAY DIFFRACTION2A96 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3B4 - 95
4X-RAY DIFFRACTION4B96 - 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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