PDB-3v3o: Crystal structure of TetX2 T280A: an adaptive mutant in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3v3o

タイトル

Crystal structure of TetX2 T280A: an adaptive mutant in complex with tigecycline

要素

TetX2 protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE/ANTIBIOTIC / Rossmann Fold / tetracycline degrading monooxygenase / OXIDOREDUCTASE-ANTIBIOTIC complex

機能・相同性

機能・相同性情報

tetracycline 11a-monooxygenase / FAD binding / monooxygenase activity / response to antibiotic / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Walkiewicz, K. / Shamoo, Y.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of TetX2 T280A: an adaptive mutant in complex with tigecycline
著者: Walkiewicz, K. / Shamoo, Y.

履歴

登録	2011年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3v3o.cif.gz	303.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3v3o.ent.gz	247.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3v3o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/3v3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/3v3o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3p9uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3v3n-4 4a6n-1 4a99-3 2xdo-1 4a6n-4 3p9u-2 4guv-2 2y6q-2 3p9u-4 3p9u-1 3v3n-1 2y6r-2 2y6q-3 3v3n-3 2y6r-4 4a99-2 2y6q-1 4guv-3 2y6q-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TetX2 protein

B: TetX2 protein

C: TetX2 protein

D: TetX2 protein

ヘテロ分子

176 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TetX2 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TetX2 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: TetX2 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: TetX2 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.126, 80.080, 87.238
Angle α, β, γ (deg.)	111.02, 89.97, 92.97
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and (resseq 15:246 or resseq 251:377 )
2	1	chain B and (resseq 15:246 or resseq 251:377 )
3	1	chain C and (resseq 15:246 or resseq 251:377 )
4	1	chain D and (resseq 15:246 or resseq 251:377 )

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	chain 'A' and (resseq 15:246 or resseq 251:377 )	A	A	15 - 246	5 - 236
1	2	VAL	VAL	chain 'A' and (resseq 15:246 or resseq 251:377 )	A	A	251 - 377	241 - 367
2	1	SER	SER	chain 'B' and (resseq 15:246 or resseq 251:377 )	B	B	15 - 246	5 - 236
2	2	VAL	VAL	chain 'B' and (resseq 15:246 or resseq 251:377 )	B	B	251 - 377	241 - 367
3	1	SER	SER	chain 'C' and (resseq 15:246 or resseq 251:377 )	C	C	15 - 246	5 - 236
3	2	VAL	VAL	chain 'C' and (resseq 15:246 or resseq 251:377 )	C	C	251 - 377	241 - 367
4	1	SER	SER	chain 'D' and (resseq 15:246 or resseq 251:377 )	D	D	15 - 246	5 - 236
4	2	VAL	VAL	chain 'D' and (resseq 15:246 or resseq 251:377 )	D	D	251 - 377	241 - 367

#1: タンパク質	TetX2 protein 分子量: 42502.141 Da / 分子数: 4 / 変異: T280A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: Bacteroides thetaiotaomicron / 遺伝子: tetX2 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93L51
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-T1C / TIGECYCLINE 分子量: 587.665 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₉H₄₁N₅O₈ / コメント: 薬剤, 抗生剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化	温度: 283.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: Ammonium Sulfate, pH 8.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 283.15K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.00004 Å

検出器

タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月13日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si (111) sagitally focused monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.00004 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→48.945 Å / Num. obs: 37001 / % possible obs: 96.74 % / Observed criterion σ(F): 0.06 / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
2.9-2.96	1	89.5
2.96-3.02	1	94.4
3.02-3.08	1	95.6
3.08-3.15	1	97.3
3.15-3.23	1	96.1
3.23-3.32	1	97.3
3.32-3.42	1	97.1
3.42-3.53	1	97.7
3.53-3.65	1	97.6
3.65-3.8	1	97.4
3.8-3.97	1	97.5
3.97-4.18	1	97.7
4.18-4.44	1	97.8
4.44-4.79	1	97.8
4.79-5.27	1	97.6
5.27-6.03	1	98.1
6.03-7.59	1	97.8
7.59-50	1	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
JBluIce-EPICS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3P9U

3p9u

解像度: 2.9→48.945 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.89 / SU ML: 0.44 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 34.46 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2975	1749	4.91 %
R_work	0.2317	-	-
obs	0.2351	35593	93.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.8532 Å²	-3.1327 Å²	1.9249 Å²
2-	-	5.6776 Å²	7.1585 Å²
3-	-	-	-14.5308 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.945 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11513	0	410	23	11946

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	12181
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.543	16550
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.504	4518
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.113	1784
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2133

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2814	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
1	2	B	2814	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
1	3	C	2814	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
1	4	D	2818	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.9853	0.349	125	0.2624	2429	X-RAY DIFFRACTION	80
2.9853-3.0817	0.3275	141	0.2635	2699	X-RAY DIFFRACTION	89
3.0817-3.1918	0.369	132	0.2646	2723	X-RAY DIFFRACTION	92
3.1918-3.3196	0.3724	156	0.2594	2848	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3196-3.4706	0.3501	148	0.2481	2878	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4706-3.6535	0.3225	143	0.2335	2850	X-RAY DIFFRACTION	95
3.6535-3.8824	0.2918	148	0.2307	2821	X-RAY DIFFRACTION	94
3.8824-4.182	0.2968	145	0.2265	2891	X-RAY DIFFRACTION	95
4.182-4.6025	0.284	151	0.2096	2949	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6025-5.2679	0.2712	146	0.214	2924	X-RAY DIFFRACTION	97
5.2679-6.6343	0.3021	158	0.2372	2926	X-RAY DIFFRACTION	98
6.6343-48.9522	0.2436	156	0.2231	2906	X-RAY DIFFRACTION	96

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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