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- PDB-3v48: Crystal Structure of the putative alpha/beta hydrolase RutD from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v48
タイトルCrystal Structure of the putative alpha/beta hydrolase RutD from E.coli
要素Putative aminoacrylate hydrolase RutD
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil catabolic process / nitrogen utilization / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
類似検索 - 分子機能
Pyrimidine utilisation protein RutD / : / Alpha/beta hydrolase family / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOCYANATE ION / Putative carbamate hydrolase RutD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli SE11 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Knapik, A.A. / Petkowski, J.J. / Otwinowski, Z. / Cymborowski, M.T. / Cooper, D.R. / Chruszcz, M. / Porebski, P.J. / Niedzialkowska, E. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: A multi-faceted analysis of RutD reveals a novel family of alpha / beta hydrolases.
著者: Knapik, A.A. / Petkowski, J.J. / Otwinowski, Z. / Cymborowski, M.T. / Cooper, D.R. / Majorek, K.A. / Chruszcz, M. / Krajewska, W.M. / Minor, W.
履歴
登録2011年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22012年6月6日Group: Database references
改定 1.32012年6月20日Group: Database references
改定 1.42013年8月28日Group: Database references
改定 1.52017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.62022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative aminoacrylate hydrolase RutD
B: Putative aminoacrylate hydrolase RutD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,3509
ポリマ－58,8072
非ポリマー5437
水5,639313
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.597, 79.597, 161.753
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Putative aminoacrylate hydrolase RutD / Aminohydrolase


分子量: 29403.637 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli SE11 (大腸菌) / 株: XL-1 Blue / 遺伝子: ECSE_1071, rutD / プラスミド: pET15b, modified for TEV cleavage / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3RIL
参照: UniProt: B6I985, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.15 M Malic acid 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月12日
放射モノクロメーター: C 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 31045 / Num. obs: 31045 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.352 / Rsym value: 0.352 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 8.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1451 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2データ収集
HKL-3000位相決定
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVEモデル構築
CCP4モデル構築
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22565 1471 5 %RANDOM
Rwork0.16915 ---
all0.17188 28021 --
obs0.17188 28021 94.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.907 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2---0.14 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4044 0 33 313 4390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0194187
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4921.9715709
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.29136652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6495535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.05523.88183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.43915597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2011525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02828
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 68 -
Rwork0.19 1686 -
obs--78.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.42942.2698-2.01794.0091-0.77011.2260.1693-0.8162-0.13240.6266-0.1096-0.2656-0.25070.1654-0.05970.20350.0644-0.01480.277-0.05040.056128.98316.42173.099
22.0215-0.3068-0.60261.23320.02582.0641-0.0502-0.22930.0030.0730.0489-0.02880.07270.2110.00140.03660.0306-0.00780.12890.00320.024833.34812.61361.337
31.4491-0.24710.23650.1766-0.29151.33950.0676-0.11310.23330.01370.027-0.0701-0.19530.2575-0.09460.127-0.04950.03280.1899-0.04340.112636.03425.74544.698
41.4018-0.3145-0.36971.0238-0.16261.6226-0.05890.0764-0.0778-0.03650.08730.10740.06590.0233-0.02840.0495-0.0050.01070.07630.01120.043627.14810.93751.037
50.7426-1.54824.469457.8914-12.958327.30410.1334-0.0403-0.00940.0736-0.06350.57980.9081-0.1514-0.06990.2567-0.06870.0180.2010.05090.044216.4230.53466.316
622.42996.47263.38914.05082.56142.9507-0.27332.27310.2667-0.42610.4229-0.0245-0.59180.2682-0.14950.2138-0.01140.00170.36740.06040.044519.64627.3234.168
72.1026-0.16770.57111.402-0.26553.16690.05750.11230.1226-0.13650.0175-0.0494-0.5330.0044-0.07510.1768-0.00580.02410.06120.02170.034724.15933.04114.692
81.12980.4394-0.230.441-0.13353.02820.03150.0259-0.035-0.10930.0352-0.0814-0.21740.4311-0.06680.0942-0.03720.00570.1427-0.02390.076334.98722.51429.996
97.1798-1.9345-2.45751.90961.07252.70780.1454-0.27980.7229-0.07610.1588-0.1778-0.89140.531-0.30420.4168-0.18990.06560.125-0.02040.111530.27540.43723.396
101.0913-0.1171-0.01841.5746-0.40762.33550.0783-0.03930.0109-0.06590.06820.1462-0.2444-0.4257-0.14650.11790.0570.01210.13070.02530.082514.33529.45526.756
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2A15 - 116
3X-RAY DIFFRACTION3A117 - 172
4X-RAY DIFFRACTION4A173 - 258
5X-RAY DIFFRACTION5A259 - 266
6X-RAY DIFFRACTION6B0 - 14
7X-RAY DIFFRACTION7B15 - 116
8X-RAY DIFFRACTION8B117 - 172
9X-RAY DIFFRACTION9B173 - 198
10X-RAY DIFFRACTION10B199 - 262

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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